一、南阳牛mtDNA D—loop序列多态性分析（论文文献综述）
程敏,石高丽,刘善斋,张运海,刘洪瑜[1]（2018）在《大别山牛mtDNA D-loop区遗传多样性和系统进化分析》文中进行了进一步梳理通过PCR扩增技术对46头大别山母牛mtDNA D-loop区进行测序并得到其全序列,再从GenBank上下载中外部分黄牛品种mtDNA D-loop区的全序列,运用生物学软件对大别山牛的遗传进化进行分析。结果发现,46头大别山牛mtDNA D-loop序列长度在955～1 101 bp之间,有176个变异位点,约占核苷酸总数的16.18%,其中单一信息位点120个,简约信息位点56个。共有25种单倍型,单倍型多样性（Hd）为0.877,核苷酸多样性（Pi）为0.023 96,平均核苷酸差异数（k）为21.544,A、T、C和G 4种碱基含量所占比例分别为32.72%、28.46%、25.19%和13.63%,表明大别山牛有较为丰富的遗传多样性。遗传距离分析结果表明,大别山牛与吉安牛、雷州牛、鲁西牛、闽南牛、皖南牛和湘西牛的遗传距离最小,与欧洲野牛亲缘关系最远,由系统发育树可推测大别山牛属南方牛种,属普通牛和瘤牛的混合母系起源。
白宗胜[2]（2018）在《皖东牛mtDNA遗传多样性及部分功能基因研究》文中进行了进一步梳理为了解皖东牛的遗传资源信息,完善皖东牛的分子遗传方面的信息,为皖东牛提供可靠数据。本研究基于分子生物学的方法,选取健康的56头成年皖东牛,测量其体尺、体重指标,采集血液,研究皖东牛的遗传多样性。本研究包括以下三部分:试验一:皖东牛D-loop区和Cytb基因的遗传多样性采集牛的耳组织,设计引物并扩展皖东牛的D-loop区和Cytb基因,经过测序分析皖东牛的遗传多样性。结果:D-loop区的A+T平均含量为61.4%,共检测出69个SNPs,分析皖东牛的N-J系统发生树,分为普通牛、瘤牛二支系,普通牛系中16个单倍型,占总数的40.8%;瘤牛系中10个单倍型,占总数的59.2%,瘤牛系所占的比重高。皖东牛D-loop区的单倍型多样度（Hd）为0.824±0.00308,核苷酸多样度（Pi）为0.02583±0.00184。Cytb基因的A+T平均含量为58.0%,核苷酸偏A+T型,共检测出8个SNPs,具有6种单倍型,单倍型多样度（Hd）为0.565±0.056,核苷酸多样度（Pi）为0.00521±0.00046。Cytb基因将皖东牛分为二系,普通牛型和瘤牛型,普通牛占36.7%,瘤牛占总数的63.3%。试验二:GHR基因和MYH8基因多态性与生长性状的关联分析测量体重、体尺指标,分析GHR基因和MYH基因多态性与体尺指标的关联分析。结果:GHR基因和MYH8基因均存在多态性,有三种基因型,都处于Hardy-Weinberg平衡状态。在GHR基因的HindⅢ酶切位点,AA型个体的胸深、管围、尻长显着大于AG型、GG型个体（P<0.05）,AA型个体的体高、尻高大于GG型个体（P<0.05）,GG型的体长小于AA型、GG型（P<0.05）。在MYH8基因的突变位点,CC型个体的体长显着小于CT型、TT型个体（P<0.05）。试验三:UCP3基因多态性与血清生化指标的关联分析采集血液离心血清,采用生化试剂盒测血清生化指标,分析UCP3基因多态性与血清生化指标的关联分析。结果:皖东牛UCP3基因的exon2、exon3的突变位点均存在多态性,均检测到三种基因型,都处于Hardy-Weinberg平衡状态。UCP3基因exon2的突变位点处于低度多态。UCP3 exon3的BgⅡ酶切位点处于中度多态（0.25<PIC<0.5）。UCP3基因与血清生化指标存在相关性:UCP3 exon3中AA型个体的谷丙转氨酶、谷草转氨酶显着高于AG型、GG型个体（P<0.05）。综上所述,皖东牛表现出强烈的A+T偏向性,群体主要有二种类型:普通牛类型、瘤牛类型,皖东牛中普通牛型的遗传多样性较丰富,而瘤牛型的遗传多样性相对比较匮乏,皖东牛受瘤牛的影响更大。皖东牛GHR基因和MYH8基因的突变位点均有三种基因型,均处于Hardy-Weinberg平衡状态,均处于中度多态性,可以作为分子标记来研究育种。皖东牛UCP3基因exon2、exon3突变位点均存在多态性,均处于Hardy-Weinberg平衡状态,群体基因遗传平衡。UCP3exon2的突变位点处于低度多态。UCP3exon3的BgⅡ酶切位点处于中度多态（0.25<PIC<0.5）,该位点具有选择育种的潜力,可作为分子标记。UCP3基因与血清生化指标存在相关性,UCP3基因可能调控脂类代谢,影响肝功能。
王彦环,吴慧,房兴堂,陈宏,张春雷[3]（2018）在《夏南牛与13个黄牛群体mtDNA及微卫星DNA遗传多样性比较研究》文中研究指明采用mtDNA和微卫星DNA两种标记方法,对夏南牛与13个黄牛群体的179个个体进行遗传多样性和群体间的亲缘关系及母系起源分析。通过测定14个黄牛群体179条mtDNA D-loop区序列,共发现124个变异位点和60种单倍型,表明14个黄牛群体具有丰富的遗传多样性。夏南牛群体mtDNA D-loop区序列共发现49个变异位点和7种单倍型,单倍型多样度（Hd）为0.732±0.017,其单倍型多样度较中国地方牛种低,中国黄牛具有更丰富的遗传多样性。通过测定9个具有高度多态性的微卫星座位的等位基因数（Na）、平均杂合度（H）和多态信息含量（PIC）,表明9个微卫星位点在60个夏南牛个体中共发现47个等位基因,平均每个位点的有效等位基因数为1.2296.584。总群体的PIC和H分别为0.6080.798和0.6950.837,夏南牛的PIC和H分别为0.692和0.715,夏南牛的遗传多样性较中国黄牛低,中国黄牛群体的遗传多样性高于外来牛种,这一结果和群体间mtDNA D-loop区研究结果一致。构建的NJ系统进化树显示14个黄牛群体主要起源于普通牛和瘤牛,夏南牛受瘤牛的影响更大,具有瘤牛和普通牛的种质特征。本研究为夏南牛遗传资源的保护、合理利用和选育改良提供了理论依据。
容维中,徐建峰,王珂,郭海龙,保国俊,桑国俊,杨明[4]（2017）在《早胜牛遗传多态性与母系遗传背景分析》文中认为[目的]为评价和挖掘早胜牛遗传资源及种质资源,开展了早胜牛母系遗传背景及分子遗传特性研究。[方法]以早胜牛mtDNA D-Loop区为标记位点,对基因组DNA进行了PCR扩增和测序;以8个中国地方黄牛品种和5个引进品种的mtDNA D-Loop区核苷酸序列为对照,分析了核苷酸多态位点、核苷酸多样性、单倍型数等遗传多态性指标,构建了系统发育树。[结果]早胜牛及其杂交类群mtDNA D-Loop区富含A和T,检测到80个核苷酸变异位点,存在转换、颠换、转换和颠换共存3种突变类型,且以转换为主;界定了59个单倍型,其中8个共享单倍型,51个特有单倍型;我国地方黄牛分为两大支系,多数与非洲瘤牛、欧洲普通牛聚为一类,少数与印度瘤牛聚为一类;与其他地方黄牛品种相比,早胜牛及其杂交类群与秦川牛的亲缘关系最近。[结论]早胜牛及其杂交类群mtDNA D-Loop区核苷酸变异丰富,群体变异程度较高,与秦川牛的亲缘关系最近。
汪琦,钟金城,柴志欣,李键,陈智华,何世明,吴锦波,蹇尚林,冉强[5]（2016）在《三江黄牛mtDNA D-Loop区遗传多样性及系统进化》文中提出根据普通牛线粒体DNA序列设计引物,扩增获得三江黄牛线粒体D-loop区全序列,并以绵羊为外属对牛亚科代表性品种（类群）（九龙牦牛、野牦牛、瘤牛、欧洲野牛、中国水牛、亚洲水牛、德国普通牛、秦川牛、南阳牛、晋南牛、蒙古牛、平武牛、川南牛、凉山牛、湘西牛和昭通牛）的mtDNA D-loop序列进行系统进化分析,以期了解三江黄牛的遗传多样性,分析三江黄牛数量急剧下降的原因并提出参考意见。结果表明,三江黄牛线粒体D-loop区序列长909911bp,T、C、A、G碱基的平均含量分别为29.08%、24.49%、32.72%和13.71%;三江黄牛共有16种单倍型,平均单倍型多样性（Hd）为0.875 7,平均核苷酸多样性（Pi）为0.022 92,遗传多样性较为丰富;三江黄牛与已知牛品种（类群）mtDNA D-loop序列比对结果表明,与凉山牛差异最小（0.11%）,与欧洲野牛差异最大（32.63%）;系统进化分析显示三江黄牛是中国众多黄牛类群中的一支,与秦川牛、平武牛亲缘关系较近,推测其是由普通牛和瘤牛共同进化而来。
刘丽[6]（2015）在《基于线粒体DNA对中国部分地方黄牛群体系统发育的研究》文中进行了进一步梳理本研究采用PCR扩增产物直接测序法测定了中国6个地方黄牛群体553个个体的线粒体DNA D-环区（mtDNA D-loop）核苷酸长度为417bp的序列（包含高变区）,包括宝鸡秦川牛群体（SQB,n=158）、早胜牛（早胜）群体（GZZ,n=148）、早胜牛（和盛）群体（GZH,n=36）、平凉地方牛群体（GPL,n=112）、固原地方牛群体（NGY,n=75）和临夏地方牛群体（GLX,n=24）,并引用已经提交到GenBank中的中国其他49个地方黄牛群体611个个体的mtDNA D-loop区的所有序列,进而对中国55个地方黄牛群体的遗传多样性和系统发育展开系统的研究,旨在为中国地方黄牛群体的遗传资源评估、保护与可持续利用提供更多的科学依据。本研究得出结论如下:1.通过对中国55个地方黄牛群体1164个个体的mtDNA D-loop区核苷酸长度为417bp的序列进行分析,在没有考虑碱基的插入和缺失的情况下,总共检测到316个变异位点,核苷酸变异率为75.78%,包括199个单一多态位点和117个简约信息位点。突变类型总共有3种,即转换、颠换及转换与颠换共存,而且主要以转换为主。以上研究结果表明,中国55个地方黄牛群体mtDNA D-loop区遗传变异较高;2.碱基组成分析表明,A+T平均含量为61.3%,显着高于G+C平均含量38.7%,可见中国55个地方黄牛群体mtDNA D-loop区碱基A与T的含量较为丰富;3.基于检测到的316个变异位点,界定了356个单倍型（H1H356）,其中236个为特有单倍型,120个为共享单倍型。研究结果表明,我国地方黄牛群体在遗传结构上虽然具有特殊性,但是也与其他地方黄牛群体存在密切关系,或表明中国地方黄牛群体之间存在广泛的单倍型共享,即中国各个地方黄牛群体之间存在着广泛的基因交流;4.计算了中国55个地方黄牛群体的单倍型多样度（Hd±SD）、平均核苷酸差异数（k）和核苷酸多样度（Pi）,并将各个群体的分别与整个群体总体单倍型多样度（Hd±SD）、平均核苷酸差异数（k）和核苷酸多样度（Pi）进行比较,结果显示我国地方黄牛群体拥有十分丰富的遗传多样性;5.构建的系统发育树和中介网络关系分析结果表明,中国地方黄牛群体主要有2种母系起源类型,一种是普通牛型（Bos taurus）,另外一种是瘤牛型（Bos indicus）。
王晓静[7]（2015）在《早胜牛起源进化及肉质特性分析》文中认为早胜牛是一种优良的甘肃省地方品种。本研究采用PCR和DNA测序技术分析了早胜牛微卫星序列和mtDNA D-loop序列,建立系统进化树,探索了早胜牛的起源进化关系；通过质地多面剖析法测定早胜牛里脊硬度Hl,硬度H2,粘附性,弹性,内聚性,胶粘性,咀嚼性等质地参数,提出早胜牛肌肉质地评价标准化指标；用响应面分析法优化了牛肉牛磺酸提取纯化工艺,为早胜牛高附加值产品开发探索新的途径。主要试验结果如下：1.检测112头‘早胜牛’样品,在7个微卫星位点上共具有25个等位基因,有效等位基因与等位基因绝对值相差最大的是微卫星位点IDVGA27的2.4443,7个微卫星座位的多态信息含量（PIC）的范围位于0.4724-0.9453之间,得到的平均值为0.6526,7个微卫星座位的期望杂合度在0.5-0.9513之间,平均值为0.6996。早胜牛微卫星座位IDVGA27存在较高的多态性。2.早胜牛和秦川牛都起源于欧洲普通牛,早胜牛与渤海黑牛（遗传距离数值为0.0953）,晋南牛（遗传距离数值为0.1194）,蒙古牛（遗传距离数值为0.0918）的血缘关系更近；而秦川牛与鲁西牛（遗传距离数值为0.0944）,郏县牛（遗传距离数值为0.1060）,南阳牛（遗传距离数值为0.1064）之间的血缘关系更近。早胜牛与秦川牛的形成时间和进化顺序是有区别的。从早胜牛与蒙古牛的遗传距离明显小于秦川牛与蒙古牛的遗传距离,可以推断我国北方黄牛起源演进轨迹遵循由欧洲牛→蒙古牛→早胜牛→秦川牛依次往南演化的顺序,因此早胜牛的形成年代早于秦川牛。3.首次系统测定了早胜牛里脊质地特性。在牛肉肉块长宽高分别为1×1×1 cm、探头直径10 mm,质构仪采用55%的形变量,50 mm/min的速度,11 N起始力条件时,指标值的综合评定达到最佳状态,分别测定7个质构指标：硬度1的值为25.54±4.34 N,硬度2的值为19.66±1.40 N,内聚性的值为0.49±0.02 Ratio,弹性的值为0.33±0.034 N,粘附性的值为0.45±0.05 N.mm,胶粘性的值为12.57±2.07 N和咀嚼性的值为4.16±0.86 mJ。4.建立了柱前衍生--高效液相检测早胜牛肉牛磺酸含量的方法。优化了牛肉中牛磺酸提取工艺,在水解时间20.50 h,提取温度85℃、时间55 min,料液比值1：5时,牛磺酸提取率最高,为3.76 g/kg。
王金玲,王永,刘鲁蜀,胡瑜,陶永平[8]（2011）在《草地藏系绵羊mtDNA D-Loop区多态性分析》文中研究说明研究了草地藏系绵羊mtDNA D-Loop区多态性,获得了草地藏系绵羊mtDNA D-Loop区全长序列信息,这一区段的DNA长度为1179～1183 bp（A型）和1106 bp（B型）,其长度存在明显差异,这主要是由于该区内串联重复序列数目的不同造成的,因此草地藏系绵羊可分为A型（3个重复）和B型（4个重复）两种类型。
郝荣超,王国华,常玉霞,杨国忠,昝林森[9]（2011）在《中国荷斯坦牛和鲁西黄牛mtDNA D-loop序列多态性分析》文中研究表明为了从母系遗传角度深入阐明中国荷斯坦牛和鲁西黄牛的群体遗传多样性以及起源进化,本研究采用PCR测序法测定了9头中国荷斯坦牛和11头鲁西黄牛的线粒体DNAD-loop区的部分序列,并经剪切后进行生物信息学软件分析。结果表明,20个个体D-loop区共711bp,共检测到19种单倍型和50个多态位点。核苷酸多样性（Pi）为0.02133±0.00454,单倍型多样性（Hd）为0.994±0.019,平均核苷酸差异数（k）为15.14620。构建的NJ网络进化树共分为两大支系,其中部分鲁西黄牛与瘤牛聚为一支,而中国荷斯坦牛和部分鲁西黄牛与普通黄牛聚为一支。说明中国荷斯坦牛和鲁西黄牛群体遗传多样性均较高;鲁西黄牛同时含有瘤牛和普通黄牛的血统,而中国荷斯坦牛只含有普通黄牛的血统。
牛晖,陈付英,王居强,肖杰,王越英[10]（2009）在《南阳牛分子标记研究进展》文中研究说明分子标记技术的开发利用在家畜育种中起着越来越重要的作用。南阳黄牛是中国地方良种黄牛之一。近些年来,已在DNA水平上对南阳牛进行了大量的研究,涉及到南阳牛的分子群体遗传特征及起源进化、经济性状分子遗传标记及相关功能基因多态性研究等。本文对南阳牛分子标记研究方面的成就作了综述,以便促进南阳牛的保护、利用和发展。使传统育种和分子标记辅助选择相结合,推动了南阳牛的育种进程。
二、南阳牛mtDNA D—loop序列多态性分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、南阳牛mtDNA D—loop序列多态性分析（论文提纲范文）
（1）大别山牛mtDNA D-loop区遗传多样性和系统进化分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样品采集 |
| 1.2 大别山牛基因组DNA的提取 |
| 1.3 引物设计 |
| 1.4 PCR扩增及序列测定 |
| 1.5 数据分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 PCR扩增结果 |
| 2.2 大别山牛mt DNA D-loop区遗传变异 |
| 2.3 大别山牛与中外部分黄牛品种间的遗传距离 |
| 2.4 大别山牛与中外部分黄牛品种间的系统进化分析 |
| 3 讨论与结论 |
（2）皖东牛mtDNA遗传多样性及部分功能基因研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 皖东牛概述 |
| 1.1.1 皖东牛的生物学特征 |
| 1.1.2 皖东牛的研究现状 |
| 1.2 线粒体DNA |
| 1.2.1 线粒体DNA结构 |
| 1.2.2 线粒体DNA的遗传特征 |
| 1.2.3 mtDNA D-loop区 |
| 1.2.4 线粒体Cytb基因 |
| 1.3 生长性状相关基因 |
| 1.3.1 GHR基因 |
| 1.3.2 MYH8基因 |
| 1.4 UCP3基因 |
| 1.4.1 UCP3基因简介 |
| 1.4.2 UCP3基因研究进展 |
| 1.5 分子标记检测方法 |
| 1.5.1 PCR-RFLP方法 |
| 1.5.2 测序法 |
| 1.6 研究内容及研究意义 |
| 1.6.1 研究内容 |
| 1.6.2 研究意义 |
| 第二章 皖东牛mtDNA的遗传多样性 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 试验材料 |
| 2.2.2 试验方法 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 基因组DNA提取结果 |
| 2.3.2 皖东牛D-loop区的遗传多样性 |
| 2.3.3 皖东牛Cytb基因的遗传多样性 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 皖东牛的mtDNA D-loop区遗传多样性 |
| 2.4.2 皖东牛的mtDNACytb基因遗传多样性 |
| 2.5 本章小结 |
| 第三章 皖东牛GHR基因和MYH8基因多态性与生长性状的关联分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 试验材料 |
| 3.2.2 试验方法 |
| 3.2.3 数据统计与分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 GHR基因对生长性状的关联性分析 |
| 3.3.2 MYH8基因对生长性状的关联性分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 GHR基因多态性与生长性状的相关性分析 |
| 3.4.2 MYH8基因多态性与生长性状的相关性分析 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 皖东牛UCP3基因多态性与血清生化指标的相关性研究 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 试验材料 |
| 4.2.2 试验方法 |
| 4.2.3 数据统计与分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 UCP3exon2的多态性检测 |
| 4.3.2 UCP3exon3的PCR-RFLP检测结果 |
| 4.3.3 UCP3基因的基因型频率和基因频率 |
| 4.3.4 UCP3基因的遗传多态性指标 |
| 4.3.5 UCP3基因多态性与血清生化指标的相关性分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 皖东牛UCP3基因多态性分析 |
| 4.4.2 皖东牛UCP3与血清生化指标的关联分析 |
| 4.5 本章小结 |
| 第五章 结论 |
| 5.1 主要结论 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间实践研究成果 |
| 致谢 |
（3）夏南牛与13个黄牛群体mtDNA及微卫星DNA遗传多样性比较研究（论文提纲范文）
| 1材料与方法 |
| 1.1样品采集 |
| 1.2基因组DNA的提取及检测 |
| 1.3 mtDNA D-loop区和微卫星DNA座位扩增 |
| 1.4数据统计分析 |
| 2结果与分析 |
| 2.1 mtDNA D-loop区序列遗传多样性分析 |
| 2.2微卫星DNA遗传多样性分析 |
| 2.3 mtDNA D-loop区序列的遗传距离与系统进化分析 |
| 2.4微卫星DNA的遗传距离与系统进化分析 |
| 3讨论 |
| 3.1遗传多样性分析 |
| 3.2遗传距离与系统进化分析 |
| 3.3夏南牛遗传资源的保护和利用 |
| 4结论 |
（4）早胜牛遗传多态性与母系遗传背景分析（论文提纲范文）
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 血样采集 |
| 1.2 基因组DNA提取 |
| 1.3 引物设计与PCR扩增 |
| 1.4 基因测序 |
| 1.5 数据处理与软件分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 PCR扩增结果 |
| 2.2 核苷酸变异及单倍型分布趋势 |
| 2.3 核苷酸序列歧义度 |
| 2.4 系统发育树 |
| 3 分析与讨论 |
| 3.1 早胜牛及其杂交类群遗传多样性 |
| 3.2 早胜牛母系遗传背景及起源进化 |
（5）三江黄牛mtDNA D-Loop区遗传多样性及系统进化（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样品采集 |
| 1.2 基因组DNA的提取及检测 |
| 1.3 引物设计与序列扩增 |
| 1.4 目的基因克隆测序 |
| 1.5 牛亚科其他代表性品种(类群)和外类群构建D-loop |
| 1.6 数据分析和系统进化分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 三江黄牛mtDNA D-loop区遗传多样性 |
| 2.2 三江黄牛与各类群间D-loop区遗传多样性差异 |
| 2.3 三江黄牛与各牛种类群间的遗传距离及系统进化 |
| 3 讨论 |
（6）基于线粒体DNA对中国部分地方黄牛群体系统发育的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Summary |
| 第一章 文献综述 |
| 1. 前言 |
| 2. 中国黄牛遗传资源及其分类 |
| 3. 中国黄牛遗传多样性与系统发育研究 |
| 3.1 黄牛遗传多样性与系统发育的研究意义 |
| 3.2 黄牛遗传多样性的保护意义及策略 |
| 3.3 黄牛遗传多样性与系统发育的研究方法 |
| 3.3.1 毛色与形态外貌研究 |
| 3.3.2 染色体多态性研究 |
| 3.3.3 蛋白质多态性研究 |
| 3.3.4 限制性酶切片段长度多态性分析 |
| 3.3.5 扩增片段长度多态性分析 |
| 3.3.6 随机扩增多态DNA分析 |
| 3.3.7 微卫星DNA多态分析 |
| 3.3.8 单链构象多态性分析 |
| 3.3.9 DNA序列测定 |
| 4. mtDNA在黄牛遗传多样性及系统发育研究中的优势 |
| 4.1 哺乳动物线粒体DNA |
| 4.2 哺乳动物mtDNA遗传特征 |
| 4.2.1 分子结构简单、分子质量低、稳定 |
| 4.2.2 无组织特异性 |
| 4.2.3 核苷酸组成不均一 |
| 4.2.4 进化特征 |
| 4.2.5 密码特性 |
| 4.2.6 母系遗传 |
| 4.3 mtDNA遗传多样性在黄牛育种中的应用 |
| 4.4 mtDNA序列分析的基本数学模型 |
| 5. 本研究目的及意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 1. 试验材料 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 主要试剂及工具酶 |
| 1.3 主要仪器设备 |
| 1.4 主要试剂和溶液的配制 |
| 2. 试验方法 |
| 2.1 样本采集 |
| 2.2 血液基因组DNA和耳组织基因组DNA提取 |
| 2.2.1 血液基因组DNA提取 |
| 2.2.2 耳组织基因组DNA提取 |
| 2.3 PCR引物设计 |
| 2.4 PCR反应 |
| 2.4.1 引物稀释 |
| 2.4.2 PCR反应体系 |
| 2.4.3 PCR反应条件 |
| 2.4.4 PCR产物凝胶电泳检测 |
| 2.5 PCR产物纯化与测序 |
| 2.6 数据统计与分析 |
| 第三章 结果与分析 |
| 1. 中国部分地方黄牛群体的遗传多样性分析 |
| 1.1 全基因组DNA样品检测结果 |
| 1.2 PCR扩增产物检测结果 |
| 1.3 PCR扩增产物测序结果 |
| 1.4 mtDNA D-loop区变异位点分析 |
| 1.5 mtDNA D-loop区核苷酸位点的突变类型 |
| 1.6 mtDNA D-loop区遗传多样性分析 |
| 1.7 特有单倍型与共享单倍型分析 |
| 2. 中国部分地方黄牛群体的系统发育分析 |
| 2.1 系统发育分析 |
| 2.2 中介网络关系分析 |
| 第四章 讨论 |
| 1. 遗传多样性分布 |
| 2. 单倍型分布趋势 |
| 3. 系统进化与中介网络关系 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师简介 |
（7）早胜牛起源进化及肉质特性分析（论文提纲范文）
| 项目资金资助 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词中英文对照表 |
| 引言 |
| 第一部分 文献综述 |
| 第一章 牛系统进化研究概述 |
| 1 物种系统进化研究的分子标记 |
| 1.1 母系进化标记——微卫星DNA |
| 1.1.1 关于微卫星DNA的简介 |
| 1.1.2 关于微卫星DNA座位序列特点的研究 |
| 1.1.3 微卫星DNA的遗传特征 |
| 1.1.4 微卫星DNA标记技术 |
| 1.1.5 微卫星DNA标记技术特点 |
| 1.1.6 关于微卫星DNA研究进展 |
| 1.2 线粒体起源的研究 |
| 1.2.1 动物mtDNA的序列特征 |
| 1.2.2 动物mtDNA的遗传特征 |
| 1.2.3 中国黄牛mtDNA D-loop的序列特点 |
| 1.2.4 关于牛类动物mtDNA D-loop在系统发生研究中的应用进展 |
| 1.2.5 系统发育树介绍 |
| 1.2.6 常用构树方法及其甄选 |
| 第二章 早胜牛肉特性分析 |
| 1 质地特性简介 |
| 2 质构仪简介 |
| 3 TPA研究肉质特性研究进展 |
| 第三章 牛磺酸 |
| 1 牛磺酸简介和相关应用 |
| 1.1 牛磺酸来源,结构,体内代谢过程 |
| 1.1.1 牛磺酸来源和结构 |
| 1.1.2 Tau体内代谢过程 |
| 1.2 牛磺酸生理功能 |
| 1.3 牛磺酸检测方法 |
| 1.4 牛磺酸提取工艺研究进展 |
| 第二部分 试验研究 |
| 第一章 早胜牛群体中微卫星基因座的遗传多态性分析 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.1.1 主要试剂及其仪器设备 |
| 1.1.2 微卫星检测标记 |
| 1.2 试验方法与步骤 |
| 1.2.1 基因组DNA的提取和检测 |
| 2 结果 |
| 2.1 早胜牛的基因组DNA的提取和检测 |
| 2.2 早胜牛微卫星基因座PCR产物检测 |
| 2.3 早胜牛的PCR产物的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测 |
| 3 讨论 |
| 3.1 关于‘早胜牛’的微卫星基因座等位基因频率及其等位基因分布的研究 |
| 3.2 ‘早胜牛’的微卫星基因座多态信息含量和杂合度 |
| 3.3 ‘早胜牛’与中国黄牛的分子遗传学分析 |
| 4 本章小结 |
| 第二章 8个黄牛群体mtDNA D-loop多态性及其母系进化研究 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 8个中国黄牛群体mtDNA D-loop区全序列的核苷酸组成 |
| 2.2 8个中国黄牛群体mtDNA D-loop区的核苷酸变异和多态性分析 |
| 2.3 8个中国黄牛群体mtDNA D-loop区单倍型和多态性分析分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 8个中国黄牛群体遗传关系分析 |
| 3.2 关于早胜牛起源进化研究分析 |
| 4 本章小结 |
| 第三章 早胜牛肉质构特性分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验仪器 |
| 1.2 采样和贮藏方式 |
| 1.3 样品处理 |
| 1.4 试验方法 |
| 1.5 试验结果处理与分析 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 本章小结 |
| 第四章 早胜牛牛磺酸检测方法及提取工艺的研究 |
| 1 柱前衍生--高效液相检测早胜牛肉牛磺酸含量方法的建立 |
| 1.1 材料与方法 |
| 1.2 结果与分析 |
| 1.2.1 衍生试剂的用量 |
| 1.2.2 衍生时间的选择 |
| 1.2.3 流动相比例的选择 |
| 1.2.4 标准工作曲线 |
| 1.2.5 样品的测定 |
| 1.2.6 精密度实验 |
| 1.2.7 回收率试验 |
| 1.3 讨论 |
| 2 牛磺酸提取工艺优化研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.2 方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 Design-Expert8.0软件方法建立 |
| 2.3.2 牛磺酸提取工艺建立 |
| 3 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士期间发表论文情况 |
| 致谢 |
| 附录一 中国牛品种名录 |
| 附录二 微卫星相关公式计算方法 |
| 附录三 早胜牛D-loop测序序列1(910bp) |
| 附录四 早胜牛mtDNA D-loop测序序列2(905bp) |
| 附录五 TPA质地特性分析原理 |
| 附录六 名词解释 |
（8）草地藏系绵羊mtDNA D-Loop区多态性分析（论文提纲范文）
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 草地藏系绵羊基因组DNA的提取 |
| 1.3 引物的设计 |
| 1.4 PCR扩增 |
| 1.5 PCR产物的检测、纯化和测序 |
| 1.6 数据分析处理 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 mtDNA D-Loop扩增 |
| 2.2 mtDNA D-Loop测序结果 |
| 3 讨 论 |
（9）中国荷斯坦牛和鲁西黄牛mtDNA D-loop序列多态性分析（论文提纲范文）
| 1 结果与分析 |
| 1.1 两个牛品种mt DNA D-loop区PCR扩增 |
| 1.2 线粒体DNA D-loop序列变异 |
| 1.3 碱基组成 |
| 1.4 多态位点分析 |
| 1.5 两个品种内个体间的遗传距离分析 |
| 1.6 两品种牛与普通黄牛和瘤牛的聚类分析 |
| 2 讨论 |
| 3 材料与方法 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.2 基因组DNA的制备 |
| 3.3 设计引物 |
| 3.4 数据统计分析 |
四、南阳牛mtDNA D—loop序列多态性分析（论文参考文献）
- [1]大别山牛mtDNA D-loop区遗传多样性和系统进化分析[J]. 程敏,石高丽,刘善斋,张运海,刘洪瑜. 安徽农业大学学报, 2018(05)
- [2]皖东牛mtDNA遗传多样性及部分功能基因研究[D]. 白宗胜. 安徽科技学院, 2018(05)
- [3]夏南牛与13个黄牛群体mtDNA及微卫星DNA遗传多样性比较研究[J]. 王彦环,吴慧,房兴堂,陈宏,张春雷. 家畜生态学报, 2018(03)
- [4]早胜牛遗传多态性与母系遗传背景分析[J]. 容维中,徐建峰,王珂,郭海龙,保国俊,桑国俊,杨明. 中国牛业科学, 2017(02)
- [5]三江黄牛mtDNA D-Loop区遗传多样性及系统进化[J]. 汪琦,钟金城,柴志欣,李键,陈智华,何世明,吴锦波,蹇尚林,冉强. 西北农业学报, 2016(09)
- [6]基于线粒体DNA对中国部分地方黄牛群体系统发育的研究[D]. 刘丽. 甘肃农业大学, 2015(03)
- [7]早胜牛起源进化及肉质特性分析[D]. 王晓静. 西北民族大学, 2015(02)
- [8]草地藏系绵羊mtDNA D-Loop区多态性分析[J]. 王金玲,王永,刘鲁蜀,胡瑜,陶永平. 绵阳师范学院学报, 2011(11)
- [9]中国荷斯坦牛和鲁西黄牛mtDNA D-loop序列多态性分析[J]. 郝荣超,王国华,常玉霞,杨国忠,昝林森. 基因组学与应用生物学, 2011(05)
- [10]南阳牛分子标记研究进展[J]. 牛晖,陈付英,王居强,肖杰,王越英. 中国牛业科学, 2009(03)