一、银屑病易感基因位点PSORS1的研究进展(论文文献综述)
张美龄[1](2021)在《黄柏炭与银屑病的治疗》文中进行了进一步梳理纵观历代古籍对炭药的记载,可见其具有广泛的临床应用范围,能够治疗多系统、多器官的疾病种类高达百余种,且疗效确切。作为新药研发的全新药物源泉,探索炭药未被发现的、全新的药效,并科学的阐释其起效物质基础和作用机制,对于促进炭药以更广泛的药效服务于临床具有重要意义。黄柏(Phellodendri Chinensis Cortex,PCC)首载于《神农本草经》,也是经方常用组成药物之一。在前期开展多种炭药生物活性的研究中,偶然发现黄柏炭(PCC Carbonisata,PCCC)在改善咪喹莫特(Imiquimod,IMQ)诱导银屑病小鼠模型症状上展现出良好的疗效,然而这一全新药效发挥的起效物质基础和作用机制等基本科学问题尚未有定论。为填补这一研究空白,确证PCCC治疗银屑病的有效性和科学性,拓展其临床应用的范围,本研究展开了以下系列工作。目的:在新线索的基础上,应用IMQ诱导银屑病小鼠模型,进一步确证PCCC治疗银屑病的活性,并初步探讨“火制”程度对其药效的影响。进而以药效为指导,结合电镜技术、色谱技术以及光学技术,证明黄柏炭纳米类成分(PCCC nano-components,PCCC-NCs)是PCCC发挥治疗银屑病药效的物质基础,并分析不同条件制备的PCCC-NCs的物理化学性质与其活性强弱的关联性,获取其治疗银屑病活性最佳的制备工艺参数。于此基础上,进一步探讨PCCC-NCs治疗银屑病的量效关系、给药方式以及体内外安全性,并以调控巨噬细胞极化功能为切入点,阐释其起效作用机制,从而为以PCCC为代表的中药炭药的临床拓展应用与物质基础研究提供前导性研究思路。方法:(1)应用银屑病小鼠模型探讨炮制程度与给药方式对PCCC治疗银屑病作用的影响,初步筛选出活性最佳的“火制”条件,为后续实验的开展奠定基础。(2)采用透析方法将PCCC溶液分离成分子量大于和小于1000 Da的两部分,并借助色谱技术、电镜技术以及光学技术分析鉴定其治疗银屑病的活性部位。(3)考察炭化温度与时间对PCCC活性部位物理化学性质的影响,并通过银屑病小鼠模型和Hacat细胞增殖活力模型评价并筛选出PCCC活性部位的最佳制备工艺参数,进而借鉴材料科学技术进一步分析其结构特征、元素配位等信息。(4)通过检测银屑病小鼠体重、脾指数、后背与耳部皮肤外貌、银屑病皮损与严重程度评分(Psoriasis area and severity index,PASI)以及病理组织(如表皮厚度、炎性细胞浸润以及血管增生等)的变化,对优选获取的PCCC活性部位治疗银屑病的给药方式及量效关系进行研究。(5)利用ELISA法、生化法、流式细胞术、免疫印迹法、免疫组化/荧光法检测皮肤/血清中M1/M2标志性因子水平、脾细胞Th1/Th2和Th17/Treg 比例、氧化应激相关因子以及NF-κB/STAT6通路相关蛋白表达,从调控巨噬细胞极化角度探讨PCCC活性部位治疗银屑病的作用机制。(6)分别以脂多糖(Lipopolysaccharide,LPS)和IL-4将RAW264.7细胞诱导极化成M1亚型和M2亚型,结合CCK-8实验获取的PCCC活性部位的安全给药浓度对极化后的RAW264.7细胞进行干预,并以M1/M2亚型巨噬细胞高表达因子为评价指标,体外进一步证实PCCC活性部位对巨噬细胞极化的调控作用。(7)通过细胞CCK-8实验、小鼠急毒及长毒实验,获取PCCC活性部位的安全性参数。结果:(1)确证了市售PCCC(PCCC sale in the market,PCCC-MS)具有治疗银屑病的药效,且腹腔注射效果较灌胃给药和皮下注射更佳;进而考察黄柏及其不同炮制品对银屑病小鼠的治疗效果,结果显示药效由强到弱依次为:改良工艺获取的400℃制备PCCC(PCCC prepared at 400℃,PCCC-400℃)>PCCC-MS>炒黄柏(Fried PCC,F-PCC)>PCC。(2)药效结果显示PCCC-400℃治疗银屑病的活性部位为透析袋内成分(MWCO>1000),且经HPLC分析发现其色谱图上无吸收峰出现。低分辨透射电镜(Transmission electronmicroscopy,TEM)和高分辨透射电镜(Highresolution TEM,HRTEM)下可见其为0.5~3.6 nm的近球形、晶格明显(0.22 nm)的颗粒。红外和荧光图谱显示该部位具有荧光,且表面存在丰富的羟基、羧基等官能团。另外,对PCCC-MS透析袋内成分进行以上分析,结果与上述较为相似。结合我们团队的前期研究结果,本研究确认PCCC治疗银屑病的物质基础为纳米类成分(Nano-components,NCs),即PCCC-NCs。(3)HPLC图谱显示9种工艺参数条件下制备的PCCC-NCs中均未有小分子化合物的存在。进一步采用现代材料科学分析技术对其物理化学性质分析发现:炭化温度相同时,延长制备时间会引起PCCC-NCs粒径尺寸减小、荧光最大激发/发射波长蓝移;炭化时间一致时,升高温度也会引起PCCC-NCs粒径尺寸减少,但是荧光波长变化并无规律性。除此之外,炭化的温度和时间还会引起PCCC-NCs的红外吸收峰强和晶格间距发生改变,但仅以当前结果难以分析其中的规律性。进而以治疗小鼠银屑病和抑制Hacat细胞增殖活力的体内外药效为指导,优化获取PCCC-NCs的最佳制备工艺参数为400℃、1h,进一步表征发现该NCs主要由碳和氧元素组成,存在高度不定型碳结构和π-π*、n-π*跃迁,且具有荧光激发-发射依赖性,量子产率为5.63%。(4)基于上述结果,本研究考察并证明了 400℃、1 h获取的PCCC-NCs在降低银屑病小鼠PASI评分上,腹腔注射的疗效较灌胃给药和皮下注射更佳;且本实验设置的高、中、低剂量PCCC-NCs在改善IMQ干预引起的体重降低,脾指数增高,PASI评分升高,背部和耳部皮肤病理组织改变如表皮增厚、炎性细胞浸润以及血管增生等症状上均显示出显着作用,相关指标或蛋白表达的变化也进一步验证了此结果。综合分析发现PCCC-NCs发挥抗银屑病活性的量-效曲线呈“U”型,即实验考察剂量内,中剂量PCCC-NCs表现出更佳的治疗效果。(5)机制研究发现,PCCC-NCs可降低银屑病小鼠血清(TNF-α、IL-6、IL-23、IL-17A和IL-22)和皮肤组织(TNF-α、IL-6、NO和iNOs)中的M1相关因子,且皮肤免疫组化分析可见其能够降低CD86的阳性表达,表明PCCC-NCs具有抑制巨噬细胞M1极化的作用;同时PCCC-NCs可升高皮肤组织和血清中M2相关因子(IL-10和Arg-1)水平,说明其可促进巨噬细胞向M2亚型极化。小鼠脾组织的流式细胞分析显示PCCC-NCs可通过降低Th1/Th2和Th17/Treg比例调节T细胞平衡,且该NCs还可改善IMQ引起的皮肤组织中T-AOC、SOD、GSH-Px、CAT降低,MDA升高的现象。进一步研究发现PCCC-NCs可抑制p65的磷酸化,同时促进STAT6磷酸化。上述结果表明,PCCC-NCs可能通过调控NF-κB和STAT6通路改善IMQ引起的巨噬细胞M1/M2升高现象,进而减少M1巨噬细胞分泌的炎性介质、促进M2型巨噬细胞分泌抗炎介质,实现对Th1/Th2和Th17/Treg平衡的调节和机体氧化应激损伤的缓解,从而发挥治疗银屑病的活性。(6)PCCC-NCs可缓解LPS诱导的RAW264.7巨噬细胞的M1极化,同时促进IL-4诱导的RAW264.7的M2极化,从体外角度进一步印证了该NCs对巨噬细胞极化的调控功能。(7)安全性评价结果显示PCCC-NCs在L02和293T细胞上的安全剂量≤ 1250μg/mL,且其用量在1.56 mg/kg~100.00 mg/kg区间内小鼠均不会出现急毒反应,最大给药量达到200 mg/kg时动物的生理状态和主要器官也未发生明显改变。另外,PCCC-NCs的长毒结果可见该NCs在连续给药1月和停药2周后,小鼠的一般状态、体重、摄食量、血常规、血清生化指标、主要脏器系数及其病理组织未显示出明显毒性变化。结论:本研究首次证实PCCC具有治疗银屑病的功效,且炭化程度高的PCCC腹腔注射效果更佳。综合利用色谱技术、现代材料科学技术和中药药理药效研究方法,追踪并确认PCCC治疗银屑病的物质基础为PCCC-NCs。以此成分为切入点,优化和规范PCCC的制备工艺,并以药效为指导获取该NCs活性最佳的制备工艺参数为400℃、1h。在此基础上,发现PCCC-NCs治疗银屑病无剂量依赖性,可能通过NF-κB和STAT6通路调控巨噬细胞极化,进而改善T细胞比例失衡和机体氧化应激损伤,从而发挥治疗银屑病的活性。另外,PCCC-NCs在细胞毒性、小鼠急毒和长毒实验均显示出极高的安全性。该研究结果将为确证PCCC治疗银屑病的全新药效、并从物质基础和作用机制角度阐述其科学性提供了实验依据,对于以PCCC为代表的中药炭药功效“钩沉创新”、物质基础和工艺规范及优化等基础研究提供了示范性思路,有助于推动PCCC-NCs开发成治疗银屑病新制剂从而使其更好的服务于临床。
徐琼琼[2](2021)在《银屑病易感基因交互作用研究》文中指出研究背景:银屑病是一种免疫介导的炎症性增生性皮肤病,以皮肤损害为主,临床上表现为红斑丘疹性损害上覆白色鳞屑,或可累及关节。它有很强的遗传易感性,前期全基因组关联分析研究(GWAS)确定了大量的银屑病易感位点,奠定了银屑病的遗传学基础,易感基因的相互联系即基因交互作用也是遗传学的一个重要组成部分,基因交互作用作为一种新的遗传方向,在许多自身免疫性疾病中都发挥着重要作用,如系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、多发性硬化等,在银屑病中也有关于易感基因交互作用的研究,但研究仅涉及部分基因的交互作用,此研究基于银屑病的GWAS研究,探究更多的银屑病易感基因交互作用。研究目的:本研究以银屑病的全基因组关联分析为基础,寻找银屑病易感基因的交互作用,进一步解释银屑病的病因及发病机制,丰富中国汉族人群银屑病的遗传模式。研究方法:首先本研究纳入了银屑病既往研究的GWAS初筛数据,采用的病例-对照研究,包括外显子测序的781份病例和676份对照数据、靶向测序1326个相关基因和MHC区域测序包括9946份病例和10689份对照数据,确定了并研究分析这些易感基因的交互作用;然后在5414份病例和5556份对照中验证在外显子测序和靶向测序中显着的49个SNPs位点,并分析验证结果中29个p<0.05的基因的交互作用;本研究中所有样本均为中国汉族人群。SNPs位点与疾病的关联强度如P值、比值比(OR)和95%可信区间(95%CI)通过PLINK 1.07分析并输出。采用多因子降维法(multifactor dimensionality reduction,MDR)分析基因交互作用。研究结果:在外显子测序、靶向测序和MHC测序的数据中,显着的交互作用为HLA-C*06:02和snp31443520(rs118179173)之间(P=8.21×10-20,OR=0.22)、HLA-C*06:02和HLA-B:AA67之间(P=1.22×10-12,OR=0.45),并达到了Bonferroni校正统计学标准。本研究验证了49个SNPs位点,其中29个SNPs位点具有显着性(P<0.05),其中ERAP1基因与银屑病相关性最强(chr5_96118852,P=9.92×10-9,OR=0.85;chr5_96117300,P=1.28×10-8,OR=0.86;chr5_96125910,P=1.49×10-8,OR=0.86;chr5_96121715,P=7.12×10-8,OR=0.86;chr5_96121994,P=1.56×10-7,OR=0.86;chr5_96124447,P=2.73×10-6,OR=0.88),进一步对这6个位点进行了单倍型分析,11个单倍型与银屑病相关(P<0.05)。5个单倍型在健康对照组中不存在,仅在银屑病患者中发现,其中的显着的2个单倍型为GCCACT(P=7.09×10-23)和AGTGGC(P=3.95×10-22)。有2个单倍型在病例组和对照组中都可见,其中ACTGCT具有保护作用(P=9.64×10-10,OR=0.84),GGCAGC表现出风险效应(P=1.38×10-3,OR=1.10)。进一步分析P<0.05的基因交互作用,有23个交互作用p<0.05,结果中ERAP1和ERAP2交互作用最为显着(chr5_96118852×chr5_96222183,P=2.43×10-4,OR=0.85),并通过Bonferroni校正后达到统计学意义。此外,IL18R1和ERAP1也表现出潜在的交互作用。研究结论:本研究发现了银屑病易感基因的交互作用,在MHC复合体中发现了显着的基因交互作用,在非MHC区域中,发现了ERAP1和ERAP2的交互作用,验证了已发表的易感基因交互作用,包括HLA和ERAP1、HLA和IL12B等。此外,本研究验证了银屑病的易感基因,其中ERAP1最为显着,进一步分析了ERAP1的单倍型与银屑病的关系,对于疾病风险的预测有重要意义。
曹智睿[3](2020)在《基于靶基因捕获测序法对海南汉族寻常性银屑病与VDR基因关系的研究》文中研究说明目的探讨VDR基因多态性与寻常性银屑病的关系。方法在101例海南籍汉族寻常性银屑病患者与79例海南籍健康对照者中采用靶基因捕获测序法对VDR基因及其上、下游各2kb进行全长测序,对于最小等位基因频率大于1%的SNP进行基于SNP和单倍型的关联分析。采用生物信息学方法预测风险位点对基因功能的影响。结果在基于SNP的关联分析中,在寻常性银屑病组,有40个SNP(29个位于内含子、1个位于外显子及10个位于基因间)为银屑病的易感位点,其OR值为0.148~2.779,95%CI为0.016~6.130(P值0.000~0.976)。生物信息学预测显示位于外显子上的rs2228570可引起氨基酸改变,继而导致基因功能的改变。在基于单倍型的关联分析结果显示:有10个单倍型为疾病的保护性单倍型,其在正常对照、患者中的频率分别为5.150%-45.570%,1.110%-33.170%,这10个单倍型的OR值为0.198~0.630,95%CI为0.039~0.985(P值0.002~0.048)。结论VDR基因与海南汉族寻常型银屑病发病机制相关。
包佳[4](2020)在《ERAP1基因变异与内蒙古汉族寻常型银屑病相关性及与HLA-C★0602的交互作用》文中研究表明目的1.探讨ERAP1基因遗传变异与内蒙古汉族寻常型银屑病的相关性。2.以HLA-C*0602分层分析,探讨其与ERAP1交互作用与内蒙古汉族寻常型银屑病易感性的相关性。3.以发病时间分为早发型(发病年龄≤40岁)和晚发型银屑病(发病年龄>40岁)进行分层分析,探讨ERAP1遗传变异与内蒙古汉族寻常型银屑病的相关性。4.以有无家族史进行分层分析,探讨ERAP1遗传变异与内蒙古汉族寻常型银屑病的相关性。方法本实验分为初筛实验和验证实验两个阶段。初筛实验研究对象包含寻常型银屑病病例142例及无银屑病的健康对照100例,验证实验研究对象含1030例寻常型银屑病病例和956例健康对照。收集研究对象外周血(抗凝全血)-80℃保存备用,提取DNA样本。初筛实验通过二代测序法对ERAP1的27个外显子进行测序,筛选有意义遗传变异。验证实验对初筛实验中有意义的遗传变异和既往报道遗传变异共计18个变异位点,采用二代测序法和序列特异性引物聚合酶链式反应检测,分析ERAP1遗传变异与银屑病的关系及HLA-C*0602与ERAP1是否具有交互作用。初筛阶段和验证阶段数据合并分析采用Cochran-Mantel-Haenszel(CMH)方法进行合并分析。对发病年龄(≤40岁及>40岁)及有无家族史分别进行分层分析与寻常型银屑病的关系。所有遗传变异分型数据质控、等位基因及基因率比较采用PLINK1.07软件,通过卡方检验(χ2)比较最小等位基因频率(MAF),并计算最小等位基因的优势比(OR)及其95%置信区间(95%CI),所有统计检验均采用双侧概率检验,以α=0.05为检验标准,P<0.05为差异有统计学意义。结果1.初筛阶段,对ERAP1基因的27个外显子测序后,共测序发现157个遗传变异,经过质控、筛选(去除不符合HWE平衡的遗传变异,去除等位基因频率小于0.01的遗传变异),共有85个遗传变异纳入统计分析。经卡方检验提示有13个遗传变异显示与银屑病具有相关性(P<0.05),分别是rs27980、rs27042、rs27044、rs469876、rs469783、rs469758、rs26510、rs27434、rs998509、rs766222717、rs3734016、rs151949、rs77311599。验证阶段共对18个遗传变异进行分型实验,共有12个遗传变异与银屑病相关。初筛阶段和验证阶段数据合并分析后,结果提示与内蒙古汉族人群寻常型银屑病ERAP1基因相关的变异位点为12个,分别是:rs27980_G(P=0.002,OR=0.82),rs469876_G(P=0.013,OR=0.84),rs77311599_T(P=0.008,OR=0.63),rs998509_A(P=0.003,OR=0.77),rs766222717_C(P=0.001,OR=0.75),rs3734016_T(P=4.56×10-04,OR=0.73),rs27044_G(P=0.003,OR=1.20),rs469783_C(P=2.57×10-05,OR=1.32),rs469758_C(P=8.50×10-06,OR=1.33),rs26510_C(P=8.44×10-06,OR=1.33),rs30187_T(P=3.94×10-04,OR=1.25),rs27434_A(P=0.002,OR=1.22)。而rs27042_A、rs2287987_C、rs17482078_T、rs26653_G、rs10050860_T、rs151949_T与银屑病无明显相关性(P>0.05)。2.以HLA-C*0602阴性、阳性进行分层分析ERAP1遗传变异与内蒙古汉族人群寻常型银屑病的相关性,结果示在HLA-C*0602阳性时,rs469783_C(P=0.036,OR=1.29)、rs469758_C(P=0.030,OR=1.31)、rs26510_C(P=0.047,OR=1.28)与银屑病有明显相关性,在HLA-C*0602阴性时无明显相关性。3.以是否有银屑病家族史进行分层分析,结果示在家族史阳性的病例中共8个ERAP1遗传变异在病例组和对照组的等位基因频率有显着差异,其分别是:rs469783、rs469758、rs30187、rs26510、rs27434、rs998509、rs944222717、rs3734016(P<0.05)。在家族史阴性的患者中有9个ERAP1遗传变异在病例组和对照组的等位基因频率有显着差异,分别是:rs27044、rs469783、rs469758、rs30187、rs26510、rs77311599、rs27434、rs766222717、rs3734016(P<0.05)。4.以发病年龄分为早发型(发病年龄≤40岁)和晚发型银屑病(发病年龄>40岁)进行分层分析,统计结果显示在早发型银屑病中,有8个ERAP1遗传变异遗传变异与银屑病具有相关性,分别为:rs27044、rs469783、rs469758、rs30187、rs26510、rs27434、rs766222717、rs3734016(P<0.05)。在晚发型银屑病中有2个ERAP1遗传变异与疾病有相关性,分别是rs27980和rs3734016(P<0.05)。结论1.通过两阶段关联分析研究,ERAP1基因的12个遗传变异与内蒙古汉族寻常型银屑病有相关性,其中rs27044_G、rs469783_C、rs469758_C、rs26510_C、rs30187_T、rs27434_A是银屑病发病的危险因素;rs27980_G、rs469876_G、rs77311599_T、rs998509_A、rs766222717_C、rs3734016_T是银屑病发病的保护性因素。2.HLA-C*0602与ERAP1基因可能存在交互作用,影响内蒙古汉族人寻常型银屑病易感风险。在HLA-C*0602阳性样本中,ERAP1遗传变异rs469783_C、rs469758_C、rs26510_C与寻常型银屑病有相关性,是银屑病的危险因素。3.按发病年龄分层分析结果提示:早发型和晚发型寻常型银屑病相关的ERAP1基因遗传变异有所差异。rs766222717_C仅在早发型银屑病中是保护因素,rs27044_G、rs469783_C、rs469758_C、rs30187_T、rs26510_C、rs27434_A仅在早发型银屑病中是危险因素。rs27980_G仅在晚发型银屑病中是保护因素。rs3734016_T无论在早发型还是晚发型银屑病均为银屑病的保护因素。4.按家族史分层分析结果提示,有家族史和无家族史寻常型银屑病相关联的遗传变异有相同也有差异:rs469783_C、rs469758_C、rs30187_T、rs26510_C、rs27434A、rs766222717C、rs3734016T无论是否有无家族史,均与银屑病有相关性。rs998509A仅与有家族史的银屑病有相关性;rs77311599T、rs27044G仅与无家族史银屑病有相关性。
张苑菁[5](2020)在《遗传因素影响甲氨蝶呤治疗银屑病个体化药物反应差异的研究》文中研究指明研究背景银屑病(Psoriasis,Ps O)是一种遗传与环境因素共同参与、免疫反应介导的常见慢性炎症性皮肤病,全球约有2%的人口饱受该病困扰。强烈的瘙痒感、可见的皮肤改变、可能的致残性、增加慢性病的共患风险及反复发作的病程等给银屑病患者带来了严重的身心危害,造成了极大的疾病负担。在世界卫生大会决议中,银屑病已被成员国正式确认为“具有重要公共卫生影响的严重非传染性疾病”。相较于轻症患者,中重度银屑病患者承受着更大的疾病负担,生活质量受到疾病影响的程度更大,在治疗上达到和维持皮损的缓解也更为困难。作为首选的常规系统药物,甲氨蝶呤(methotrexate,MTX)用于银屑病的治疗已超过50年,然而,我们也注意到,有关MTX功效和安全性方面的高质量临床证据仍相对有限。即使是在严格遵循临床实验的标准下,个体间也会观察到明显的药物反应差异。遗传因素是造成个体化差异的内在基础,随着本世纪初人类基因组计划的完成及低成本、高通量基因分型及测序技术的不断进步,研究基因多态性与药物作用个体化差异间关系的药物基因组学开始蓬勃发展。通过对基因多态性的分析,可以解释部分个体产生用药差异的原因,为开发能够用来预测药物疗效及不良反应的遗传标记物奠定理论基础。目前,已有研究发现一些特定的遗传标记与MTX在治疗银屑病中产生的个体化差异有关,但这些研究多以鉴定直接与药物分布或作用相关的基因为研究目标,而忽略了基因组范围内与疾病易感性有关的其他遗传背景。从候选基因研究到全基因组研究策略的应用,为全面识别与药物反应个体化差异相关的内在原因提供可能,为疾病病理生理学和分子药理学提供新的见解。目的通过设计前瞻性观察性临床研究,为MTX治疗银屑病的有效性和安全性提供真实且高质量的临床数据;通过候选基因和全基因组范围内遗传标记的检测,探寻能够解释银屑病患者接受MTX治疗后个体化疗效差异的遗传学机制,为今后精准医学的发展奠定理论基础。方法(1)采用前瞻性、横断面研究,建立接受MTX治疗12周的银屑病患者随访队列。采集的信息包括性别、年龄、身体质量指数(body mass index,BMI)及是否伴有银屑病性关节炎等基本临床特征,同时记录银屑病面积和严重程度指数(psoriasis area severe index,PASI)、血常规和肝功能等各项相关指标在用药期间的变化情况,并将上述指标在有无伴有银屑病性关节炎的患者中进行亚组分析;(2)根据使用MTX治疗12周后银屑病患者PASI评分改善情况定义有效组(>PASI75,即患者的PASI评分比用药前至少改善了75%)与无效组(<PASI50,即PASI改善不足用药前的50%)。根据既往研究结果,挑选了18个与银屑病有关的易感位点。利用Agena Mass Array飞行时间质谱基因分型平台和HLA-C直接测序分型法初步检测了90例银屑病患者15个易感基因上的18个常见变异和HLA-Cw*0602携带状态。在验证阶段,我们使用ABI SNa Pshot基因分型平台在余下患者中对初筛阶段中2个显着与疗效相关的基因分型结果进行了验证。多元逻辑回归被用来校正包括性别、年龄及BMI等混杂因素;(3)扩大样本量后,我们采用GWAS方法进行药物基因组学研究。首先,通过Illumina Omni Zhong Hua-8 Human Bead Chips V1.3和V1.4高通量基因分析芯片,筛选出可能与MTX疗效反应相关的SNPs位点。在筛选出的候位点中进一步利用Mass Array基因分型方法在独立样本中进行验证。通过结合初筛和验证两个阶段的数据来寻找与MTX疗效相关的SNPs位点。根据生物信息学分析与公共数据库内容相结合比对,查找关联SNPs信号可能覆盖和影响的易感基因及其相应的生物学通路。结果(1)用药12周后,PASI评分平均下降了62.2(32.6)%,达到PASI50、PASI75及PASI90的患者分别为166例(70.6%)、107例(45.5%)及46例(19.6%);(2)MTX对大部分血常规及肝功能的指标具有影响(P<0.05),但对尿酸、肌酐及尿素氮等反应肾功能的指标并无明显影响;(3)在45%的患者中发现了与MTX相关的不良反应事件,消化道不适(19%)和肝功能异常(26%)最为常见,所有用药患者均未产生严重不良反应事件;(4)经MTX治疗后,单纯皮肤型银屑病患者(psoriasis,Ps O)的皮损改善情况总体上要优于伴有银屑病性关节炎(psoriatic arthritis,Ps A)的患者。在合并有Ps A的患者中,肝功能指标受MTX的影响更为严重,且不良反应发生次数也更多;(5)在候选基因的初筛研究中发现,LCE3D基因上的rs4112788 CC基因型(P=0.002)和TNIP1基因上的rs10036748 TT基因型(P=0.011)在不同疗效患者中存在差异,扩大样本验证后发现rs10036748 TT基因型与较好的药物疗效反应有关(P=0.016);(6)除了遗传因素的影响,在校正完所有混杂因素后发现较高的BMI和合并Ps A可能会降低药物疗效(P<0.05);(7)通过对333例用药患者全基因组基因分型数据进行关联分析和质控,41个合格的候选SNPs被筛选出来并进行了独立验证。再利用108例独立样本中对这些位点进行验证。验证结果显示rs4405344(P=0.02945)和rs4713429(P=0.04795)的等位基因频率在有效组和无效组中存在显着差异。通过结合两阶段分析结果并质控后,我们发现了一个与药物疗效反应相关的提示性位点rs4713429(P=7.93×10-6,OR=2.06)。其位于HCG22基因5’端上游,显着影响HLA-C和VARS2的表达。结论本研究基于前瞻性队列收集,候选基因分析和全基因组关联分析首次在中国人群中开展了一项完整的MTX治疗银屑病药物基因组学系列研究。该研究发现MTX治疗银屑病的总体有效率约为46%,银屑病易感基因风险位点rs10036748基因分型与药物疗效密切相关。我们首次通过GWAS方法,在441例接受MTX治疗的中国汉族银屑病人群中,鉴定出1个与药物疗效反应相关的提示性位点rs4713429,生物信息学分析发现该位点显着影响HLA-C基因和VARS2基因的表达,表明其二者有成为治疗银屑病新型药物靶标的潜能。该研究有助于揭示银屑病患者在接受MTX治疗时个体化疗效差异产生的遗传学机制,也为日后精准医学的发展奠定理论基础。
陈微微[6](2021)在《全基因组关联研究meta分析搜寻中国人银屑病的易感基因》文中认为研究背景 银屑病是一种由遗传、环境等多因素共同作用所导致的疾病,遗传因素在银屑病发病机制中起着很重要的作用。关于双胞胎的流行病学调查结果也证明银屑病的发病有很高的遗传性,并且银屑病的易感基因具有种族异质性,大量研究显示欧洲人群和中国人群有各自特有的易感基因。随着各种测序和分析方法的应用,已有超过100个与银屑病关联的易感基因被发现,但是目前这些易感基因仅仅只能对一部分患病人群的遗传度进行解释,还有许多易感基因等待后续的探究与发现。因此研究人员想到了meta分析,为了提高对数据的检验效能,可以将多个相同类别且互相独立的研究结果进行融合,补齐他们缺失值,使其具有可比性,同时使样本量变得更大,更有利于发现新的目标数据。在银屑病易感基因的探索过程中,许多国内外研究表明对多个银屑病的GWAS数据补齐缺失值后进行meta分析,可以扩大样本量,发现新的易感基因,补充疾病遗传解释度。然而,大多数meta分析是国外团队或者国内外多平台联合进行的,单独针对中国人群进行银屑病易感基因大样本多平台meta分析的研究并不多见。研究目的 在5个来自中国人群的独立分型数据基础上,利用全基因组关联研究meta分析,进一步搜寻银屑病新的易感基因,为构建中国人群银屑病易感基因数据库提供可靠依据。实验方法 本项目共收集45836个样本(19349个银屑病病例和26487个正常对照),分别来自于五个中国人群分型平台的GWAS数据。采用千人基因组计划中国人数据作为参考来补齐缺失值,经过严格的全基因组质控和基因型推测后质控,利用Plink-meta-analysis软件进行对五个平台关联分析数据进行分析。与既往报道的银屑病GWAS结果进行比较,初步发现与银屑病关联的候选单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP),利用FUMA GWAS(Functional Mapping and Annotation of Genome-Wide Association Studies)作为工具,寻找基因组风险基因位点,对SNP位点进行一系列的功能注释。SNPs经过功能注释以后,根据染色质相互作用、SNP的位置、表达数量性状基因位点(e QTL)共定位到基因上,基于GWAS的结果,利用以上三种共定位的方法,产生了一组优先排序的基因,随后应FUMA平台上的MAGMA进行基因和基因富集分析,MAGMA排除了主要组织相容性复合物(MHC)区域,采用多元回归分析合并标记间的连锁不平衡(Linkage disequilibrium,LD),发现多标记效应;对于基因分析,是将整个基因中的SNP的统计信息结合起来,检测整个基因内部所有SNP与该疾病的关联。在基因富集分析中,对有相同生物学功能的基因进行了分组并评价了与疾病的相关性。研究结果 对5个平台数据推断后进行meta分析,基于meta分析的统计结果,利用FUMA GWAS作为工具,发现了10个新的位点(loci),定义了16个新的易感基因(TERT、PPARD、VANGL2、CXCR2、NPHP3、GRHL2、FKBP5、IL21、RUFY4、BBS12、TULP1、TEAD3、SSR1、CAGE1、EEPD1、PDHX)。此外,我们还进行了基因富集分析,研究了涉及新发现基因的代谢通路,发现这些基因中大部分与银屑病有潜在的关系。TERT和PPARD一起参与了细胞增殖的负调控。VANGL2、CXCR2、NPHP3、GRHL2、PPARD都参与到表皮细胞的生长通路中;PPARD和FKBP5共同参与了对生物刺激反应和对细菌反应的通路中;CXCR2:IL21共同参与细胞因子介导的信号通路;CXCR2:IL21:RUFY4共同参与细胞因子反应通路;CXCR2:IL21:PPARD还参与了免疫相关通路;NPHP3:BBS12:TULP1共同参与了光感受细胞维持通路;TEAD3参与了RUNX3调节YAP1介导的转录通路;IL21参与了JAK-STA T信号通路。有三个位点中的四个基因没有富集到任何代谢通路。分别是chr6:7331682-7331682中的SSR1和CAGE1基因;chr7:36249621-36261744中的EEPD1基因以及chr11:35036723-35069043中的PDHX基因。Meta分析结果显示在查询到的已报道的277个位点中,有139个位点在本研究中被验证出来;121个位点所在的基因可以被验证出来;另外,17个位点,分布在六个基因中,没能被验证出来,这六个基因分别是ADRA1B,LOC401895,GPR85,PAK6,CAMK2G,UBAC2/RN7SKP9。其中只有ADRA1B这个基因是中国人群中报道的,其他都是欧洲人群报道的基因。随后进行了群体异质性分析,再一次证明银屑病易感基因具有种群异质性。研究结论 本研究发现10个新的银屑病易感基因位点,补充了现有易感基因对银屑病的遗传解释度,在已报道的银屑病的两百多个SNPs中,90%以上位点或其所在基因能在我们meta分析数据中得到验证,充分说明了本次实验结果的可信度高。对新发现的基因进行功能与疾病的相关性分析后,证实了新基因与银屑病的相关性,为今后的功能实验提供了方向,为构建中国人群银屑病易感基因数据库提供了可靠的依据。
赵恬,罗权,林玲,梁景耀,张芳,杨娟,陈霄霄,张三泉,张锡宝[7](2015)在《银屑病易感基因的研究进展》文中认为银屑病是一种慢性炎症性皮肤病,主要临床表现为头皮、肘部及膝盖红斑,表面覆有鳞屑,伴或不伴有关节炎。该病发病机制不明确,具有多基因遗传异质性。迄今为止,已在13条染色体上确定了14个银屑病易感基因位点,并由OMIM收录(PSORS1-14)。本文主要介绍银屑病定位克隆及HLA-C、CDSN、HCR、CSTA、TRAF3IP2和IL-36RN等易感候选基因的研究进展。
许斌,杨志波,张予晋[8](2015)在《银屑病相关miRNAs表达及其易感基因的研究进展》文中进行了进一步梳理银屑病的发病是一种由多因素参与、多基因改变的复杂病变过程,多基因之间相互关系的研究也成为银屑病的一种研究趋势。研究发现,Micro RNA在银屑病的生理生化免疫等过程中发挥了重要的作用,在皮损组织中有表达异常,是银屑病发生、发展过程中的重要调控因素。而在易感基因方面,OMIM中现已收录了12个银屑病易感基因位点,其候选基因HLA、HCR、CDSN等的研究也日趋成熟。本文就银屑病相关Micro RNAs的表达以及银屑病的易感基因研究进展进行综述,为开展银屑病相关Micro RNAs与其易感基因之间关系的研究提供线索,为银屑病的早期诊断和预后提供新的思路,并在治疗方面提供新的药物靶点和治疗靶点。
赵文超[9](2012)在《内蒙古蒙古族寻常型银屑病与HLA-Cw及DRB1位点相关性研究》文中提出目的:通过分析内蒙古蒙古族寻常型银屑病患者HLA-Cw及DRB1等位基因基因型频率,研究蒙古族人群寻常型银屑病与HLA-Cw及DRB1等位基因的相关性,探讨寻常型银屑病的致病基因并为银屑病病因学研究提供理论依据。通过对蒙古族寻常型银屑病与HLA相关性研究来丰富银屑病易感基因图谱,为今后银屑病相关研究提供有价值资料,为银屑病基因水平的诊断、治疗、预后评估及相关研究奠定理论基础。方法:本实验研究选择无血缘关系、3代以上连续生活在内蒙古境内的蒙古族人群,提取血液细胞基因组DNA,利用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)对蒙古族寻常型银屑病患者81例及正常蒙古族100例的HLA-Cw及DRB1位点等位基因进行基因分型。根据HLA各等位基因在患者组和对照组之间频率分布,利用SPSS13.0统计软件进行χ2检验,分析两组间各等位基因频率差异。结果:共检出10个HLA-Cw座位等位基因,12个HLA-DRB1座位等位基因。对这些检出的等位基因根据银屑病组和正常人组基因频率分布差异进行统计学分析,得出有显着性差异的等位基因是:HLA-Cw*04,Cw*06,DRB1*04和DRB1*07等位基因。其中,银屑病组HLA-Cw*06,DRB1*07等位基因频率显着高于正常人组,HLA-Cw*04、DRB1*04等位基因频率显着低于正常人组(Pc<0.05)。在发病年龄<40岁银屑病及家族史阴性患者中HLA-Cw*06、DRB1*07等位基因频率显着高于正常人组,而HLA-Cw*04、DRB1*04等位基因频率显着低于正常人组(Pc<0.05)。在发病年龄≥40岁的银屑病及家族史阳性患者中只有HLA-Cw*06等位基因频率显着高于正常人组(Pc<0.05)。HLA-Cw*04、DRB1*04基因频率的下降及Cw*06、DRB1*07基因频率的上升在无家族史银屑病患者间均有统计学意义(Pc<0.05),而Cw*06的基因频率还在家族史阳性患者中有显着上升(Pc<0.05)。结论: HLA-Cw*06、DRB1*07等位基因可能是内蒙古地区蒙古族人群寻常型银屑病的易感基因。HLA-Cw*04、DRB1*04等位基因等位基因可能是内蒙古地区蒙古族人群寻常型银屑病发病的保护因子。HLA-DRB1*07等位基因可能是发病年龄<40岁的银屑病的易感基因,而HLA-Cw*04、DRB1*04等位基因则可能是发病年龄<40岁银屑病的保护因子。有银屑病家族史与无银屑病家族史在基因遗传上有一定差别,而HLA-Cw*06等位基因可能是二者共同的遗传基础。
邓静文,卢传坚[10](2011)在《中国人群寻常型银屑病易感基因研究进展》文中研究表明银屑病是一种常见的多因子遗传模式的复杂疾病,复杂疾病的发病机制在不同人群中存在种族差异性和遗传异质性。随着全基因组关联分析(GWAS)技术的推广应用,中国人群寻常型银屑病易感基因与其他国家人群的种族差异性逐渐被揭示,LCE、MHC等银屑病易感基因在中国人群的遗传异质性均被论证,PSORS9则被证实为汉族人群银屑病患者所特有的易感位点。
二、银屑病易感基因位点PSORS1的研究进展(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、银屑病易感基因位点PSORS1的研究进展(论文提纲范文)
(1)黄柏炭与银屑病的治疗(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
符号说明 |
综述一 黄柏临床用药的文献综述 |
1. 黄柏临床用药的古代文献考证 |
2. 黄柏炮制品的现代研究进展 |
3. 小结 |
参考文献 |
综述二 银屑病的中西医研究概况 |
1. 中医对银屑病的认识 |
2. 现代医学对银屑病的认识 |
3. 小结 |
参考文献 |
前言 |
第一章 黄柏及其炮制品对银屑病小鼠的治疗作用评价 |
引言 |
实验一 PCCC-MS经不同给药方式干预银屑病小鼠模型的作用比较 |
实验二 黄柏及其炮制品对银屑病小鼠模型的治疗作用比较 |
讨论 |
小结 |
第二章 黄柏炭治疗银屑病的物质基础——纳米类成分的提取与确认 |
引言 |
实验一 利用IMQ诱导银屑病小鼠模型筛选PCCC的有效部位 |
实验二 利用HPLC技术分析PCCC的有效部位 |
实验三 利用电镜技术和光学技术分析鉴定有效部位 |
讨论 |
小结 |
第三章 黄柏炭纳米类成分的制备工艺优化 |
引言 |
实验一 PCCC-NCs的制备条件考察 |
实验二 利用银屑病小鼠模型优化PCCC-NCs的制备工艺参数 |
实验三 应用Hacat细胞优化PCCC-NCs的制备工艺参数 |
实验四 最佳条件获取的PCCC-NCs的表征研究 |
讨论 |
小结 |
第四章 黄柏炭纳米类成分对银屑病的治疗作用研究 |
引言 |
实验一 PCCC-NCs治疗银屑病的给药方式研究 |
实验二 PCCC-NCs治疗银屑病的量效关系研究 |
讨论 |
小结 |
第五章 黄柏炭纳米类成分治疗银屑病的作用机制研究 |
引言 |
实验一 PCCC-NCs对血清和皮肤组织中M1/M2相关因子水平的影响 |
实验二 PCCC-NCs对皮肤组织中M1极化标志物阳性表达的影响 |
实验三 PCCC-NCs对脾组织中Th1/Th2和Th17/Treg比例的影响 |
实验四 PCCC-NCs对皮肤组织中氧化应激相关因子水平的影响 |
实验五 PCCC-NCs对皮肤组织中NF-κB和STAT6通路相关蛋白表达的影响 |
讨论 |
小结 |
第六章 黄柏炭纳米类成分对RAW264.7巨噬细胞极化的调控作用研究 |
引言 |
实验一 利用CCK-8法研究PCCC-NCs对RAW264.7细胞活力的影响 |
实验二 PCCC-NCs对M1型巨噬细胞的调控作用研究 |
实验三 PCCC-NCs对M2型巨噬细胞的调控作用研究 |
讨论 |
小结 |
第七章 黄柏炭纳米类成分的安全性评价 |
引言 |
实验一 细胞毒性研究 |
实验二 小鼠急毒实验研究 |
实验三 小鼠最大给药量检测 |
实验四 小鼠长毒实验研究 |
讨论 |
小结 |
结语 |
创新点 |
参考文献 |
致谢 |
附录 |
在校期间主要研究成果 |
(2)银屑病易感基因交互作用研究(论文提纲范文)
中英文缩略词表 |
中文摘要 |
英文摘要 |
1.前言 |
1.1 研究背景 |
1.2 研究思路和流程 |
2.材料和方法 |
2.1 研究对象 |
2.2 实验试剂 |
2.3 实验仪器与耗材 |
2.4 运用的分析软件 |
2.5 实验方法与步骤 |
2.6 数据质控及统计分析 |
3.实验结果 |
3.1 全外显子组、靶向测序和HLA区域测序易感基因交互作用 |
3.2 银屑病易感基因验证结果及这些基因的交互作用 |
4.讨论 |
5.结论 |
6.参考文献 |
附录 |
致谢 |
综述:银屑病易感基因交互作用研究进展 |
参考文献 |
(3)基于靶基因捕获测序法对海南汉族寻常性银屑病与VDR基因关系的研究(论文提纲范文)
缩略语 |
摘要 |
ABSTRACT |
前言 |
1.材料和方法 |
1.1 实验对象 |
1.2 实验仪器与试剂 |
1.3 实验方法 |
2.结果 |
2.1 基于单核苷酸多态性的关联分析结果 |
2.2 基于单倍型的关联分析结果 |
3.讨论 |
结论 |
参考文献 |
综述 银屑病易感基因研究进展 |
参考文献 |
个人简历 |
致谢 |
(4)ERAP1基因变异与内蒙古汉族寻常型银屑病相关性及与HLA-C★0602的交互作用(论文提纲范文)
中文摘要 |
英文摘要 |
前言 |
1.材料与方法 |
2.实验方法 |
3.统计分析 |
4.结果 |
5.讨论 |
6.结论 |
参考文献 |
文献综述 ERAP1基因与银屑病相关性研究进展 |
参考文献 |
缩略语表 |
攻读学位期间发表文章情况 |
个人简历 |
致谢 |
(5)遗传因素影响甲氨蝶呤治疗银屑病个体化药物反应差异的研究(论文提纲范文)
英文缩略词表 |
中文摘要 |
Abstract |
引言 |
1.研究背景 |
2.课题研究方法 |
研究一:甲氨蝶呤对银屑病患者治疗反应的前瞻性临床观察研究 |
1.引言 |
2.材料与方法 |
3.结果 |
4.讨论 |
5.结论 |
研究二:银屑病易感基因变异对甲氨蝶呤临床疗效影响的研究 |
1.引言 |
2.材料与方法 |
3.结果 |
4.讨论 |
5.结论 |
研究三:药物基因组学研究方法探究甲氨蝶呤治疗银屑病疗效反应差异的遗传标记 |
1.引言 |
2.材料与方法 |
3.结果 |
4.讨论 |
5.结论 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
课题综述 甲氨蝶呤治疗银屑病的临床合理化用药 |
参考文献 |
(6)全基因组关联研究meta分析搜寻中国人银屑病的易感基因(论文提纲范文)
英文缩略词表 |
中文摘要 |
Abstract |
1 前言 |
2 材料与方法 |
2.1 研究对象 |
2.2 研究试剂 |
2.3 研究仪器 |
2.4 分析软件 |
2.5 实验方法 |
3 实验结果 |
4 讨论 |
5 结论 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
综述:银屑病易感基因的研究进展 |
参考文献 |
(7)银屑病易感基因的研究进展(论文提纲范文)
1定位克隆研究进展 |
2候选基因研究进展 |
(8)银屑病相关miRNAs表达及其易感基因的研究进展(论文提纲范文)
1 银屑病相关 Mi RNAs 表达的研究现状 |
2 银屑病易感基因及其候选基因的研究进展 |
3 研究方向的展望 |
(9)内蒙古蒙古族寻常型银屑病与HLA-Cw及DRB1位点相关性研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
ABSTRACT |
前言 |
材料与方法 |
结果 |
讨论 |
结论 |
参考文献 |
文献综述 |
参考文献 |
缩略语表 |
攻读学位期间发表文章情况 |
个人简历 |
致谢 |
(10)中国人群寻常型银屑病易感基因研究进展(论文提纲范文)
1 基因组扫描确定易感位点 |
2 候选基因的分析 |
2.1 MHC基因与银屑病 |
2.2 非MHC基因与银屑病 |
3 小结 |
四、银屑病易感基因位点PSORS1的研究进展(论文参考文献)
- [1]黄柏炭与银屑病的治疗[D]. 张美龄. 北京中医药大学, 2021(01)
- [2]银屑病易感基因交互作用研究[D]. 徐琼琼. 安徽医科大学, 2021(01)
- [3]基于靶基因捕获测序法对海南汉族寻常性银屑病与VDR基因关系的研究[D]. 曹智睿. 海南医学院, 2020(01)
- [4]ERAP1基因变异与内蒙古汉族寻常型银屑病相关性及与HLA-C★0602的交互作用[D]. 包佳. 内蒙古医科大学, 2020
- [5]遗传因素影响甲氨蝶呤治疗银屑病个体化药物反应差异的研究[D]. 张苑菁. 安徽医科大学, 2020
- [6]全基因组关联研究meta分析搜寻中国人银屑病的易感基因[D]. 陈微微. 安徽医科大学, 2021(01)
- [7]银屑病易感基因的研究进展[J]. 赵恬,罗权,林玲,梁景耀,张芳,杨娟,陈霄霄,张三泉,张锡宝. 中国中西医结合皮肤性病学杂志, 2015(05)
- [8]银屑病相关miRNAs表达及其易感基因的研究进展[J]. 许斌,杨志波,张予晋. 中国中西医结合皮肤性病学杂志, 2015(02)
- [9]内蒙古蒙古族寻常型银屑病与HLA-Cw及DRB1位点相关性研究[D]. 赵文超. 内蒙古医科大学, 2012(04)
- [10]中国人群寻常型银屑病易感基因研究进展[J]. 邓静文,卢传坚. 分子诊断与治疗杂志, 2011(04)