一、IS6110-限制性片段长度多态性DNA分型在结核分子流行病学研究中的应用（论文文献综述）
李远春[1]（2021）在《鸟—胞内分枝杆菌复合群的亚种鉴定和药敏特征以及耐药表型与基因型相关性研究》文中研究说明目的1、了解鸟-胞内分枝杆菌复合群（MAC）在非结核分枝杆菌（NTM）肺病患者中的分离情况,了解MAC的亚种构成;2、初步了解我国MAC肺病常用治疗药物的耐药情况,探索MAC肺病治疗的潜在有效药物,分析MAC亚种间耐药谱是否存在差异;3、阐述鸟分枝杆菌和胞内分枝杆菌的遗传多态性,了解鸟分枝杆菌和胞内分枝杆菌临床分离株的成簇情况,探索鸟分枝杆菌和胞内分枝杆菌的耐药表型与数目可变串联重复序列（VNTR）基因型之间的关系。方法1、收集深圳市第三人民医院2018年1月至2018年12月经对硝基苯甲酸（PNB）选择培养基初步鉴定为NTM的临床分离株,菌株来源于疑似肺结核（TB）和NTM肺病患者的呼吸道标本,应用16S r RNA单基因测序鉴定NTM各菌种,应用16S r RNA、rpo B、hsp65和ITS多靶位联合基因测序法鉴定MAC亚种。2、应用肉汤微量稀释法检测MAC对常用治疗药物和潜在抗菌有效药物的最低抑菌浓度。其中MAC肺病常用治疗药物包括了2020年美国胸科协会/美国传染病学会/欧洲呼吸学会/欧洲临床微生物与感染性疾病学会联合发布的《NTM病诊疗指南》和美国临床和实验室标准协会出版的《NTM体外药敏试验指南》推荐的药物:克拉霉素、乙胺丁醇、利福平、利福布汀、阿米卡星、链霉素、利奈唑胺和莫西沙星共计8种;潜在抗菌药物参照TB选择了2种三代氟喹诺酮类药物（左氧氟沙星和环丙沙星）以及3种抗TB新药（贝达喹啉、氯法齐明和德拉马尼）。总计13种药物。3、应用VNTR基因分型方法分别对鸟分枝杆菌和胞内分枝杆菌进行15位点和16位点的基因分型,统计分析鸟分枝杆菌和胞内分枝杆菌的基因多态性与成簇情况,探索成簇菌株与非成簇菌株在耐药表型上的差异。结果1、MAC在NTM中的分离情况:PNB选择培养基初步鉴定为NTM的373株菌株,经16S r RNA单基因测序进一步鉴定,确定NTM为371株,结核分枝杆菌2株,PNB选择培养基鉴定NTM的假阳性率为0.54%（2/373）。NTM中慢生分枝杆菌以MAC为主,分离出176株,分离率为47.44%,快生分枝杆菌中以脓肿分枝杆菌为主,分离率为26.41%（98/371）。2、MAC亚种鉴定:经多靶位联合基因测序鉴定,MAC存在7种亚种,分别为胞内分枝杆菌（38.64%,68/176）、鸟分枝杆菌（27.27%,48/176）、奇美拉分枝杆菌（10.80%,19/176）、副胞内分枝杆菌（10.23%,18/176）、哥伦比亚分枝杆菌（7.39%,13/176）、马萨分枝杆菌（4.55%,8/176）和蒂莫内分枝杆菌（1.14%,2/176）。3、MAC的药敏结果:体外药物敏感性试验表明MAC对常用治疗药物克拉霉素、乙胺丁醇、利福平、利福布汀、阿米卡星、链霉素、利奈唑胺和莫西沙星的耐药率分别为8.38%,22.75%,40.12%,14.97%,11.98%,32.93%,42.51%和44.31%。MAC对潜在抗菌有效药物左氧氟沙星、环丙沙星、贝达喹啉、氯法齐明和德拉马尼的耐药率分别为83.83%,90.42%,2.99%,8.98%和86.83%。4、MAC亚种的药敏差异:MAC亚种间的药物敏感性试验结果表明,奇美拉分枝杆菌对克拉霉素的耐药率显着高于胞内分枝杆菌（26.32%vs.4.69%,P=0.014）和鸟分枝杆菌（26.32%vs.6.25%,P=0.014）;哥伦比亚分枝杆菌对链霉素的耐药率显着低于胞内分枝杆菌（9.09%vs.42.19%,P=0.046）和马萨分枝杆菌（9.09%vs.62.5%,P=0.018）;哥伦比亚分枝杆菌对莫西沙星的耐药率显着高于鸟分枝杆菌（81.82%vs.37.50%,P=0.016）和奇美拉分枝杆菌（81.82%vs.26.32%,P=0.007）,副胞内分枝杆菌对莫西沙星的耐药率也显着高于奇美拉分枝杆菌（64.71%vs.26.32%,P=0.024）;胞内分枝杆菌对左氧氟沙星的耐药率显着高于鸟分枝杆菌（92.19%vs.64.58%,P=0.007）。5、VNTR基因分型:鸟分枝杆菌的VNTR各位点存在明显的基因多态性,分辨率指数为0.989,聚类分析呈3个基因群,成簇率为31.25%;胞内分枝杆菌的VNTR各位点存在明显的基因多态性,分辨率指数为0.994,聚类分析呈2个基因群,成簇率为22.34%。6、耐药表型与基因型的相关性:鸟分枝杆菌和胞内分枝杆菌中成簇与非成簇菌株对13种药物的耐药率存在差异,但差异无统计学意义。结论1.广东深圳地区NTM快生分枝杆菌以脓肿分枝杆菌为主,慢生分枝杆菌以MAC为主。MAC是NTM最常见的菌种。MAC亚种众多,本研究共分离出7种,最常见的为胞内分枝杆菌,其次为鸟分枝杆菌。2.MAC的体外药物敏感性结果差异较大。MAC对常用治疗药物药物敏感性较好;对氟喹诺酮类药物敏感性一般,其中四代氟喹诺酮类药物的药物敏感性优于三代氟喹诺酮类药物;在抗TB新药中,贝达喹啉和氯法齐明对MAC的体外抗菌活性较好,德拉马尼相对较差。MAC各亚种的体外药物敏感性存在差异,各亚种对克拉霉素、链霉素、莫西沙星和左氧氟沙星的耐药率差异存在统计学意义。3.VNTR基因分型对鸟分枝杆菌和胞内分枝杆菌均具有良好的分辨力,鸟分枝杆菌和胞内分枝杆菌中成簇与非成簇菌株的药物敏感性存在差异,但差异无统计学意义,尚无证据支持MAC的VNTR基因分型与耐药表型之间存在相关性。
殷春杰[2]（2021）在《新疆南疆地区结核分枝杆菌基因多态性及流行特点的研究》文中指出目的:对新疆南疆地区结核分枝杆菌进行基因分型研究,分析该地区结核分枝杆菌的基因型多态性、主要流行株及其相关影响因素,进而为该地区结核病防控提供分子流行病学依据。方法:采用15位点MIRU-VNTR分型和Spoligotyping对新疆南疆地区353株结核分枝杆菌进行基因分型。运用Bio Numerics7.6软件对结果进行分析。采用多因素Logistic回归分析,分别了解影响菌株成簇、北京家族菌株流行的影响因素。结果:Spoligotyping基因分型发现353株结核分枝杆菌呈56种SIT基因型（Shared International Types）,进一步分析发现北京家族菌株所占比例最多,达到58.92%。其中典型北京家族基因型（SIT1）190株,非典型北京家族基因型菌株18株。在145株非北京家族菌株中,26株为未被定义菌株,另外119株非北京家族菌株被分为7个已知家族,其中CAS家族47株,T家族21株,Ural-2有30株,EAI家族11株,H家族3株,LAM9有2株,Manu2有5株。以≥50岁年龄段为参照组,≤30岁人群感染的结核分枝杆菌北京家族菌株占比是≥50岁年龄段的2.867倍（95%CI:1.578～5.209）。根据15位点MIRU-VNTR分型结果,353株菌株可分为288个基因型,含有29个基因簇和259个独特基因型,成簇率为18.41%;北京家族的成簇率显着高于非北京家族（P<0.05）。将15位点MIRU-VNTR结果进行聚类分析可得到I、II、III、IV、V个基因群,其中II群占比最高为80.7%。在15个MIRU-VNTR位点中MIRU10、MIRU16、MIRU26、Mtub21位点对新疆南疆地区菌株具有较高的分辨力（HGI:0.619-0.741）。MIRU-VNTR分型对结核分枝杆菌的分辨力显着高于Spoligotyping,尤其是对北京家族菌株的分辨力。结论:新疆南疆地区的结核分枝杆菌呈明显的基因多态性,其中北京家族基因型菌株占比最高,为该地区的主要流行型菌株,≤30岁人群是北京家族菌株感染的高发人群。
翟凯新[3]（2020）在《大理地区HIV相关NTM病的菌种分布及优势菌群的生物学性状研究》文中研究表明目的:对大理地区HIV相关的非结核分枝杆菌（non-tuberculous mycobacteria,NTM）临床分离株进行菌种鉴定;对大理地区HIV相关的鸟分枝杆菌（Mycobacterium avium,MAV）用MLVA（Multi locus variable-number tandemrepeat analysis）法进行基因分型,探讨优势菌群基因型特征以及流行趋势;通过比例法检测MAV的药物敏感性,探讨HIV相关的鸟分枝杆菌耐药现状;探究MAV中的毒力蛋白PPE25-MAV对巨噬细胞凋亡的影响。方法:1、NTM的菌种鉴定:用对硝基苯甲酸（PNB）和噻吩-2-羧酸肼（TCH）鉴别培养基对分枝杆菌进行初步鉴定。设计16Sr RNA、hsp65和rpo B基因的引物,以初步鉴定的分枝杆菌DNA为模板进行PCR扩增,将扩增结果测序后提交至NCBI中,与Gen Bank中的标准序列进行BLAST比对,然后进行同源性分析。2、MAV的基因分型:鉴定后的大理地区HIV相关MAV菌株,选取15个数目可变串联重复序列（VNTR）特异位点,运用聚合酶链反应（PCR）和琼脂糖凝胶电泳技术初步建立检测大理地区HIV相关MAV菌株DNA指纹图谱方法。运用Quantity One和Bio Numerics（6.6）软件对结果进行数字化处理,采用UPGMA法和MST法进行聚类分析。3、对MAV的药物敏感性:采用比例法对所有MAV菌株进行包括左氧氟沙星（LFX）、阿米卡星（AK）、卷曲霉素（CPM）、丙硫异烟胺（TH1321）、利福布丁（RBU）、莫西沙星（MFX）在内的这6种药物进行药敏试验。4、PPE25-MAV诱导巨噬细胞凋亡:克隆表达和纯化PPE25-MAV蛋白,分别用浓度为0.5μg/m L、1μg/m L、2μg/m L、5μg/m L的蛋白处理巨噬细胞,各处理2h和10h后,使用流式细胞技术检测巨噬细胞凋亡率。结果:1、NTM的菌种鉴定:大理地区HIV相关的12株NTM中,慢生长分枝杆菌11株,其中9株鸟分枝杆菌,1株帕拉分枝杆菌,1株戈登分枝杆菌;快生长分枝杆菌1株为脓肿分枝杆菌。主要以鸟分枝杆菌为优势菌群。2、MAV的基因分型:VNTR的15个位点的HGDI值存在差异,最高值为0.75,最低值为0。在15个位点中MATR-14最高为0.75,而MATR-9、MATR-1、MATR-2等13个位点HGDI值均大于等于0.5。根据UPGMA法聚类分析树状图显示,大理地区双感的9株鸟分枝杆菌分为3个基因群,8个基因型。其中C群的2个临床分离株形成1个簇,A、B群没有成簇的菌株。用MST法聚类分析的结果大理地区的鸟分枝杆菌分为三个簇。3、对MAV的药物敏感性:9株HIV相关的MAV全部对阿米卡星（AK）耐药,有7株对左氧氟沙星（LFX）耐药,有6株对莫西沙星（MFX）耐药,有5株对卷曲霉素（CPM）耐药,有1株对利福布丁（RBU）耐药,另外9株MAV均对丙硫异烟胺（TH1321）敏感。4、PPE25-MAV诱导巨噬细胞凋亡:在作用2h后,与空白对照组相比,细胞的晚期凋亡率和总凋亡率在0.5μg/m L与1μg/m L时均低于空白组（P<0.05）;在作用10h后,与空白对照组相比,细胞的早期凋亡率仅5μg/m L时略有升高（P<0.05）,在0.5μg/m L、1μg/m L和2μg/m L之间差异无统计学意义（P>0.05）,细胞晚期凋亡率和总凋亡率在2μg/m L和5μg/m L时明显降低（P<0.05）。结论:1、大理地区HIV相关的12株NTM中主要优势菌群为鸟分枝杆菌,rpo B和hsp65基因可以将脓肿分枝杆菌的亚种鉴别出来。2、对大理地区MAV菌株MATR-VNTR分析,不同菌株的同一位点的基因片段差异明显,基因分型多态性较高。MATR-14和MATR-9等13个位点分辨力高,可作为大理地区HIV相关MAV的基因分型首选位点。3、MAV对丙硫异烟胺（TH1321）敏感,同时存在对二线抗结核药物耐药的情况以及多药耐药的特点。4、PPE25-MAV蛋白对巨噬细胞凋亡有抑制作用。而且PPE25-MAV蛋白主要作用于巨噬细胞的晚期凋亡阶段。
许芳[4]（2020）在《我国部分地区牛结核病调查与牛肺外结核病病原分离鉴定及生物学特性研究》文中认为牛结核病（bovine tuberculosis,bTB）是一种主要由牛分枝杆菌（Mycobacterium bovis,M.bovis）感染引起的慢性消耗性人兽共患传染病。该病可通过病牛咳嗽喷出的飞沫或悬浮在空气中的带菌尘埃经呼吸道传播,也可通过摄取带菌的食物、饮水而经消化道传播。症状因发病部位不同而异,常表现为肺结核和淋巴结核,也可出现乳房结核、浆膜结核和肠结核等其他组织器官结核。我国是bTB高负担国家,流行率约为015%,资料表明,建国后,我国bTB的主要表现形式为肺结核,其他国家普遍实行牛奶巴氏灭菌后bTB表现形式也是以肺结核为主。但是,进入21世纪,全国bTB流行病学调查发现一个令人困惑的普遍现象:采用PPD方法检疫结果呈阳性的牛无咳嗽等呼吸道症状,剖检极少发现肺脏结核病变。为进一步了解我国部分地区bTB的流行情况,揭示奶牛场PPD阳性牛与剖检肺脏结核病变不对应、不吻合的原因,探究其传染源、传播途径及病原特性,本研究在14个省份及新疆生产建设兵团开展bTB流行病学调查,选取8个规模化奶牛场进行免疫学综合诊断、系统剖检、病理组织学检查、病原分离鉴定、动物致病性试验、菌株全基因组测序、系统进化分析等生物学特性研究。1.2015-2018年,采用比较皮内变态反应（SICCT）和IFN-γ试验对我国14个省份和新疆生产建设兵团进行bTB流行病学调查,并采集SICCT或IFN-γ试验阳性牛病料,进行细菌分离鉴定。利用SICCT方法,共计在6,943头牛中检出阳性1,594头,平均个体阳性率为22.96%;共计在185个场户中检出阳性场114个,平均场群阳性率为61.62%。IFN-γ试验共计在8,677头牛中检出阳性1,786头,平均个体阳性率为20.58%;共计在236个场户中检出阳性场150个,平均场群阳性率为63.56%。共计从64.44%（87/135）的bTB阳性牛中分离到细菌,分离株经结核分枝杆菌复合群两级多重PCR鉴定,其中72株为M.bovis,11株为M.avium,4株为其他分枝杆菌。流行病学调查结果显示,我国部分地区bTB阳性率仍呈高流行态势,14个省份和新疆生产建设兵团均有bTB流行。但现场调查发现,PPD或IFN-γ试验阳性牛很少表现咳嗽、呼吸困难和极度消瘦等典型肺结核症状,而且,由于上述原因,在基层出现了对bTB阳性牛扑杀正当性的怀疑及正常检疫难以实施的现象。2.为调查目前规模化奶牛场bTB的表现形式,揭示PPD阳性牛与剖检肺脏病变不吻合的真实原因,并确定其传染源及传播途径,对3个省份8个规模化奶牛场的13,345头奶牛进行SICT、SICCT、IFN-γ试验、PPD点眼反应和ELISA抗体检测5种免疫学综合诊断,剖检后期感染牛并采集病料进行病理组织学检查和病原分离鉴定。结果显示,综合判定后期感染牛752头,剖检151头,有131头（86.75%）眼观可见明显结核病变,其中119头（占90.84%）病变发生在肝脏、脾脏、肠系膜淋巴结、乳房淋巴结等肺外组织器官,仅12头（占9.16%）病变发生在肺脏。HE染色表明151头剖检牛组织切片镜下均可见不同程度的结核病理变化,Ziehl-Neelsen抗酸染色显示26头牛组织切片中可见红染的结核杆菌。并从60.26%（91/151）的剖检阳性牛中分离到细菌,且经qPCR、GeneXpert MTB/RIF和Enigma鉴定均为M.bovis。综合诊断结果表明,8个规模化奶牛场bTB主要表现为肺外结核,病变主要分布在肠系膜淋巴结、肠道、肝脏和脾脏等肺外组织器官,且值得注意的是,71.26%的肺外结核与胃肠道有关。而且现场调查、临床表现、剖检病变、病理组织学检查、病原分离鉴定结果均提示试验牛场肺外结核的传播途径可能是消化道,主要或因牛饮食被M.bovis污染的牛奶或饲草料而感染。3.为验证试验牛场肺外结核的传染源及传播途径,从8个规模化奶牛场共采集54份奶样（其中8份为来自8个牛场的产房混合乳,46份为阳性牛奶样）、54份粪便（其中8份为来自8个牛场粪便处理池的混合粪便样品,46份为阳性牛粪便样品）分别进行qPCR检测和细菌分离培养。qPCR结果显示,8份产房混合乳均为M.bovis核酸阳性,39份阳性牛奶样为M.bovis核酸阳性;8份混合粪便均为M.bovis核酸阳性,34份阳性牛粪便样品为M.bovis核酸阳性。从54份奶样中分离培养出12株M.bovis,但未从粪便中成功分离出M.bovis。结果表明,8个规模化奶牛场肺外结核是经由产房带菌的初乳和常乳以及粪口传播引起的消化道传播所致。4.为研究分离株的致病性,选择代表性分离株（113、105）和阳性对照菌株（M.bovis AN5）进行家兔感染试验。分组并经腹腔注射、口服、滴鼻3种途径感染家兔,8周后剖检,无菌采集各组家兔组织器官进行病理组织学检查和组织匀浆活菌培养。家兔病理组织学变化主要发生在肺脏、肺门淋巴结、肠系膜淋巴结和脾脏,可见典型肉芽肿病变,三层结构清晰,中心干酪样坏死层、上皮样细胞和多核巨细胞构成的特殊肉芽层和淋巴细胞构成的普通肉芽组织层,还可见马蹄样或花环状的郎罕氏巨细胞存在,其他组织镜下未见病变。Z-N抗酸染色在肺脏、肺门淋巴结、肠系膜淋巴结可见红染杆状细菌。实验组家兔剖检病变比阳性对照组家兔剖检病变累及范围更广泛,病变程度更严重,从实验组和阳性对照组家兔体内均可回收到细菌,且实验组CFU高于阳性对照组,表明肺外结核分离株表现出较强的致病性,具有感染牛并在牛群中传播的潜在风险。5.利用24位点MIRU-VNTR基因分型方法对分离株进行基因分型,并对典型菌株进行全基因组测序和系统进化分析。MIRU-VNTR基因分型结果表明,分离株聚类为三个大群,同一地区分离株亲缘关系较近,可能来自相同的进化分枝,且M.bovis具有独特的地理性差异。对10株分离株进行全基因组测序,同源性分析表明10株分离株均为M.bovis,与标准株M.bovis AF2122/97同源性在98.80%99.31%;系统发育分析表明10株分离株分为两簇,分别与M.bovis AF2122/97和M.bovis 30亲缘关系较近。综上所述,这是我国首次对bTB肺外组织器官病变分布进行详细调查,证实经消化道传播的肺外结核在我国多个省份奶牛场呈现高患病率。本研究确定了我国部分省份bTB的流行特征,建立了肺外结核综合诊断策略,并确定了肺外结核分离株的致病能力。为当前行业存在的PPD阳性牛扑杀难的问题提供了有力证据,为大型牧场快速降低bTB阳性率提供了诊断策略和防控指导,为我国bTB流行株的溯源及遗传特征分析提供了数据支持,也为我国制定bTB控制和根除计划提供了决策依据。
高敏[5]（2020）在《基于全基因组测序的结核病传播及耐药特征分析》文中认为第一部分基于全基因组测序的西藏结核病传播特征分析目的利用全基因组测序技术分析西藏地区结核病近期传播及其相关影响因素和跨区传播情况,为当地相关部门制定防治管理措施提供参考依据。方法收集西藏2006、2009和2010年的结核分枝杆菌菌株576株,通过流行病学调查获取每株菌株的社会人口学信息、临床特征等信息。利用全基因组测序技术回顾性分析西藏的结核病的传播情况,并分析影响西藏结核病传播的相关因素、跨区传播的情况。结果（1）以5个和12个SNP为界,在540株MTB中分别鉴定到196株（36.3%）和308株（57.0%）成簇菌株。（2）单因素分析结果显示2010年、痰涂片（+）、北京基因型、RR/MDR均为成簇的影响因子（P值均<0.05）;多因素分析结果提示无论以SNP≤5还是SNP≤12定义成簇时,2010年（OR5=2.72,95%CI:1.70-4.48;OR12=1.88,95%CI:1.22-2.97）、北京基因型（ORSNP≤5=3.77,95%CI:1.72-9.49;OR SNP≤12=4.91,95%CI:2.48-10.47）、RR/MDR（OR SNP≤5=2.02,95%CI:1.39-2.49;OR SNP≤12=1.69,95%CI:1.17-2.94）均为成簇的危险因素（P值均<0.05）。（3）西藏地区所形成的区外联系（52.1%）略大于区内联系（47.8%）,各区内除拉萨以区内联系（66.1%）为主外,其他六个区皆以区外联系为主。（4）不同大小的传播簇簇中初复治病例分布具有统计学差异（=10.766,P=0.005）。2c结论西藏结核病近期传播较为严重,其与北京基因型、RR/MDR高度相关,且传播簇的大小与初复治有关。拉萨以区内传播为主,其他各区皆以区外跨区传播为主。第二部分基于全基因组测序的中国耐多药结核分枝杆菌耐药特征分析目的利用全基因组测序数据分析中国耐多药结核分枝杆菌的耐药相关基因突变谱和主要突变类型及其与菌株基因型的相关性。方法查询并下载NCBI数据库中截止2019年8月前已公开发表的中国结核分枝杆菌全基因组测序数据,利用全基因组数据预测菌株分子药敏结果,统计不同药物耐药相关基因的突变类型,并分析耐药突变类型与菌株基因型的相关性。结果（1）根据分子药敏结果从2019株菌株中鉴定出1122株利福平耐药株,其中1024株（91.3%）为耐多药菌株。（2）1024株耐多药菌株对常用抗结核药物的耐药相关基因主要突变类型分别为kat G S315T（73.2%,异烟肼）、rpo B S450L（63.1%,利福平）、rps L K43R（70.0%,链霉素）、emb B M306V（37.4%,乙胺丁醇）、pnc Apromoter T（-11）C（7.9%,吡嗪酰胺）、gyr A A90V（32.3%,氟喹诺酮类）、rrs A1401G（67.7%,二线注射类）、fab G1promoter C（-15）T（87.0%,乙硫异烟胺）、fol C I43T（30.4%,对氨基水杨酸）。（3）Geno Type MTBDRplus对INH和RFP的检测率分别为99.1%、90.0%,MTBDRs I对FQs和SLID的检测率分别为95.5%、88.2%。（4）kat G S315T、rps L K43R、emb B M306V、gyr A D94G在L2系菌株中的比例显着高于L4系菌株,fol C I43T仅在L2系菌株中发现;kat G S315T在古老北京型菌株中比例较高,而rps L K43R在现代北京型菌株中的比例更高,其差异均有统计学意义（P<0.05）。结论本研究提供了基于全基因组测序的中国耐多药结核分枝杆菌对多种常用抗结核药的耐药相关基因主要突变类型,为研发敏感、特异的快速分子检测方法提供了依据;同时也发现多种耐药相关基因主要突变类型与菌株基因型有关。
张媛媛[6]（2019）在《高原地区结核杆菌大片段基因多态性及其与耐药性的关系》文中研究表明目的获取青海高原地区结核病患者对结核治疗药物的耐药性,了解患者基本情况与耐药性的关系;对本地区结核菌株进行大片段多态性序列（large sequence polymorphisms,LSP;或称差异片段Regions of difference,RD）基因分型,并分析菌株耐药性与基因型是否相关;研究菌株磷脂酶C编码基因（phospholipase C,plc）的多态性及其与耐药水平的关系;同时探索RD和plc这两种大片段基因多态性之间是否存在联系。方法（1）收集青海地区可疑结核病患者痰样,经培养和鉴定后,刮取部分结核杆菌菌落,采用比例法药敏试验,检测菌株对常用结核治疗药物的耐药性。（2）煮沸法提集菌株样本DNA后,聚合酶链式反应（PCR）扩增结核菌基因组RD基因,对菌株进行RD基因分型。随机挑选部分菌株,对利福平、异烟肼热点耐药突变基因（rpoB、katG）进行测序,随后分析菌株比例法耐药结果及热点耐药基因（rpoB、katG）突变与RD基因型之间是否有关。（3）通过PCR检测结核杆菌的磷脂酶C编码基因,获得该基因的多态性特点。探索plc基因与菌株RD基因型、plc基因突变率与结核杆菌的耐药表型之间的关系。结果本研究所涉及细菌经鉴定后,确定为结核分枝杆菌的菌株共249株。（1）比例法药敏结果:249株结核分枝杆菌中,异烟肼耐药108株,利福平耐药93株,链霉素耐药97株,乙胺丁醇耐药70株,氧氟沙星耐药34株,卡那霉素耐药10株,其中耐多药、广泛耐药菌分别有79株、3株。（2）RD基因分型结果:青海地区的249株结核分枝杆菌中,北京家族株有190株,其中现代型172株,古代型18株;非北京家族株共59株,其中5株缺失RD239基因。感染患者最多的为RD150基因和RD142基因均存在的现代型北京家族株。本地区北京/非北京家族菌株与表型药敏结果和katG、rpoB基因突变无关,而现代型北京家族株较古代型更易获得对至少一种一线药物耐药的特性。（3）plc基因多态性结果:本地区结核菌株的plc基因呈多态性,其中plcD基因突变率最高达97.19%,大多数菌株的plcABCD基因型为+++-（+:野生型;-:突变型）,与标准株H37Rv一致。结合RD分型结果来看,菌株基因型（北京/非北京家族）与plcABC基因突变存在联系,而与plcD基因突变无关。本研究显示,除plcC基因突变与EMB的表型耐药结果间存在联系,其他plc基因均未发现与耐药及MDR有关。结论青海省主要流行现代型北京家族结核菌,且耐药情况较严峻;结核杆菌RD基因分型结果与其表型耐药和热点耐药基因突变均无关联;菌株plc基因具有多态性,但该基因突变与菌株耐药性基本无关;非北京家族菌株plcABC基因突变率相对高于北京家族株,而plcD基因突变率在北京/非北京家族株间无差异,因此推测plcABC基因的完整性可能与北京家族菌株的毒力存在一定联系。
程成[7]（2019）在《西北部分地区牛源分枝杆菌的分离鉴定及耐药性分析》文中进行了进一步梳理结核病是流行于世界各地、严重威胁人和动物健康的一类人畜共患传染病。牛作为人类生产生活资料的重要来源,在结核病的传播过程中有着重要地位。本研究对分离自宁夏和新疆为主的西北部分地区规模化奶牛场中PPD阳性奶牛的疑似致病菌,采用多位点PCR进行菌种鉴定。利用MIRU-VNTR基因分型技术探究牛源分离株的基因型。经过药物敏感试验了解牛源分离株的表型耐药情况。通过对耐药基因测序,研究耐药菌株耐药基因突变与表型耐药和基因型之间的相关性。运用基因测序技术,探究西北五省非结核分枝杆菌（nontuberculosis mycobacterium,NTM）的种类,为西北地区控制牛结核病提供可靠的理论依据。采用酸性罗氏无淀粉培养基对82株结核病疑似致病菌的冻存菌株进行复壮和传代培养,最终成功复壮80株分离株。经16SrRNA初步鉴定,80株临床分离株均属于分枝杆菌属。通过MPT64基因和多位点PCR鉴定出30株MTBC,其中一株为宁夏株,其余29株分离株均为新疆株。采用比例法进行一线抗结核药物（异烟肼、利福平、链霉素和乙胺丁醇）敏感试验,20株（20/30,66.7%）结核分枝杆菌对四种一线抗结核药均敏感,10株（10/30,33.3%）对至少一种药物耐药,其中9株（30.0%,9/30）为耐多药（MDR）菌株。RIF单耐药率为3.3%（1/30）,其他三种一线抗结核药（STR、INH和EMB）单耐药率均为0%。STR、INH、RIF和EMB的总耐药率分别为 30.0%（9/30）、30.0%（9/30）、33.3%（10/30）和 6.7%（2/30）。一线抗结核药相关耐药基因测序结果,10株耐药结核分枝杆菌中,rpoB1333位点的突变率为10.0%;katG1388位点的突变率为90.0%;inhA1812位点的突变率为70.0%,1714位点的突变率为10.0%;rrs932位点的突变率为10.0%;embB1333位点的突变率为90.0%;oxy R-ahp C和rps位点无突变。聚类分析15个MIRU-VNTR位点的基因分型结果,30株结核分枝杆菌聚集成四个基因群,呈现出18种VNTR基因型,其中14株为单一基因型,即一株菌代表一种基因型,占所有菌株的46.7%;16株（53.3%）聚集成4个基因簇,即C1、C2、C3、C4,每一簇分别包含3、2、5、6株分离株,菌株成簇率为46.7%。最大的基因群（均为新疆株）包含C3和C4基因簇,该基因群包含的菌株可能是新疆地区的优势菌株。将50株非结核分枝杆菌hsp65测序序列提交NCBI网站进行同源性比较发现6种NTM。不产色分枝杆菌（mycobacterium nonchromogenicum）32株（64.0%,32/50）,罕见分枝杆菌（mycobacterium peregrinum）4 株（8.0%,4/50）,鸟分枝杆菌（mycobacterium alvei）8 株（16.0%,8/50）,恩氏分枝杆菌（mycobacterium engbaekii）3株（6.0%,3/50）,偶发分枝杆菌（mycobacterium fortuitum）2株（4.0%,2/50）,mycobacterium arupense 1株（2.0%,1/50）。牛群中流行的主要非结核分枝杆菌可能是不产色分枝杆菌。
马爱静[8]（2018）在《基于人群的我国结核病主要流行株的遗传特征和传播规律研究》文中研究指明我国是全球结核病高负担国家之一,我国结核病患病人数居全球第三,结核病是我国重点控制的四个重大传染病之一,结核病尤其是耐药结核病的流行对我国经济发展和人民的健康造成了严重威胁。结核病疫情主要是由结核分枝杆菌北京基因型菌株所致,约占62%。近年来,我国已经采取了许多卓有成效的措施来控制结核病,然而当前结核病依然是我国严重的公共卫生问题和社会问题之一。为进一步有效控制结核病,降低患病率和死亡率,需要对结核病之致病菌——结核分枝杆菌的遗传变异、进化和结核病的流行规律等进行研究,了解北京基因型菌株的遗传特征及传播规律对有效防控结核病具有积极的促进作用。目前我国在结核病控制领域还有诸多的问题未进行系统的研究,比如我国结核分枝杆菌主要流行株的起源、进化和流行规律不明确,具有中国代表性的结核病耐药相关基因的突变规律不清晰,尚未建立我国结核病发病和传播的数学模型,对于我国结核病主要流行株的毒力、致病性和耐药性等生物学特性以及流行和传播规律缺乏系统的研究。如若能对于上述问题进行深入研究,将会为进一步修订和完善我国结核病防治策略提供科学的依据,对结核病防控措施的实施具有指导作用。目的通过基于人群的结核分枝杆菌基因分型研究,进一步验证和确定我国结核病的主要流行株,验证评估适合结核分枝杆菌北京基因型菌株的分型方法;通过全国横断面以及部分地区动态监测等研究,了解结核分枝杆菌北京基因型菌株的流行及传播规律,为我国（尤其是北京基因型菌株广泛流行的地区）结核病防控策略的制定提供科学依据;分析北京基因型表型耐药与基因型的相关性,探索北京基因型及其亚型的区分对临床上抗结核药物使用的指导作用;通过全基因组测序分析北京基因型与传播力相关的遗传特征,探索其流行与传播的遗传机制。方法1.对收集自全国31个省共70个监测点的结核分枝杆菌进行单核苷酸多态性（SNP）检测,通过与散在分布重复单位-数目可变串联重复序列方法（VNTR-15以及VNTR-24）的分型效果做比较,评价联合SNP以及VNTR-15的基因分型方法对结核分枝杆菌北京基因型菌株传播的追踪能力。2.应用联合SNP分型以及VNTR-15分型的方法,在全国范围内分析北京基因型菌株的流行及其影响因素。3.应用联合SNP分型以及VNTR-15分型的方法,地区性（连续3年）动态监测北京基因型菌株流行规律的传播机制。4.应用固体药敏法检测结核分枝杆菌的耐药表型,应用联合SNP分型以及VNTR-15分型的方法对我国四川省结核分枝杆菌进行分型,并分析基因型与耐药的相关性。5.应用全基因组测序技术了解成簇北京基因型菌株的遗传特征,分析遗传机制对其广泛流行及传播的作用。结果1.对于北京基因型菌株,联合SNP以及VNTR-15基因分型方法的分辨力（HGI=0.9950）比 VNTR-15 的分辨力（HGI=0.9915）以及 VNTR24 的分辨力（HGI=0.9943）高;对于现代北京基因型菌株,其分辨力（HGI=0.9917）同样比 VNTR-15 的分辨力（HGI=0.9859）以及 VNTR24 的分辨力（HGI=0.9905）高;对于古代北京基因型菌株,VNTR24的分辨力（HGl=0.9989）高于联合SNP以及VNTR-15基因分型方法的分辨力（HGI=0.9980）以及VNTR-15的分辨力（HGI=0.9978）。2.结核分枝杆菌北京基因型菌株在全国的流行率为73.69%（1731/2349）,其中现代北京基因型菌株在全国的流行率为76.43%（1323/1731）,古代北京基因型菌株在全国的流行率为23.57%（408/1731）,优势菌株为现代北京基因型菌株。通过单因素分析,结果显示北京基因型及其亚型菌株在全国范围内分布不均匀（P<0.001;P<0.001）。北京基因型菌株比非北京基因型菌株的传播力强（P<0.001）;现代北京基因型菌株比古代北京基因型菌株的传播力强（P<0.001）。此外,北京基因型菌株的流行与MDR（P=0.028）以及链霉素耐药（P<0.001）存在正相关性。3.我国四川省结核分枝杆菌北京基因型菌株的流行率为55.51%（489/881）,其中现代北京基因型菌株的流行率为70.96%（347/881）,古代北京基因型菌株的流行率为29.04%（142/881）,优势菌株为现代北京基因型菌株。四川省各地区北京基因型及其亚型菌株的流行无统计学差异（P=0.117;P=0.311）。北京基因型菌株在复治患者中感染率更高,大约是非北京基因型菌株感染率的2倍（P=0.009,OR=1.984）;北京基因型菌株更易发生近期传播,近期传播力约是非北京基因型菌株的3倍（P=0.005,OR=2.880）。比较现代北京基因型与古代北京基因型的感染情况,结果显示相对于女性结核病患者,男性患者更容易感染现代型北京菌株（p=0.035）;不同年龄分组之间的病人,其感染现代北京基因型菌株以及古代北京基因型菌株的概率具有差异性（P=0.007）。不同年份之间北京基因型及其亚型菌株的流行率无明显变化（P=0.621;P=0.739）;该地区2015年北京基因型菌株的近期传播率比2013年和2014年高;Bmyc10亚型在北京基因型菌株中占绝对优势。4.我国四川省结核病患者中,男性患者相对于女性患者更容易产生利福平耐药（P=0.034）以及耐多药现象（P=0.024）。另外,发生近期传播（成簇）的患者更容易发生利福平耐药（P=0.007）、乙胺丁醇耐药（P=0.007）以及耐多药（P=0.002）。该地区北京基因型菌株相对于非北京基因型菌株更容易发生利福平耐药（P=0.038）、异烟肼耐药（P=0.036）、乙胺丁醇耐药（P=0.003）以及耐多药（P=0.006）,说明四川地区流行的北京基因型菌株和耐药存在正相关性。亚型Bmyc210与亚型Bmyc10的菌株在SM耐药、INH耐药、RFP耐药以及MDR之间存在统计学差异。5.东亚分枝（北京基因型家系）的SNP及InDe1检出情况明显高于其他分枝;北京基因型菌株SNP热点区域主要分布在PE/PPE蛋白家族相关基因上;北京基因型菌株与H37Rv标准株遗传进化距离相隔比较远;现代北京基因型菌株间遗传距离较近,古代北京基因型菌株间遗传距离较远。结论1.VNTR分型与SNP分型对北京基因型菌株流行与传播规律的研究中具有互补性,联合SNP和VNTR-15的分型方法对结核分枝杆菌北京基因型及其现代亚型菌株具有较高的分辨力。建议使用联合SNP分型以及VNTR-15的基因分型方法在北京基因型菌株或者现代北京亚型菌株占优势的地区,用于追踪其近期传播模式和危险因素分析。在古代北京基因型菌株占主要流行株的地区,建议使用VNTR-24分型方法。2.本研究证明了现代北京基因型菌株是我国的优势菌株;北京基因型及其现代亚型在全国不同地区的分布不同;北京基因型菌株与SM耐药性以及MDR具有正相关性,且更具有扩散的潜在能力,提示北京基因型菌株可能存在耐药与传播的双重优势。同时,现代北京基因型菌株以及古代北京基因型菌株之间的传播潜力以及链霉素耐药性存在统计学差异,其中现代北京基因型菌株具有正相关性,更存在优势。3.结核分枝杆菌现代北京基因型菌株是四川省流行的优势菌株;北京基因型菌株同时与成簇和耐药性具有正相关,表明该地区北京基因型菌株具有双重优势,耐药为其提供了更长传播感染的时间优势;男性患者、具有耐药现象的患者是近期传播（成簇）的危险因素;Bmyc10亚型比其他北京基因型菌株更容易发生近期传播,其由基因突变积累的表型变化可能是其适应性增强的原因。4.我国四川省结核分枝杆菌分离株对异烟肼、链霉素、利福平、乙胺丁醇、氧氟沙星、卡那霉素存在不同程度的耐药现象;除达州大竹县外,其余4个监测点原发性耐药结核病的比重高于获得性耐药结核病;与非北京基因型相比,北京基因型菌株与利福平耐药、异烟肼耐药、乙胺丁醇耐药以及耐多药具有正相关性;Bmyc210亚型菌株更容易发生SM、INH、RFP耐药以及MDR。5.北京基因型菌株在PE/PPE蛋白家族区域存在高发突变,或许是其逃避宿主免疫系统,增强致病性和毒性的遗传机制,造成广泛流行的原因。现代北京基因型菌株与古代北京基因型菌株相比,是相对近期进化而来的亚型,可能更容易发生传播（成簇）。
张志,罗保斌,刘东艳,董明纲[9]（2016）在《结核分枝杆菌基因分型技术研究进展》文中指出结核分枝杆菌（Mycobacterial tuberculosis,MTB）是结核病的病原体,可累及全身多种组织器官,以肺组织受累最常见。近几年由于流动人口的增加和HIV病毒感染的流行,结核病再次成为严重危害世界公共卫生的传染病之一。结核病再度肆虐,其主要原因之一就是结核分支杆菌的变异。因此从分子水平研究结核分枝杆菌的基因特征并进行分型鉴定,明确主要流行菌型,以更准确地预测和
李雅楠[10]（2016）在《河北省结核分枝杆菌临床分离株基因分型、表型耐药及耐药相关基因突变特征研究》文中认为目的:初步探讨结核分枝杆菌散在重复单位-数目可变串联重复序列（Mycobacterial interspersed repetitive units-variable number tandem repeats,MIRU-VNTR）技术和间隔区寡核苷酸（Spacer oligonucleotide typing,Spoligotyping）技术在河北省结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis,MTB）临床分离株的分子流行病学研究中的应用,初步了解河北省MTB临床分离株的基因型及其分布特征;通过药物敏感试验和耐药基因测序,初步了解河北省MTB临床分离株的耐药情况,探讨表型耐药与耐药相关基因突变之间、基因型与表型耐药之间以及基因型与耐药相关基因突变之间的相关性,评价耐药相关基因位点检测对MTB表型耐药的临床诊断价值,为建立耐药结核分枝杆菌分子生物学快速检测技术提供科学依据。方法:从2014年1月至2014年12月,共收集到1017株河北省MTB临床分离株及相应的病例背景资料。采用PNB/TCH鉴别培养基和多位点PCR进行菌种鉴定,采用L-J固体培养基比例法进行一线抗结核药物（异烟肼、利福平、链霉素和乙胺丁醇）的药物敏感试验,采用15位点MIRU-VNTR和Spoligotyping进行基因分型研究,采用基因测序技术对7个耐药相关基因位点（rpsL、rrs、katG、inh A、oxy R-ahpC间隔区、rpoB和embB）进行序列分析,采用Bio Numerics 5.0软件进行聚类分析、Graph Pad Prism 5.0软件进行统计分析。结果:1河北省MTB菌株对四种一线抗结核药物的总耐药率为34.1%,MDR总耐药率为13.2%。初始耐药率为26.6%,初始MDR耐药率为6.1%;获得性耐药率59.7%,获得性MDR耐药率为37.6%。获得性耐药率和获得性MDR耐药率均分别显着高于初始耐药率和初始MDR耐药率（P值均<0.0001）。2河北省结核分枝杆菌表现出高度的基因多态性。Spoligotyping显示,北京家族占90.5%,非北京家族占9.5%。非北京家族以T基因型为主,也发现了LAM、MANU、H、U等基因型。MIRU-VNTR将1017株MTB菌株分成16个基因群,共846种VNTR基因型。Spoligotyping和15位点MIRU-VNTR的HGDI值分别为0.279和0.999。3北京家族与非北京家族在患者年龄、性别、治疗史及表型耐药的分布方面均无统计学差异。北京家族菌株的成簇率显着高于非北京家族菌株的成簇率（P<0.0001）。rpsL、embB基因在北京家族菌株中的突变率显着高于其在非北京家族菌株中的突变率（P值分别为0.0051和0.0180）。4 rpsL基因43位点的突变率为56.0%;rrs基因的突变率为17.0%;katG基因315位点的突变率为62.3%;inh A基因-15位点的突变率为14.1%;oxy R-ahpC间隔区的突变率10.5%;rpoB基因531位点的突变率为53.7%;embB基因306位点的突变率为56.5%。5随着耐药种类的增加,rpsL43、katG315、rpoB526/531和embB306位点的突变率呈递增的趋势（趋势P值均<0.0001）。rpsL43、katG315、rpoB526/531和embB306在MDR菌株中的突变率均显着高于在非MDR菌株中的突变率（P值分别为0.0136、<0.0001、<0.0001和<0.0001）。rpoB526/531和embB306联合检测MDR表型耐药的灵敏度为83.2%,特异度为80.8%。结论:1河北省MTB菌株对一线抗结核药物的总耐药率及MDR耐药率与全国平均水平相当。MTB菌株耐药性的产生与抗结核药物治疗有关。2河北省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,北京家族为主要流行株。15位点MIRU-VNTR基因分型法的分辨能力高于spoligotyping基因分型法的分辨能力。15位点MIRU-VNTR和spoligotyping相结合,能够准确全面地分析河北省结核分枝杆菌的基因多态性。3北京家族菌株在河北省的近期传播能力比非北京家族更强。rpsL和embB基因突变与北京家族菌株有关,提示链霉素和乙胺丁醇对北京家族菌株的临床治疗效果可能较差,这种适应性代价使北京家族菌株能够更好地适应环境,从基因水平解释了北京家族菌株广泛传播的原因。4 rpsL43、katG315、rpoB526/531和embB306位点的突变率随耐药种类增加呈递增趋势。rpoB526/531和embB306联合检测可用于检测MDR表型耐药。
二、IS6110-限制性片段长度多态性DNA分型在结核分子流行病学研究中的应用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、IS6110-限制性片段长度多态性DNA分型在结核分子流行病学研究中的应用（论文提纲范文）
（1）鸟—胞内分枝杆菌复合群的亚种鉴定和药敏特征以及耐药表型与基因型相关性研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一部分 MAC及其亚种的分离、鉴定 |
| 1.引言 |
| 2.材料与方法 |
| 3.结果 |
| 4.讨论 |
| 5.结论 |
| 第二部分 MAC的体外药物敏感性试验 |
| 1.引言 |
| 2.材料与方法 |
| 3.结果 |
| 4.讨论 |
| 5.结论 |
| 第三部分 MAC的 VNTR基因分型与耐药表型相关性研究 |
| 1.引言 |
| 2.材料与方法 |
| 3.结果 |
| 4.讨论 |
| 5.结论 |
| 参考文献 |
| 综述 鸟-胞内分枝杆菌复合群肺病治疗的研究进展 |
| 参考文献 |
| 中英文对照表 |
| 攻读学位期间发表文章情况 |
| 致谢 |
| 学位论文答辩委员会名单 |
| 个人简历 |
（2）新疆南疆地区结核分枝杆菌基因多态性及流行特点的研究（论文提纲范文）
| 中英文缩略词对照表 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 研究内容与方法 |
| 1 研究对象 |
| 2 主要实验试剂 |
| 3 常用试剂配制 |
| 4 主要仪器设备 |
| 5 实验方法 |
| 6 质量控制 |
| 7 技术路线图 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 结核分枝杆菌基因分型方法进展 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
| 导师评阅表 |
（3）大理地区HIV相关NTM病的菌种分布及优势菌群的生物学性状研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 课题资助情况 |
| 英汉缩略词与英汉对照 |
| 前言 |
| 第1章 大理地区NTM/HIV感染者NTM的菌种鉴定 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.1.1 标本来源 |
| 1.1.2 主要试剂与仪器 |
| 1.1.3 主要试剂的配制 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 菌株的初步鉴定与分离培养 |
| 1.2.2 非结核分枝杆菌的培养和保存 |
| 1.2.3 非结核分枝杆菌基因多位点序列分析鉴定 |
| 1.3 实验结果 |
| 1.3.1 抗酸染色镜检 |
| 1.3.2 部分NTM菌落的生长状况 |
| 1.3.3 鉴别培养基的鉴定 |
| 1.3.4 多位点PCR扩增的电泳结果 |
| 1.3.5 多位点PCR扩增产物测序结果及同源性分析 |
| 1.3.6 菌种分布情况 |
| 1.4 讨论 |
| 1.5 小结 |
| 第2章 大理地区NTM/HIV感染者NTM中鸟分枝杆菌MLVA法基因分型研究 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 菌株来源 |
| 2.1.2 实验试剂和仪器 |
| 2.1.3 主要试剂的配制 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 鸟分枝杆菌的DNA提取 |
| 2.2.2 MLVA基因分型法 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 PCR扩增结果重复性的检测 |
| 2.3.2 VNTR基因位点的多态性检测 |
| 2.3.3 不同位点的分辨力 |
| 2.3.4 UPGMA法聚类分析结果 |
| 2.3.5 用MST法聚类分析的结果 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第3章 鸟分枝杆菌药物敏感性测定 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 菌株来源 |
| 3.1.2 实验试剂和仪器 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 鸟分枝杆菌的传代培养 |
| 3.2.2 菌株的药物敏感性测定 |
| 3.2.3 质量控制以及注意事项 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 双感菌株在药敏培养基上的生长情况 |
| 3.3.2 培养结果报告 |
| 3.3.3 鸟分枝杆菌对二线抗结核药物的耐药情况 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第4章 鸟分枝杆菌PPE25-MAV蛋白对小鼠巨噬细胞凋亡的影响 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.1.1 实验细胞 |
| 4.1.2 实验试剂和仪器 |
| 4.1.3 试剂的配制 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 重组质粒的构建与鉴定 |
| 4.2.2 PPE25-MAV蛋白的诱导表达与鉴定 |
| 4.2.3 PPE-25 MAV蛋白的纯化以及柱上复性 |
| 4.2.4 Ana-1小鼠巨噬细胞的培养 |
| 4.2.5 PPE25-MAV蛋白对巨噬细胞凋亡的影响 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 重组质粒的鉴定 |
| 4.3.2 重组质粒的诱导表达 |
| 4.3.3 PPE25-MAV蛋白的Western Blot鉴定 |
| 4.3.4 PPE25-MAV蛋白的表达形式 |
| 4.3.5 流式细胞术检测PPE25-MAV蛋白对巨噬细胞的影响 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 综述 非结核分枝杆菌基因分型的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 |
（4）我国部分地区牛结核病调查与牛肺外结核病病原分离鉴定及生物学特性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| SUMMARY |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 概述 |
| 2 牛结核病病原学 |
| 2.1 病原 |
| 2.2 基因组学 |
| 2.3 进化关系 |
| 2.4 毒力因子 |
| 2.5 抗分枝杆菌感染的作用机制 |
| 3 牛结核病的流行病学、发病学及其诊断 |
| 3.1 牛结核病的流行病学 |
| 3.1.1 传播途径 |
| 3.1.2 牛分枝杆菌的流行病学特征 |
| 3.1.3 家畜中的牛分枝杆菌 |
| 3.1.4 人源牛分枝杆菌 |
| 3.2 肺结核与肺外结核的发病学 |
| 3.3 牛结核病的诊断 |
| 3.3.1 皮内变态反应 |
| 3.3.2 基于血液的试验方法 |
| 4 国内外防控模式 |
| 4.1 牛结核病的防控现状 |
| 4.2 国外发达国家牛结核病的防控模式 |
| 4.2.1 欧盟等发达国家基本策略和主要措施 |
| 4.2.2 英国的牛结核病防控策略 |
| 4.3 我国牛结核病的防控策略 |
| 第二章 2015-2018年我国部分地区牛结核病流行病学调查 |
| 第一节 2015-2018年我国部分地区牛结核病免疫学检测 |
| 1 材料 |
| 1.1 样品 |
| 1.2 主要试剂耗材 |
| 1.2.1 试剂 |
| 1.2.2 耗材 |
| 1.3 主要仪器设备 |
| 2 方法 |
| 2.1 现场问卷调查 |
| 2.2 现场采样调查 |
| 2.2.1 比较皮内变态反应(SICCT) |
| 2.2.2 IFN-γ试验 |
| 3 结果和分析 |
| 3.1 现场调查结果 |
| 3.1.1 检疫情况 |
| 3.1.2 症状和剖检情况 |
| 3.2 SICCT检测结果 |
| 3.3 IFN-γ试验检测结果 |
| 3.4 时间分布 |
| 3.5 区间分布 |
| 3.6 群间分布 |
| 3.7 重点省份bTB流行情况 |
| 3.8 禽分枝杆菌等的感染情况 |
| 4 讨论 |
| 4.1 群发性特征 |
| 4.2 流行率 |
| 4.3 区域分布 |
| 4.4 非特异性干扰 |
| 5 结论 |
| 第二节 牛分枝杆菌的分离鉴定 |
| 1 材料 |
| 1.1 病料 |
| 1.2 培养基 |
| 1.2.1 丙酮酸钠培养基 |
| 1.2.2 罗氏培养基 |
| 1.2.3 7H11培养基 |
| 1.2.4 7H9培养基 |
| 1.3 主要试剂 |
| 1.4 主要仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 病料的采集 |
| 2.2 病料的处理 |
| 2.3 分枝杆菌的分离培养 |
| 2.4 临床分离株的萋尼氏抗酸染色 |
| 2.5 细菌DNA的提取及浓度测定 |
| 2.6 临床分离株的种属多重PCR鉴定 |
| 2.6.1 引物的合成 |
| 2.6.2 反应体系与程序 |
| 2.6.3 判定标准 |
| 2.7 临床分离株MTBC群内PCR鉴定 |
| 2.7.1 引物合成 |
| 2.7.2 反应体系与程序 |
| 2.7.3 判定标准 |
| 3 结果 |
| 3.1 剖检病变 |
| 3.2 分枝杆菌的分离培养结果 |
| 3.3 临床分离株的萋尼氏抗酸染色观察 |
| 3.4 细菌DNA的提取及其浓度 |
| 3.5 分枝杆菌种属鉴定结果 |
| 3.6 MTBC鉴定结果 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第三章 牛肺外结核的综合诊断与病原分离鉴定 |
| 1 材料 |
| 1.1 试剂和培养基 |
| 1.2 耗材 |
| 1.3 主要仪器设备 |
| 2 方法 |
| 2.1 试验牛场背景 |
| 2.2 综合诊断策略 |
| 2.2.1 免疫学检测方法 |
| 2.2.2 剖检 |
| 2.2.3 病料的采集 |
| 2.2.4 奶样和粪便的采集 |
| 2.2.5 病理学诊断 |
| 2.2.6 病原分离培养 |
| 2.2.7 分子生物学鉴定 |
| 2.3 针对性防控措施及效果评价 |
| 2.3.1 针对性防控措施 |
| 2.3.2 防控效果评价 |
| 3 结果 |
| 3.1 免疫学综合检测结果 |
| 3.2 剖检结果 |
| 3.3 病理学诊断结果 |
| 3.3.1 HE染色 |
| 3.3.2 Z-N抗酸染色 |
| 3.4 病原分离鉴定结果 |
| 3.4.1 组织病料分离鉴定结果 |
| 3.4.2 奶样和粪便样品分离鉴定结果 |
| 3.5 综合诊断结果 |
| 3.6 防控效果评价 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第四章 牛肺外结核临床分离株致病性研究 |
| 1 材料 |
| 1.1 实验动物及菌株 |
| 1.1.1 实验动物 |
| 1.1.2 菌株 |
| 1.2 主要试剂耗材 |
| 1.3 主要仪器设备 |
| 2 方法 |
| 2.1 动物分组 |
| 2.2 攻毒程序 |
| 2.3 剖检 |
| 2.4 组织病理学观察 |
| 2.5 靶器官组织匀浆的活菌培养 |
| 3 结果 |
| 3.0 实验兔生理状况 |
| 3.1 剖检结果 |
| 3.2 组织病理学结果 |
| 3.2.1 HE染色 |
| 3.2.2 Z-N抗酸染色 |
| 3.3 组织匀浆活菌培养结果 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第五章 牛肺外结核分离株基因分型与全基因组测序及系统进化分析 |
| 1 材料 |
| 1.1 菌株 |
| 1.1.1 分型菌株 |
| 1.1.2 测序菌株 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 MIRU-VNTR |
| 2.1.1 引物的设计合成 |
| 2.1.2 反应体系与程序 |
| 2.1.3 聚类分析 |
| 2.1.4 各位点分辨率的计算 |
| 2.2 全基因组测序与分析 |
| 2.2.1 核酸的提取 |
| 2.2.2 全基因组测序 |
| 2.2.3 标准参考序列和数据分析所用的其他MTBC菌株序列的获得 |
| 3 结果 |
| 3.1 MIRU-VNTR基因分型多态性结果 |
| 3.1.1 检测样品结果重复性和准确性 |
| 3.1.2 不同VNTR位点的基因多态性结果 |
| 3.1.3 牛分枝杆菌VNTR位点的等位基因多态性 |
| 3.1.4 MIRU-VNTR聚类分析结果 |
| 3.2 全基因组测序结果 |
| 3.2.1 测序数据评估结果 |
| 3.2.2 全基因组测序数据的初步分析 |
| 3.2.3 基于WGS-SNP的系统发育分析 |
| 3.2.4 全基因组数据的初步比对分析 |
| 3.3 肺结核和肺外结核差异基因研究 |
| 3.3.1 差异基因的比对分析结果 |
| 3.3.2 差异基因的PCR扩增结果 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 在读期间发表论文和研究成果等 |
| 导师简介 |
（5）基于全基因组测序的结核病传播及耐药特征分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略词 |
| 第一部分 基于全基因组测序的西藏结核病传播特征分析 |
| 1.1 前言 |
| 1.2 对象和方法 |
| 1.3 结果 |
| 1.3.1 西藏结核分枝杆菌菌株的基本信息 |
| 1.3.2 西藏成簇菌株影响因素分析 |
| 1.3.3 西藏结核病跨区传播情况 |
| 1.3.4 西藏结核病传播簇大小与初复治的相关性 |
| 1.4 讨论 |
| 1.5 小结 |
| 第二部分 基于全基因组测序的中国耐多药结核分枝杆菌耐药突变特征分析 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 对象和方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 结核分枝杆菌中MDR菌株分布情况 |
| 2.3.2 MDR菌株耐药特点 |
| 2.3.3 GenoType MTBDRplus和 MTBDRsI检测效果评价 |
| 2.3.4 遗传背景与耐药突变的相关性分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表的科研成果 |
| 致谢 |
（6）高原地区结核杆菌大片段基因多态性及其与耐药性的关系（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第1章 引言 |
| 第2章 菌株的培养鉴定及药敏结果分析 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.2 所需器材和主要试剂 |
| 2.3 菌株罗氏培养及鉴定 |
| 2.3.1 改良罗氏培养基的制备方法 |
| 2.3.2 标本前处理 |
| 2.3.3 标本接种 |
| 2.3.4 结核分枝杆菌的鉴定 |
| 2.4 质量控制 |
| 2.5 药敏培养基的制备及药敏试验 |
| 2.5.1 药敏培养基的制备 |
| 2.5.2 比例法药敏试验的接种和培养步骤 |
| 2.6 菌株来源及比例法药敏结果 |
| 2.6.1 菌株来源 |
| 2.6.2 一线药物的药敏结果 |
| 2.6.3 二线药物药敏结果 |
| 2.7 讨论 |
| 第3章 结核杆菌RD基因分型 |
| 3.1 研究对象 |
| 3.2 主要仪器和试剂 |
| 3.3 菌株DNA的提取 |
| 3.4 RD基因分型实验操作过程 |
| 3.4.1预实验 |
| 3.4.2样本正式实验 |
| 3.4.3 琼脂糖凝胶电泳及成像 |
| 3.5 质量控制 |
| 3.6 结核分枝杆菌RD基因分型结果 |
| 3.6.1 本地区RD分型结果及与其他地区结果比较 |
| 3.6.2 菌株RD分型与人口学特征联系 |
| 3.6.3 RD分型与菌株耐药表型的联系 |
| 3.6.4 RD分型与热点耐药基因突变的关系 |
| 3.7 讨论 |
| 第4章 结核杆菌的磷脂酶C基因多态性 |
| 4.1 研究对象 |
| 4.2 主要仪器和试剂 |
| 4.3 检测plc基因实验操作过程 |
| 4.3.1预实验 |
| 4.3.2样本正式实验 |
| 4.3.3 琼脂糖凝胶电泳及成像 |
| 4.4 结核分枝杆菌plc基因多态性结果 |
| 4.4.1 plc基因扩增结果 |
| 4.4.2 plc基因型与菌株表型耐药的结果分析 |
| 4.4.3 菌株基因型与plc基因突变的关系 |
| 4.5 讨论 |
| 第5章 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 结核分枝杆菌的主要基因分型方法概述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者在读期间科研成果简介 |
（7）西北部分地区牛源分枝杆菌的分离鉴定及耐药性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 牛结核病流行特征研究 |
| 1.2 结核分枝杆菌耐药性研究 |
| 1.3 结核分枝杆菌基因分型技术研究 |
| 1.4 非结核分枝杆菌的流行情况 |
| 1.5 本课题的研究意义 |
| 第二章 牛源分枝杆菌的复壮及初步鉴定 |
| 2.1 材料与试剂 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.4 分析与讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 牛源结核分枝杆菌基因分型及表型耐药特征研究 |
| 3.1 材料与试剂 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.4 分析与讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 牛源结核分枝杆菌相关耐药基因突变特征分析 |
| 4.1 材料及试剂 |
| 4.2 试验方法 |
| 4.3 结果 |
| 4.4 分析与讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 牛源非结核分枝杆菌临床株的鉴定 |
| 5.1 材料及试剂 |
| 5.2 试验方法 |
| 5.3 结果 |
| 5.4 分析与讨论 |
| 5.5 小结 |
| 第六章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录一: 结核分枝杆菌MIRU-VNTR15位点拷贝数 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（8）基于人群的我国结核病主要流行株的遗传特征和传播规律研究（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 1.研究背景 |
| 2.研究目的 |
| 第一部分 优化与评估适合结核分枝杆菌北京基因型菌株的分型方法 |
| 背景 |
| 目的 |
| 材料和方法 |
| 1.菌株来源 |
| 2.主要实验试剂 |
| 3.主要仪器设备 |
| 4.主要实验方法 |
| 结果 |
| 1.SNP分型与VNTR分型的互补性 |
| 2.比较不同位点组合对北京基因型菌株的分辨力 |
| 3.比较不同位点组合对现代北京基因型菌株的分辨力 |
| 4.比较不同位点组合对古代北京基因型菌株的分辨力 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 第二部分 我国结核分枝杆菌北京基因型菌株的流行及其影响因素 |
| 背景 |
| 目的 |
| 材料和方法 |
| 1.菌株来源 |
| 2.主要实验试剂 |
| 3.主要仪器设备 |
| 4.主要实验方法 |
| 结果 |
| 1.研究对象的人口学特征 |
| 2.我国结核病主要流行株的遗传特征 |
| 3.我国北京基因型菌株的流行情况 |
| 4.北京基因型菌株的相关因素分析 |
| 5.北京基因型亚型菌株的影响因素 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 第三部分 结核分枝杆菌北京基因型菌株流行规律的传播机制研究 |
| 背景 |
| 目的 |
| 材料和方法 |
| 1.菌株来源 |
| 2.主要实验试剂 |
| 3.主要仪器设备 |
| 4.主要实验方法 |
| 结果 |
| 1.四川省结核分枝杆菌流行株的遗传特征分析 |
| 2.四川省结核分枝杆菌北京基因型菌株的流行及其亚型构成 |
| 3.四川省北京基因型菌株的影响因素 |
| 4.北京基因型亚型菌株的影响因素 |
| 5.北京基因型菌株近期传播的影响因素 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 第四部分 结核分枝杆菌北京基因型与耐药的相关性研究 |
| 背景 |
| 目的 |
| 材料和方法 |
| 1.菌株来源 |
| 2.主要实验试剂 |
| 3.主要仪器设备 |
| 4.主要实验方法 |
| 结果 |
| 1.结核分枝杆菌的耐药情况 |
| 2.耐药菌株的传播情况 |
| 3.分析与耐药相关的影响因素 |
| 4.基因型与耐药的相关性分析 |
| 5.北京基因型各亚型菌株的病人耐药性比较 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 第五部分 我国结核分枝杆菌主要流行株的遗传特征分析 |
| 背景 |
| 目的 |
| 材料和方法 |
| 1.实验流程 |
| 2.生物信息分析流程 |
| 结果 |
| 1.纳入菌株组成情况 |
| 2.SNP、Indel检测及统计 |
| 3.结核分枝杆菌北京基因型菌株的SNP和Indel调用 |
| 4.结核分枝杆菌北京基因型菌株的系统进化分析 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 总结 |
| 参考文献 |
| 综述 耐药结核病的流行和监测现状 |
| 参考文献 |
| 发表文章 |
| 致谢 |
（10）河北省结核分枝杆菌临床分离株基因分型、表型耐药及耐药相关基因突变特征研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 英文摘要 英文缩写 引言 第一部分 |
| 河北省结核分枝杆菌临床分离株基因分型及表型耐药特征 前言 材料与方法 结果 附图 附表 讨论 小结 参考文献 第二部分 |
| 河北省结核分枝杆菌临床分离株耐药相关基因突变特征 前言 材料与方法 结果 附图 附表 讨论 小结 参考文献 结论 综述 |
| 北京家族结核分枝杆菌的研究进展 参考文献 致谢 个人简历 |
四、IS6110-限制性片段长度多态性DNA分型在结核分子流行病学研究中的应用（论文参考文献）
- [1]鸟—胞内分枝杆菌复合群的亚种鉴定和药敏特征以及耐药表型与基因型相关性研究[D]. 李远春. 卫生部北京老年医学研究所, 2021(01)
- [2]新疆南疆地区结核分枝杆菌基因多态性及流行特点的研究[D]. 殷春杰. 新疆医科大学, 2021(08)
- [3]大理地区HIV相关NTM病的菌种分布及优势菌群的生物学性状研究[D]. 翟凯新. 大理大学, 2020(05)
- [4]我国部分地区牛结核病调查与牛肺外结核病病原分离鉴定及生物学特性研究[D]. 许芳. 甘肃农业大学, 2020(01)
- [5]基于全基因组测序的结核病传播及耐药特征分析[D]. 高敏. 南华大学, 2020(01)
- [6]高原地区结核杆菌大片段基因多态性及其与耐药性的关系[D]. 张媛媛. 青海大学, 2019(04)
- [7]西北部分地区牛源分枝杆菌的分离鉴定及耐药性分析[D]. 程成. 宁夏大学, 2019
- [8]基于人群的我国结核病主要流行株的遗传特征和传播规律研究[D]. 马爱静. 中国疾病预防控制中心, 2018(05)
- [9]结核分枝杆菌基因分型技术研究进展[J]. 张志,罗保斌,刘东艳,董明纲. 河北北方学院学报(自然科学版), 2016(06)
- [10]河北省结核分枝杆菌临床分离株基因分型、表型耐药及耐药相关基因突变特征研究[D]. 李雅楠. 河北医科大学, 2016(04)