一、用微卫星探针的DNA指纹技术分析9个家猪群体的遗传结构（论文文献综述）
黄宣凯,唐玲玲,宋岩,王佳辉,张宝荣,高圣玥[1]（2016）在《猪基因组核苷酸多态性研究与应用》文中进行了进一步梳理基因组核苷酸多态性广泛应用于构建遗传连锁图谱与基因定位、标记辅助选择、遗传多样性评估及性别鉴定等研究。随着猪基因组计划的实施,猪基因组核苷酸多态性已广泛应用于猪育种领域。现对基因组核苷酸在猪育种研究中的应用作一综述。
贺希文[2]（2016）在《加系SPF大白和长白猪群体遗传学分析与SLA单倍型的初步筛选》文中指出本试验首先采用19对微卫星引物对中国农业科学院哈尔滨兽医研究所从加拿大引进100头无猪瘟、猪繁殖与呼吸综合征、猪传染性胃肠炎、猪流感等病原体的SPF猪进行了群体遗传学检测。其次,又对大白猪和长白猪的二元杂交后代大长和长大猪进行了群体遗传学检测。最后,再利用低分辨率的PCR-SSP技术对大白猪和长白猪个体进行SLA基因单倍型初步筛选。总体研究探讨了SPF商品猪作为实验动物模型的可行性,研究结果如下:1.加系SPF大白猪和长白猪的19个微卫星位点均表现为高度多态,其中S0155、S0143、S0178、Sw857和Sw936位点等位基因在大白和长白两猪群中的分布差异显着（P<0.05）,可作为该品种品种鉴定的候选位点。2.加系SPF大白猪和长白猪的平均杂合度（He）分别为0.6066和0.5877（介于0.50.7之间）。观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）分别为0.5875、0.5877和0.6156、0.6066,无差异（P>0.05）,符合封闭群遗传学指标要求,可作为实验动物模型应用于猪病研究和疫苗制备。3.其后代二元杂交长大群体的平均杂合度为0.7322,大于0.7,不符合封闭群遗传学指标。除IGF1和S0218外,大长和长大群体的其他17个位点的基因型分化（Fit）均为负值,杂合度过剩,需要进一步选育。4.遗传结构和分化分析表明,大白猪和长白猪两个群体内分化较小,遗传结构稳定。5.2922、2992、2956、2952、3033、3065、5131、5132样品分选出8个SLA-1 BLANK（新的）等位基因。
杜文兴[3]（2011）在《中国地方鹅种遗传资源多样性与分类地位的研究》文中认为我国地方鹅品种资源丰富,品种间体型外貌,生产性能及遗传特性差异较大。为全面了解中国家鹅遗传资源现状、遗传多样性及遗传关系,本研究通过原产地调查并采集了来自中国不同地区的11个中国家鹅品种及7个江苏省内品种（类群）,2个引进的欧洲家鹅品种和来自2个动物园的灰雁、鸿雁,利用双重抑制PCR技术获得的10对鹅微卫星引物对437个鹅个体基因组DNA进行分析。分析了等位基因频率、群体杂合度（H）、有效等位基因数、多态信息含量、群体间的Nei氏标准遗传距离（DS）和DA遗传距离,采用UPGMA法、主成分分析（FCA）和群体遗传结构分析等方法,对11个中国家鹅品种及7个江苏省内地方品种的群体内的遗传变异进行了分析。基于线粒体DNA COI基因序列中的681bp片段对13个品种79个个体和GenBank中相关序列的分析进行了中国鹅品种分类地位探讨。其研究结果如下：1.经双重抑制PCR技术分离得到鹅的微卫星引物12对,其中仅一对不能完全扩增出微卫星片段,其余均能扩出,且退火温度变化范围较大,很容易进行PCR扩增反应。有一对引物扩增后在所有品种上都呈单态,其余10对引物均具多态性。从微卫星引物扩增出的片段中选择两个相对较小且清晰的等位基因片段A和B,A等位基因为11个（CA/TG）重复,B为14个重复。结果显示,在鹅的基因组中可能存在大量的（TG）n重复序列。2.从上述获得的微卫星引物中筛选出10对具有较好多态性的引物,对13个国内外的鹅种基因组DNA进行PCR扩增和基因型判断；由Fstat软件计算结果显示,13个品种中共检测到61个等位基因；每个座位的等位基因数为4～11个。61个等位基因中仅有7个在13个鹅品种中出现；有12个在11个中国鹅群体中出现,中国鹅中共有等位基因数占总等位基因数的19.56%。但有些特有的等位基因仅在某一群体中出现,如溆浦鹅、豁眼鹅、太湖鹅、狮头鹅分别在四个不同位点出现稀有的等位基因。除G08的143 bp位点在狮头鹅中出现较高的等位基因频率外（0.868）,其余三个稀有等位基因均只有较低的频率。同时还发现,个别品种存在个别位点等位基因缺失现象,如伊犁鹅中在G01的143bp位点上出现等位基因缺失。3.10个微卫星在13个中外鹅品种中的平均群体杂合度（H）为0.545；除G04、G09和G12位点平均杂合度低于0.5外,其余7个位点的平均杂合度都超过0.5。我国11个地方鹅品种的群体杂合度较高,最高的长乐鹅（0.605）,最低的东北籽鹅（0.488）,两个外来品种莱茵鹅和朗德鹅的群体杂合度较低,分别为0.470和0.421；表明我国地方鹅品种的遗传变异相对较大；外来鹅种遗传变异相对较小、品种比较纯、选育程度较高。13个品种所有基因座的平均多态信息含量（PIC）为0.485,仍以中国鹅种较高,外来鹅种较低；表明我国地方鹅品种内的遗传基因丰富,外来鹅种遗传基因相对较纯。10个微卫星在13个品种的平均等位基因观察数为3.53、平均有效等位基因数为2.539；中国鹅种普遍高于外来鹅种。品种间的遗传变异分析表明：10个微卫星在13个鹅种的FST（群体分化系数即遗传分化系数）为21.39%（p<0.001）,所有位点都出现极显着分化（p<0.001）。13个鹅品种的F（>）（总近交系数）值为23.7%,达到极显着水平（p<0.001）；其中G04、G06、G08、G09、G10和G12位点的Frr值偏离Hardy-Weinberg期望,达极显着水平（p<0.001）。13个鹅品种的FIs（鹅种间的近交系数）值为2.98%,达到显着水平（p<0.05）；其中G04、G08、G09、G10的FIs值偏离Hardy-Weinberg期望,达极显着水平（p<0.001）。Nm（基因流值）变化范围从G04的0.3863到G10的1.7854,平均值为0.8890。从FST和Nm值可知,FST值越大、Nm值越小,也即群体（品种间）分化程度越大、基因流值越小。通过分子方差分析得出我国新疆伊犁鹅与我国其它10个地方鹅品种间的FST值差异达到显着水平（P<0.05）。欧洲的莱茵鹅、朗德鹅与我国地方10个鹅品种（伊犁鹅除外）间的FST值差异达到极显着水平（P<0.01）。我国地方大型鹅品种与中、小型鹅之间的FST值差异达到显着水平（P<0.05）。从基因流值来看,皖西白鹅和雁鹅之间基因流值最大（Nm=9.554）；四川白鹅和雁鹅之间次之（Nm=7.947）；而朗德鹅和东北籽鹅之间基因流值最小（Nm=0.325）。莱茵鹅和朗德鹅两品种间遗传分化系数较小（FST=0.072）;皖西白鹅和雁鹅间遗传分化程度最小（FST=0.026）。但总体来说,中国地方鹅品种间（除伊犁鹅外）群体遗传分化系数较小,说明中国家鹅的起源均受到了同一祖先的影响；中国鹅品种间的基因流值大于与外来鹅种间的基因流值,说明中国鹅种间相互迁移率更高。4.UPGMA和NJ法聚类均能把13个鹅群体在总体上分为两大类：中国鹅种（伊犁鹅除外）聚为一类,外来2个鹅种先聚后再与伊犁鹅聚为第二类。用Structure程序对13个鹅种的遗传结构进行分析,当K=2时,13个鹅种分成二类,其中伊犁鹅和欧洲鹅聚在一类；当K=3时,伊犁鹅仍和欧洲鹅聚在一类；中国其他鹅种中的浙东白鹅、长乐鹅、太湖鹅、皖西白鹅聚为一类,其除中国鹅聚为一类；当K=4、5时,浙东白鹅、长乐鹅、太湖鹅聚为一类,豁眼鹅、东北籽鹅、皖西白鹅聚为一类,四川鹅、雁鹅、溆浦鹅聚为一类,狮头鹅单独一类；当K=6时,伊犁鹅从欧洲鹅中分离出来,其除中国鹅种间聚类基本不变。此结果与UPGMA和NJ法聚类结果基本一致。5.选择11个品种79个个体的线粒体DNA COI基因序列中的681bp片段进行分析。结果表明：11个群体的Hd（单培型多样度）为0.6219±0.036；Pi（核苷酸多样度）为0.00120±0.00011；11个群体共有6种单倍型,且以H2和H3为主体单倍型,两者频率分别为51.9%和31.65%；而H4、H5和H6单倍型仅为一个个体的少数单倍型。采用Mega4软件进行多序列比对后发现,其中保守位点677个,可变位点4个,简约信息位点4个,单信息位点2个。群体内单倍型多样度（Hd）以莱茵鹅最高（0.8100±0.0169）,其次为灰雁（0.7140±0.0151）,伊犁鹅品种Hd为0。将中国地方家鹅品种间的Hd进行比较,皖西白鹅明显高于其它鹅品种。群体内核苷酸多样度（Dx/Dy）以菜茵鹅最高（0.00168）,伊犁鹅最低为0。群体间核苷酸分歧度（Dxy）以鸿雁与中国鹅（伊犁鹅除外）间、灰雁与欧洲鹅及伊犁鹅间较小。群体间遗传分化指数（GST）,以中国伊犁鹅与鸿雁的GsT遗传分化大于与灰雁的遗传分化程度；除伊犁鹅之外,中国地方鹅种群体间的GST相对较小,表明除伊犁鹅外的中国鹅间遗传关系更一致。6.对雁亚科32条COI基因序列的统计分析发现,4种碱基（T、C、A、G）的平均含量分别为23.8%、34.6%、24.9%、16.7%,嘌呤平均含量与嘧啶平均含量相近,说明序列碱基不存在明显的偏向性。31条雁亚科mtDNACoI基因序列中共检测到24种单倍型,作为外群的鹊雁亚科（Anseranatinae）的鹊鹅（magpie goose）形成一个独立的单倍型,所有物种Hd为0.9819；其中中国家鹅、鸿雁与下载鸿雁序列共享同一单倍型,伊犁鹅、欧洲鹅与灰雁共享同一单倍型。7.基于10对鹅微卫星引物分析结果显示：鸿雁与莱茵鹅的遗传分化程度最高,为0.386；莱茵鹅与朗德鹅、伊犁鹅的遗传距离较近,分别为0.1484和0.2099,还与灰雁的距离相对较近,分别为0.2850和0.3031；中国家鹅（除伊犁鹅外）与鸿雁的遗传距离较近,为0.1768。鸿雁、中国家鹅与朗德鹅间的遗传距离最大,分别为0.855和0.854；相应地,它们之间的品种分化时间也最早,达到了777.2年和776.1年。中国家鹅（除伊犁鹅外）与上述集合中的所有群体的遗传距离均较远,伊犁鹅与欧洲鹅的分化时间较晚于与中国家鹅的分化时间。聚类分析结果发现：鸿雁与中国家鹅聚为一类,莱茵鹅与朗德鹅先聚,再分别与伊犁鹅、灰雁聚为一类。每个分枝上都获得较高的支持率。综合研究结果表明：中国家鹅（除伊犁鹅外）起源于鸿雁,欧洲鹅（包括伊犁鹅）起源于灰雁。8.基于10对鹅微卫星引物对江苏省鹅种遗传基因研究结果表明,江苏省内鹅品种资源可以分为四大类型。一类是太湖鹅：包括苏州种鹅场的太湖鹅、南农大种鹅场的太湖鹅、以及盐城建湖的太湖鹅。第二类是四季鹅：包括句容和溧水二地的四季鹅,以及含有浙东白鹅和皖西白鹅血缘的洪泽鹅。第三类是四川鹅：主要是引进饲养推广的四川白鹅,实际上常熟饲养的不是太湖鹅,而是引入的四川白鹅。第四类是扬州鹅：由于扬州鹅是通过引入四川白鹅等品种与太湖鹅杂交后选育的鹅种,所以遗传基因丰富,可以自成一体进行继续选育和推广。而豁眼鹅和狮头鹅至今仍游离于江苏养鹅业外。
范佳英[4]（2009）在《固始白鹅品种资源调查及体尺性状与微卫星DNA标记相关分析》文中指出本研究对河南省地方品种固始白鹅资源进行调查,对相关种质资源特性进行了分析;同时选择11对鹅微卫星引物,利用PCR技术对固始白鹅基因组DNA进行扩增,用以检测其群体遗传结构,并首次进行了固始白鹅微卫星标记和体尺性状的相关分析,对各微卫星位点的不同基因型个体间的体尺性状进行了多重比较。固始白鹅品种资源调查结果表明:固始县为其中心产区,饲养量为492万只（占总饲养量61.12%）,且呈逐年上升趋势;与1980年相比,体形外貌未见显着改变,体尺、体重、产肉和繁殖等指标均有明显改善;保种利用状况良好。群体遗传结构多态性分析结果表明:11对鹅微卫星位点中有8个位点在固始白鹅上有较好的多态性,这8个微卫星位点在固始白鹅上平均等位基因数为4.25（3～6）,平均杂合度为0.5845（0.273～0.719）,平均多态信息含量为0.6345（0.530～0.769）,平均有效等位基因数为3.3447（2.383～4.984）。其余位点的多态性较差或呈单态。微卫星标记和体尺性状相关性分析结果表明: 4个位点（WD136、WD206、CKW21、TTUCG1）与体重存在显着性相关,同时位点WD136与体斜长、骨盆宽存在显着相关（P<0.05）;位点WD206与胸宽、龙骨长、胫长、半潜水、颈长存在显着相关;位点CKW21与龙骨长、胸深、半潜水长、颈长存在显着相关;位点TTUCG1与体斜长、龙骨长、胫长存在显着相关。多重比较结果表明:WD136位点基因型AB所对应的体重、体斜长、骨盆宽最小二乘均值显着高于基因型AA（P<0.05）; WD206位点基因型EE所对应的体重、胸宽、龙骨长最小二乘均值显着高于AA、AC基因型（P<0.05）;CKW21位点基因型BB所对应的体重、龙骨长、胫长、颈长最小二乘均值显着高于AC和BD基因型（P<0.05）,基因型CC所对应的半潜水长显着高于AC基因型（P<0.05）; TTUCG1位点基因型AA所对应的体重、体斜长最小二乘均值显着高于BD基因型（P<0.05）,基因型AD所对应的胫长、龙骨长最小二乘均值显着高于BC基因型（P<0.05）;这些基因型有望作为相应体尺性状的早期选择辅助标记。通过剔除不利基因型个体,保留有利基因型个体,可以加快育种进程。
段天林[5]（2008）在《DNA指纹技术对近交系小鼠生产扩大群的遗传检测》文中研究指明近交系小鼠具有遗传的稳定性和表型的一致性,越来越多地应用于科学研究中。但由于在近交系小鼠的繁育过程中容易发生遗传污染或突变,应用这样的动物进行试验,不仅会造成经济浪费,而且可能得出错误的结论,因此加强对近交系小鼠遗传质量的检测非常必要。长期以来,应用于近交系小鼠遗传质量检测的方法主要有:皮肤移植法、毛色基因检测及生化位点检测技术等。随着分子生物学技术的发展,DNA指纹技术已初步被应用于近交系小鼠的遗传质量检测。本文通过DNA指纹技术在近交系小鼠生产扩大群遗传检测中的应用研究,并与生化位点标记分析法进行比较,旨在筛选出具有精确、可靠、特异性好的实验动物遗传检测方法,为建立分子生物学实验动物遗传质量监测技术和标准奠定基础。实验采用生物素标记的（GGAT）4寡核苷酸探针对C57BL/6J、BALB/c和DBA/2三个近交系扩大群种鼠进行了DNA指纹分析,发现在2.2Kb-9.4Kb之间均出现了10条以上清晰可见、易于判别的图谱条带。同一品系近交系小鼠DNA指纹图带相一致,其相似系数为0.95-1.0;而不同品系近交系小鼠的DNA指纹图带差异很大,其相似系数仅为0.21-0.35。结果证明生物素标记的（GGAT）4寡核苷酸探针具有高度多态性,用其标记的DNA指纹技术能够对近交系小鼠进行遗传监测。近交系小鼠生产扩大群只能繁殖四代,第五代可能出现遗传污染。因此,本研究采用生物素标记的（GGAT）4寡核苷酸探针对第四代和第五代扩大群繁育的C57BL/6J、BALB/c和DBA/2三个近交品系的小鼠进行了遗传质量检测,发现第四代近交系小鼠品系内DNA指纹图带相一致,其相似系数为0.95-1.0。而第五代近交系小鼠DNA指纹图带有差异,其相似系数为0.67-0.79。这表明第四代扩大群没有发生遗传突变或污染,而第五代扩大群已发生遗传突变或污染。生化标记方法是国标规定的近交系小鼠遗传监测的一种常用方法。通过对兰州大学实验动物中心生产扩大群繁育的C57BL/6J、BALB/c和DBA/2三个近交系扩大群的第四代和第五代进行常规生化标记分析,发现被检的十三个生化基因位点（Car-2, Es-1, Es-3, Gpi1, Hbb, Idh-1, Trf, Ce-2, Es-10, Mod-1, Pgm-1, Gpd-1 and Akp-1）中,三个近交品系小鼠第四代的生化基因位点与国标完全一致。第五代的生化基因位点中,BALB/c小鼠的十三个生化基因位点与标准一致;DBA/2小鼠有一个位点即Idh-1出现异常;C57BL/6小鼠的十个生化基因位点与标准一致,有三个位点即Idh-1、Es-3、Es-1出现异常。将C57BL/6J、BALB/c和DBA/2近交系小鼠第四代和第五代的DNA指纹图与常规生化标记分析法比较,发现DNA指纹技术显示异常的群体生化标记分析未见异常,生化标记分析显示可疑或异常的群体内DNA指纹图差异明显,表明DNA指纹技术在近交系小鼠扩大群遗传检测中比生化标记分析更加灵敏。为了解近交系扩大群小鼠的各项血液指标变化情况,本研究对近交系扩大群小鼠的第一代至第五代近交系小鼠进行了血液分析,发现第一代至第四代近交系扩大群小鼠血液的各项指标均正常,第五代近交系扩大群小鼠虽然在遗传检测时发现了遗传突变或污染,但各项血液指标均在正常值范围内。上述结果表明,DNA指纹技术在近交系小鼠遗传检测中更具优势。本研究中所用（GGAT）4寡核苷酸探针具有高度的多态性,利用此探针标记的DNA指纹技术可以对C57BL/6J、BALB/c和DBA/2近交系扩大群小鼠进行遗传监测。
杨菊凤[6]（2008）在《固始—安卡鸡F2群体生长性状的微卫星标记连锁分析》文中进行了进一步梳理本研究利用26个微卫星标记分析了固始鸡和安卡鸡为亲本制备的F2代分离群体共686个个体各标记座位的等位基因数、基因频率、杂合度和多态信息含量,同时测定F2群体的27项生长性状指标,对其进行描述性统计分析和相关性分析,采用方差分析法对标记与性状进行连锁分析,并对性状连锁的同一标记不同基因型作多重比较,试验结果如下:1、对27项生长性状描述性分析结果表明,群体内个体间存在较大的差异,适于进行标记-QTL的连锁分析。2、从已发表的三个参考家系的遗传图谱中选取26个微卫星标记,合成引物对F2群体进行PCR扩增,12%变性聚丙酰胺凝胶电泳分型,结果表明:各座位均表现出不同程度的多态,平均等位基因数约5个,最多的ADL326为6个,最少的MCW120为3个,平均杂合度为0.7730,平均多态信息含量为0.6180.3、采用方差分析法对26个多态性座位与27项生长性状间进行连锁分析,结果表明:26个多态性座位中共检测到16个与不同的生长性状存在相关关系,具有较高的检测效率。它们分别为ADL716、MCW062、MCW236、ADL166、ADL326、ADL298、MCW166、MCW157、ADL267、MCW120、LEI147、LEI070、LEI077、ADL169、MCW193和ADL146。4、微卫星标记与27项生长性状间方差结果表明:ADL176座位可能与4周龄体重、胫长、胸深,8周龄胸骨长、体斜长、盆骨宽连锁;MCW120座位可能与4周龄胸骨长、体斜长、盆骨宽,8周龄胸骨长、胫围连锁;MCW062座位可能与4周龄胸深、胸角,8周龄胫长、12周龄胸角连锁;ADL267座位可能与8周龄胫长、4周龄胸骨长4周龄骨盆宽连锁;LEI147座位可能与4周龄胫长、胸深、骨盆宽、8周龄胫长、体斜长和12周龄胫围连锁;LEI070座位可能与4周龄胫长、胸深、8周龄胫长、胫围、胸角、体斜长,12周龄体重连锁;MCW166座位可能与4周龄体重、胸角、骨盆宽;8周龄胫长、胫围、体斜长;12周龄体重、胫长、胫围、体斜长连锁;ADL146座位可能与4周龄体重、胫围、体斜长连锁;MCW157座位可能与4周龄体斜长、12周龄胸深、盆骨宽连锁; ADL298座位可能与8周龄胫围、胸宽、体斜长连锁;ADL326座位可能与4周龄体重、8周龄体重、12周龄胸骨长、盆骨宽连锁;MCW236座位可能与4周龄胫长、胸深、胸宽、8周龄胫长、胸骨长、12周龄胸宽连锁;ADL169座位可能与4周龄体重、胫长、胫围和8周龄体重连锁。5、与性状连锁的同一标记不同基因型间作多重比较,结果表明:标记MCW120中的BC型对8周龄胫围、胸骨长,4周龄盆骨宽显着影响;标记ADL176中的AD型对4周龄体重、8周龄体斜长影响显着,CC型对8周龄胸宽、胸骨长、盆骨宽影响显着,CD型对4周龄胸深影响显着;标记MCW062中的CC型对4周龄胸深、胸角影响显着,BD型对12周龄胸角影响显着,AA型对8周龄胫长影响显着;标记ADL267基因型中的CD型对4周龄胸骨长、盆骨宽影响显着,BD型对8周龄胫长影响显着;标记LEI147基因型中的BB型对4周龄胫长、胸深、盆骨宽影响显着;标记MCW166基因型中的AB型对4、12周龄体重、8、12周龄胫长、12周龄胫围、体斜长、8周龄体斜长影响显着;标记LEI070基因型中的AD型对12周龄体重、胫围、胸角、体斜长,4、8周龄胫长、4周龄胸深影响显着;标记ADL146中的AA型对4周龄体重、体斜长影响显着;标记MCW193基因型中的AC型对4周龄胫长影响显着;标记LEI070基因型中的BC型对8周龄胫长、8、12周龄体斜长影响显着;标记ADL166各基因型中的BB型对4周龄体重、胫围、盆骨宽影响显着;标记ADL326中的AC型对12周龄胸骨长、盆骨宽影响显着;标记MCW236中的BD型对4、5周龄胫长、4周龄胸深、12周龄胸宽影响显着;标记ADL169中的AD型对4周龄体重、胫围影响显着,CD型对4周龄胫长影响显着。
赵云航[7]（2008）在《基因组扫描定位鸡的2、5、7染色体上有关屠体性状QTLs》文中研究指明本研究以固始鸡-安卡鸡F2代资源群体为试验素材,固始鸡-安卡鸡F2代资源群体包括正反交7个家系,852个性状分离个体,在2、5、7染色体上共选择了39个微卫星标记,其中2号染色体上20个微卫星标记,覆盖474cM,平均距离是23.7 cM,5号染色体上10个微卫星标记,覆盖170 cM,平均距离是17 cM,7号染色体上共9个微卫星标记,覆盖160 cM,平均距离是18 cM。本实验主要研究了19个屠体性状在2、5、7染色体的基因定位,同时利用39个微卫星标记分析了固始鸡和安卡鸡为亲本构建的F2代分离群体共852个个体各标记座位的等位基因数、基因频率、杂合度和多态信息含量,本研究还对F2代群体的763个体的19项屠体性状指标进行了描述性统计分析,采用方差分析法分析了微卫星标记和各屠体性状的相关性。试验结果如下:19个屠体性状中在2、5、7染色体上共检测到了影响13个屠体性状的10个QTL,其中2号染色体上检测到了影响屠体重、半净膛重、皮脂重、肌胃重、胰腺重、脾重、胸肌重的QTL,分别位于172cM、211cM、474cM、453cM、182cM、379cM、241cM;在5号染色体上的146 cM处检测到了一个同时影响空肠、回肠长度的QTL,并且显性效应值和加性效应值都为正;在7号染色体上86-91 cM处检测到了一个同时影响十二指肠长度、空肠长度、回肠长度、盲肠长度的QTL;在7号上95-97cM处还检测到了一个影响腿重和腿肌重的QTL。39个微卫星标记在F2群体中的平均等位基因数、平均杂合度值、平均多态信息含量分别是4.1871、0.7730、0.7180,最少等位基因数为3,最多为6,杂合度最高达到0.985,多态信息含量最高达到0.799,本群体具有较高的杂合度和多态信息含量。36个微卫星标记的多态性与屠体性状相关分析:采用SAS统计软件中的非均衡数据的方差分析（GLM）对标记座位与各群体屠体性状指标（屠体重、半净膛重、全净膛重、头重、脚重、翅重、肝脏重、心脏重、肌胃重、脾脏重、胰腺重、胸肌重、腿重、腿肌重、皮脂重、十二指肠长度、空肠长度、回肠长度、盲肠长度）19个性状不同标记位点基因型间表型均值是否存在显着性差异进行了分析。检测到24个标记与19种不同屠体性状间差异显着,其中24个标记对16种屠体性状存在差异极显着（P<0.01）,具有较高的检测效率。本研究对19种屠体性状指标做了描述性统计,结果表明所测定的各性状在个体间存在不同程度的变异,表型值呈现两端分布,有利于于标记-QTL连锁分析。
梁敏[8]（2008）在《基因组扫描定位鸡2、5和7号染色体上肉质性状的QTLs》文中研究指明过去对鸡的遗传改良主要集中在提高生长速度和产肉力方面。但是由于人们片面追求瘦肉率导致了鸡肉的肉质品质下降,给养禽生产带来了极大的损失。随着生活水平的提高,人们对鸡肉品质的要求日益提高。然而,肉质性状大多属于数量性状,该类性状的发生受到两对或更多对等位基因的控制,传统育种方法很难提高。分子标记的出现及其在鸡育种中的应用为解决这个问题提供了良好的契机。本次试验以固始鸡与安卡鸡为亲本建立的资源群体为基础,选取了2,5,7号染色体上的39对微卫星标记,其中2号染色体上20个微卫星标记,覆盖474cM,平均距离是23.7 cM,5号染色体上10个微卫星标记,覆盖170 cM,平均距离是17 cM,7号染色体上共9个微卫星标记,覆盖160 cM,平均距离是18 cM,进行基因组扫描,并应用QTLExpress软件对鸡16个肉质性状进行QTL定位分析。试验分析结果如下:1、对F2群体的各种性状表型值进行分析证实F2群体各肉质性状都分离得很好。资源群体有足够的群体规模,保证有效微卫星标记检测数量和QTL定位的准确性,使资源群体的构建达到了预期的效果。2、微卫星标记的平均多态信息含量0.618,群体杂合度平均值为0.773。这些结果说明,微卫星标记具有很高的信息含量,将对后续QTL定位起到很好的支持作用。3、应用分析软件（QTL Express）对16个肉质性状QTL定位分析结果表明:在2,5和7号染色体上共发现影响上述16个肉质性状的39个QTL。在2号染色体上,发现了影响上述16个肉质性状的16个QTL座位;在5号染色体上检测到影响13个肉质性状的13个QTL,13个肉质性状分别是肌肉水分,腿肌pH值,胸肌pH值,腿肌纤维直径,胸肌纤维直径,腿肌系水力,胸肌系水力,腿肌嫩度,胸肌嫩度,总胆固醇含量（CHO）,总蛋白含量（TP）,碱性磷酸酶（AKP）和肌酸磷酸肌酶（CK）;在7号染色体上检测到影响10个肉质性状的10个QTL区域,10个肉质性状包括肌肉水分,皮下脂肪厚度,腿肌肉pH值,胸肌肉pH值,腿肌系水力,胸肌系水力,胸肌嫩度,总蛋白含量（TP）,碱性磷酸酶（AKP）以及肌酸磷酸肌酶（CK）。4、在三条染色体定位的各个影响肉质性状的QTL位置存在着一定的规律,相关性比较强的性状往往定位在染色体相同或较近的位置,如影响腿肌嫩度（腿肌剪切力）和胸肌嫩度（胸肌剪切力）的QTL分别定位在5号染色体的0cM和6cM位置,同样的在5号染色体上,腿肌纤维直径和胸肌纤维直径的QTL则分别定位于41和49cM处;在2号染色体上腿肌和胸肌的pH值分别定位于253,254cM,在7号染色体上腿肌和胸肌的pH值分别定位于100,110cM。
张侃,李文宾,吴敏丽[9]（2008）在《DNA指纹技术应用研究进展》文中认为 20世纪80年代,英国遗传学家 Jefferys 等人首次将分离的小卫星 DNA 用作基因探针,同人体核 DNA的酶切片段杂交,获得了由多个位点上的等位基因组成的长度不等的杂交带图纹谱,将其称为"DNA 指纹"（DNA fingerprint,DFP）。从广义上讲,现在所讲的 DNA 指纹技术应包括所有能进行个体识别的 DNA多态分析技术,是基于限制性酶切片段长度的多态性基础之上的。DNA 指纹技术解决了如何从细胞内部进行个体识别的问题。本文简单阐述最近几年国内
包文斌[10]（2007）在《中国家鸡和红色原鸡遗传多样性及亲缘关系分析》文中认为本试验使用多重PCR结合全自动电泳技术,利用29对国际通用的微卫星引物对仙居鸡、茶花鸡、鹿苑鸡、白耳鸡、藏鸡、固始鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、泰和乌骨鸡、萧山鸡、北京油鸡、淮南麻黄鸡和皖南三黄鸡等14个中国家鸡品种以及红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种和Gallus gallus gallus亚种的570个个体进行扫描,讨论样本量、性别和微卫星座位数对微卫星分析中群体遗传多样性指标的影响以及近缘物种间微卫星引物的适用性,同时对中国家鸡和红色原鸡的256个个体mtDNA D-loop序列进行系统分析,利用微卫星DNA和mtDNA共同评估群体的遗传结构和遗传关系,分析群体间和群体内的遗传变异,探讨中国家鸡和红色原鸡的亲缘关系。主要研究结果如下:1.利用29对微卫星标记对16个群体内和群体间的遗传多样性进行分析,共检测到286个等位基因,平均值为9.86±6.36,所有群体的期望杂合度为0.6708±0.0251,PIC值为0.52,29个微卫星位点均具有较高的多态性。单个位点偏离Hardy-Weinberg平衡的群体数从0到7不等。群体间平均遗传分化为16.7%（P <0.001）,所有的位点都极显着地贡献于这一结果（P <0.001）;杂合子缺失的水平很高,为0.015（P <0.01）;中国家鸡和红色原鸡16个群体间存在着极显着的遗传分化。群体间的Reynolds’遗传距离从0.036（萧山鸡-鹿苑鸡）到0.371（泰国红色原鸡-河南斗鸡）不等,而Nm值变异范围从0.583（泰国红色原鸡-河南斗鸡）到5.833（萧山鸡-鹿苑鸡）。2.利用29对微卫星标记对16个群体的亲缘关系进行分析,NJ系统发生树及Structure程序运行结果显示, 16个群体可以分成轻体型的鸡种（包括8个群体:泰国红色原鸡、中国红色原鸡、茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡、白耳鸡和泰和乌骨鸡）和重体型的鸡种（包括8个群体:皖南三黄鸡、淮南麻黄鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡）两大类。藏鸡、皖南三黄鸡和淮南麻黄鸡遗传基础非常复杂,鹿苑鸡和萧山鸡彼此之间遗传基础十分类似。茶花鸡和藏鸡与中国红色原鸡存在着较近的亲缘关系,与泰国红色原鸡亲缘关系相对较远。中国家鸡和红色原鸡两个亚种的亲缘关系从近到远的排序是:进化型品种-原始型品种（茶花鸡与藏鸡）-中国红色原鸡（Gallus gallus spadiceus亚种）-泰国红色原鸡（Gallus gallus gallus亚种）。3.利用微卫星DNA和mtDNA遗传标记分析15个中国鸡种遗传距离与地理距离的关联性,对于特定的群体而言,微卫星DNA和mtDNA遗传距离与地理距离表现出相当程度的关联性,但15个鸡种间遗传距离和地理距离回归公式:FST/（1-FST） =–1.0283–0.0407ln（d）以及Mantel’s检验的结果（P=0.596）并不能为遗传距离与地理距离之间的显着联系提供足够的证据。线粒体D-loop序列的差异与群体间的地理分布也没有相关。中国地方鸡种的形成过程中,各自的地理分布可能并不是影响其群体遗传结构的决定因素。4.以实际测定的29个微卫星座位的基因频率为基础,分析样本量、性别和微卫星座位数对微卫星分析中群体遗传多样性指标的影响。结果表明:当样本量超过20后,期望杂合度值趋于稳定,样本量以20-25较为适宜,样本量与期望杂合度无显着相关,而与平均等位基因数呈正相关;微卫星位点多态性的高低直接影响到检测所需的样本量,在使用平均等位基因数分析群体遗传多样性时,应该充分考虑样本量对检测结果的影响;期望杂合度受样本量变动的影响较小,可作为度量群体遗传多样性的一个最适参数;在微卫星分析中性别对群体遗传多样性指标不表现出显着影响;随着微卫星数目的增多,遗传距离估测精确度精度也随着升高。5.对近缘物种间微卫星引物的适用性进行尝试,利用29对鸡微卫星标记对孔雀基因组DNA进行种间扩增,发现14对引物能扩增出特异性条带,每对引物扩增的平均等位基因数为1.71,有7对引物具有较丰富的多态性,其中MCW0080和MCW0098最为理想。蓝孔雀和绿孔雀群体间和群体内的遗传分析结果表明,绿孔雀和蓝孔雀两个群体的期望杂合度分别为0.7422和0.6943,群体间的遗传分化系数为0.078,Reynolds’遗传距离和基因流分别为0.0603和3.896,结果显示这两个孔雀群体的杂合度和遗传多样性水平都很低,且有相互混杂的趋势。6.对中国家鸡和红色原鸡的256个个体mtDNA D-loop序列进行系统分析,测定16个群体线粒体D-loop部分序列大小约为560bp,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为25.00%、37.40%、4.40%和33.20%。A+T含量58.20%,G+C含量41.80%, A+T含量高于G+C含量;共发现44个变异位点,约占分析位点总数的7.86%,没有观测到插入/缺失,颠换和转换之比为0.13;共具有32种单倍型,9种为共享单倍型,其它23个单倍型均为各群体所特有;16个群体内单倍型多样度差异很大,从0到0.964,单倍型变异度总体为0.909±0.014,固始鸡的核苷酸多样度最低,淮南麻黄鸡和皖南三黄鸡的核苷酸多样度较高,红色原鸡两个亚种和14个中国地方鸡种整体的平均核苷酸差异数为7.276,核苷酸多样度为1.851%。16个群体表现出较高水平的遗传多态性。群体间核苷酸分歧度（Dxy）在0.747%～3.125%之间变化,核苷酸净遗传距离（Da）为-0.015%～2.633%,核苷酸分歧度（Dxy）和核苷酸净遗传距离差异均较大。红色原鸡2个亚种和14个中国地方鸡种间kimura双参数距离变异范围为0.007～0.031。mtDNA D-loop环序列群体间（Va）的方差组分占总变异的23.83%,Fst=0.38155,差异显着（P<0.05）。红色原鸡两个亚种和14个中国地方鸡种间表现出显着的遗传分化。7.对16个群体mtDNA D-loop单倍型进行分子系统树和网络关系分析,以日本鹌鹑（Coturnix japonica）为外群（Genbank登录号:D82924）,16个鸡种mtDNA D-loop区32种单倍型的NJ、ME和UPGMA分子系统树均分为明显的4个类群,单倍型类群A中包含有泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种的单倍型;单倍型类群B和单倍型类群C中包含有中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种的单倍型;单倍型类群D中同时含有这两个红色原鸡的单倍型。单倍型网络关系图中序列明显也聚为4个聚类簇,与单倍型系统发生树的结果完全一致。利用Kimura双参数模型构建D-loop区的分子系统树中,固始鸡、仙居鸡始终与泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种聚在一起,茶花鸡、藏鸡、泰和乌骨鸡、河南斗鸡和白耳鸡也始终出现在一个类群。8.对中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种与泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种微卫星DNA和mtDNA的多态性进行分析,中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种与泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种的微卫星DNA遗传距离为0.167,Nm值为1.040。没有表现出较近的遗传距离和较大的基因流动,群体的遗传分化系数为0.194（P<0.01）,所有位点都极显着地贡献于这一结果（P<0.01）。红色原鸡两个亚种没有共享单倍型,它们各自具有不同的单倍型,群体间mtDNA D-loop Fst值差异显着（P=0.0360）。Gallus gallus spadiceus亚种和Gallus gallus gallus亚种群体具有不同的群体遗传结构,群体之间存在明显的遗传分化,本研究支持这两个亚种并非实际上是同一个亚种的观点。9.综合分析中国家鸡和红色原鸡微卫星DNA和mtDNA多态性和亲缘关系的结果,推测泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种被驯化后,有部分群体演化形成了一些中国家鸡的群体如固始鸡和仙居鸡,而中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种被驯化后,也演化形成了一些中国家鸡的群体如茶花鸡和藏鸡等。泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种中性检验的Tajima’s D值为-1.79995（P< 0.05）,不符合中性突变。在泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种群体一段时间内的群体扩张过程中,对一些在中国本地起源的家鸡群体中的一些亚群产生了影响,因此在一些中国地方鸡种同时具有这两种红色原鸡的遗传贡献。本研究认为中国家鸡起源于泰国或单纯起源于中国的观点都是不全面的,支持红色原鸡的驯化是多次、多地、长期的人类活动的结果这一观点。
二、用微卫星探针的DNA指纹技术分析9个家猪群体的遗传结构（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、用微卫星探针的DNA指纹技术分析9个家猪群体的遗传结构（论文提纲范文）
（1）猪基因组核苷酸多态性研究与应用（论文提纲范文）
| 1核苷酸多态性的类型和特点 |
| 2核苷酸多态性在猪育种中的研究与应用 |
| 2.1遗传基因连锁图谱的构建与基因定位 |
| 2.2标记辅助选择 |
| 2.3群体亲缘关系分析 |
| 2.4遗传多样性的研究 |
| 3小结 |
（2）加系SPF大白和长白猪群体遗传学分析与SLA单倍型的初步筛选（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Summary |
| 英文缩略 |
| 第一章 前言 |
| 1.1 微卫星的特点及多态性 |
| 1.1.1 微卫星的特点 |
| 1.1.2 微卫星的多态性 |
| 1.2 微卫星标记及其应用 |
| 1.2.1 基因定位与QTL |
| 1.2.2 遗传结构分析 |
| 1.2.3 遗传图谱分析 |
| 1.2.4 DNA指纹图谱 |
| 1.2.5 亲缘鉴定 |
| 1.3 SLA的研究进展 |
| 1.4 SLA基因结构与遗传特点 |
| 1.4.1 SLA基因的结构 |
| 1.4.2 SLA基因的遗传特点 |
| 1.5 SLA基因的分型方法 |
| 1.5.1 血清学分型法 |
| 1.5.2 细胞学分型法 |
| 1.5.3 PCR-RFLP |
| 1.5.4 PCR-SSCP法 |
| 1.5.5 PCR-SSP法 |
| 1.5.6 PCR-SBT法 |
| 1.5.7 PCR-GSBT法 |
| 1.6 研究目的与意义 |
| 第二章 加系SPF大白和长白猪群体遗传学分析 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 样本信息 |
| 2.1.2 主要仪器设备 |
| 2.1.3 主要试剂 |
| 2.1.4 主要试剂配制 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 DNA提取 |
| 2.2.2 微卫星引物 |
| 2.2.3 PCR反应条件和体系 |
| 2.2.4 PCR产物检测 |
| 2.3 统计分析 |
| 2.3.1 微卫星的多样性分析 |
| 2.3.2 遗传分化分析 |
| 2.3.3 群体结构分析 |
| 2.4 结果与分析 |
| 2.4.1 基因组DNA提取结果 |
| 2.4.2 Gene Mapper检测结果 |
| 2.4.3 多样性检测结果 |
| 2.4.4 杂合度和多态信息含量分析 |
| 2.4.5 遗传结构与分化检测 |
| 第三章 SPF大长和长大猪群体遗传结构分析 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.1.1 样本信息 |
| 3.1.2 主要仪器设备 |
| 3.1.3 主要试剂 |
| 3.1.4 主要试剂配制 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.3 统计分析 |
| 3.4 结果与分析 |
| 3.4.1 基因组DNA提取结果 |
| 3.4.2 Gene Mapper检测结果 |
| 3.4.3 多样性检测结果 |
| 3.4.4 杂合度和多态信息含量分析 |
| 3.4.5 遗传结构与分化检测 |
| 第四章 加系SPF大白和长白猪SLA单倍型的初筛选 |
| 4.1 试验材料 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.2 试验方法 |
| 4.2.1 DNA提取 |
| 4.2.2 PCR-SSP引物 |
| 4.2.3 PCR反应条件和体系 |
| 4.2.4 PCR扩增产物检测 |
| 4.2.5 等位基因判型 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 PCR扩增 |
| 4.3.2 SLA单倍型初步筛选结果 |
| 第五章 讨论 |
| 5.1 微卫星DNA型的准确判断 |
| 5.2 PCR-SSP等位基因的判定 |
| 5.3 群体等位基因多样性 |
| 5.4 群体杂合度和多态信息含量 |
| 5.5 群体的遗传分化与变异 |
| 5.6 SLA单倍型分析 |
| 第六章 结论 |
| 附录 |
| 附录1 主要仪器设备 |
| 附录2 主要试剂 |
| 附录3 主要试剂配制 |
| 附录4 SLA I类基因型分型引物的详细信息 |
| 附录5 SLA II类基因型分型引物的详细信息 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
| 导师简介 |
| 致谢 |
（3）中国地方鹅种遗传资源多样性与分类地位的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一部分 文献综述 |
| 第一章 鸟类的起源、进化与鹅的起源、驯化 |
| 1 鸟类的起源与进化 |
| 1.1 鸟类的起源 |
| 1.2 鸟类的进化 |
| 1.3 鸟类的系统分类 |
| 2 鹅的起源和驯化 |
| 2.1 国外对鹅起源的研究 |
| 2.2 鹅的驯化历史 |
| 2.3 中国对鹅起源的研究 |
| 2.4 中国的养鹅技艺变迁 |
| 3 鹅的品种及生产特性 |
| 3.1 鹅品种分类和分布 |
| 3.2 世界标准鹅品种简介 |
| 3.3 中国鹅品种资源 |
| 第二章 鹅的生物学特性 |
| 1 鹅的生物学特性 |
| 1.1 喜水喜干习性 |
| 1.2 耐寒怕热习性 |
| 1.3 食性广,耐粗饲 |
| 1.4 生长速度快,成熟周期短 |
| 2 鹅的营养和经济价值 |
| 2.1 肉质好,营养价值高 |
| 2.2 副产品利用价值高 |
| 2.3 其他方面 |
| 第三章 鹅种选育研究进展与应用 |
| 1 常规选育 |
| 1.1 地方良种世代选育 |
| 1.2 不同地方品种杂交 |
| 1.3 引进外来品种杂交 |
| 1.4 品系(种)配套发展 |
| 2 鹅遗传特性的研究与应用 |
| 2.1 血液生化指标选育 |
| 2.2 DNA分子标记选育 |
| 3 常用的DNA分子标记及应用 |
| 3.1 限制性酶切片段长度多态性标记(RFLP) |
| 3.2 随机扩增DNA多态性标记(RAPD) |
| 3.3 扩增片段长度多态性(AFLP) |
| 3.4 微卫星DNA标记(Microsatellite) |
| 3.5 SNPs标记 |
| 参考文献 |
| 第二部分 研究内容 |
| 第四章 双重抑制PCR技术分离鹅微卫星标记 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 主要仪器设备 |
| 1.3 主要试剂 |
| 1.4 溶液配制 |
| 1.5 实验方法 |
| 1.6 双重抑制PCR技术分离鹅微卫星引物 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 基因组DNA的提取结果 |
| 2.2 筛选部分微卫星引物PCR扩增结果 |
| 2.3 微卫星位点测序结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 双重抑制PCR技术筛选微卫星标记的优缺点 |
| 3.2 鹅基因组DNA重复序列分析及双重抑制PCR技术的可行性 |
| 3.3 微卫星位点的筛选原则 |
| 第五章 中国地方鹅种遗传多样陛研究 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 实验动物及基因组DNA制备 |
| 1.2 主要仪器设备及主要试剂 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.4 微卫星引物 |
| 1.5 PCR扩增 |
| 1.6 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 1.7 银染 |
| 1.8 基因型分型 |
| 1.9 数据统计方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 微卫星DNA多态性检测 |
| 2.2 群体内的遗传变异分析 |
| 2.3 品种间的遗传变异分析 |
| 2.4 品种间遗传结构和亲缘关系分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 鹅微卫星标记在鹅品种中应用条件 |
| 3.2 中国在地方鹅种微卫星遗传多样性 |
| 3.3 群体遗传结构与遗传分化 |
| 3.4 群体间的遗传距离和聚类分析 |
| 第六章 基于微卫星标记和DNA条形码推断中国鹅种群分化及系统发育 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 实验动物及来源 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 目的基因测序 |
| 1.4 数据处理与系统发生分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 中国家鹅线粒体DNA COⅠ基因序列变异位点分析 |
| 2.2 中国家鹅群体内单倍型多样度及中性检验 |
| 2.3 中国家鹅群体内核苷酸多样度(Dx/Dy)、群体间核苷酸分歧度(Dxy)、遗传分化指数(GST)和净遗传距离(Da) |
| 2.4 鹅种群发育关系研究 |
| 2.5 微卫星分析结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 中国家鹅线粒体DNA COⅠ基因序列分析 |
| 3.2 COⅠ基因在系统发育中的适用性 |
| 3.3 基于线粒体DNA研究家鹅的遗传分化 |
| 3.4 家鹅的系统发生分析 |
| 第七章 江苏地方鹅品种(类群)的系统发育分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 试验方法 |
| 1.3 数据统计方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 各微卫星座位的部分扩增结果 |
| 2.2 等位基因及基因频率分布 |
| 2.3 各群体微卫星基因座的多态性 |
| 2.4 群体间遗传变异分析 |
| 2.5 品种间遗传距离 |
| 2.6 品种间的聚类分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 江苏地方鹅品种等位基因数和等位基因频率 |
| 3.2 江苏地方鹅品种的遗传多样性 |
| 3.3 群体系统发生关系分析 |
| 3.4 地方品种遗传多样性和品种保护 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 创新之处 |
| 攻读学位期间发表及待发表的学术论文 |
| 致谢 |
（4）固始白鹅品种资源调查及体尺性状与微卫星DNA标记相关分析（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 中文摘要 |
| 文献综述 |
| 1.1 鹅的起源与驯化 |
| 1.2 养鹅业生产优势 |
| 1.2.1 产品质量好 |
| 1.2.2 适应性强、抗病力强 |
| 1.2.3 生产设施简单、成本较低 |
| 1.2.4 生产性能高 |
| 1.2.5 食性广、觅食能力强 |
| 1.3 鹅常规选育研究进展与应用 |
| 1.3.1 地方良种世代选育 |
| 1.3.2 不同地方品种杂交 |
| 1.3.3 引进外来品种杂交 |
| 1.3.4 品系（种）配套发展 |
| 1.4 鹅遗传特性的研究与应用 |
| 1.4.1 血液生化指标选育 |
| 1.4.2 DNA 分子标记选育 |
| 1.5 微卫星标记的应用 |
| 1.5.1 构建家禽遗传连锁图 |
| 1.5.2 用于家禽群体遗传多样性分析、遗传结构分析 |
| 1.5.3 用于制作DNA 指纹图 |
| 1.5.4 定位功能基因和数量性状定位（QTL） |
| 1.5.5 鉴定亲缘关系 |
| 1.5.6 用于标记辅助选择和标记辅助渗入 |
| 1.6 试验目的及意义 |
| 1.6.1 固始白鹅品种资源调查 |
| 1.6.2 微卫星 DNA 标记与固始白鹅体尺性状的相关分析 |
| 2 引言 |
| 3 试验研究 |
| 3.1 试验研究一:固始白鹅品种资源调查及主要性状的测定与分析 |
| 3.1.1 材料与方法 |
| 3.1.1.1 试验材料 |
| 3.1.1.2 测试指标与方法 |
| 3.1.2 数据处理 |
| 3.1.3 结果与分析 |
| 3.1.3.1 固始白鹅的数量与分布情况 |
| 3.1.3.2 固始白鹅体形外貌描述 |
| 3.1.3.3 固始白鹅体尺体重测定 |
| 3.1.3.4 固始白鹅产肉性能测定 |
| 3.1.3.5 固始白鹅蛋品质量测定 |
| 3.1.3.6 固始白鹅产羽绒性能 |
| 3.1.3.7 固始白鹅繁殖性能 |
| 3.1.3.8 固始白鹅的饲养管理 |
| 3.1.3.9 固始白鹅品种选育、保种及利用情况 |
| 3.1.4 结论与讨论 |
| 3.1.4.1 数量及分布情况分析 |
| 3.1.4.2 体形外貌特征 |
| 3.1.4.3 体尺、体重变化分析 |
| 3.1.3.4 产肉性能变化分析 |
| 3.1.4.5 蛋品质量变化分析 |
| 3.1.4.6 产羽绒性能 |
| 3.1.4.7 繁殖性能变化分析 |
| 3.1.4.8 饲养管理 |
| 3.1.4.9 品种选育、保种及利用情况 |
| 3.2 试验研究二:固始白鹅体尺性状与微卫星 DNA 标记相关分析 |
| 3.2.1 材料与方法 |
| 3.2.1.1 试验动物 |
| 3.2.1.2 主要仪器设备 |
| 3.2.1.3 主要试剂及配制 |
| 3.2.1.4 测试指标与方法 |
| 3.2.2 统计方法 |
| 3.2.2.1 遗传多态性分析方法 |
| 3.2.2.2 微卫星标记与体尺性状相关性分析方法 |
| 3.2.3 结果与分析 |
| 3.2.3.1 总DNA 的提取 |
| 3.2.3.2 微卫星位点扩增结果 |
| 3.2.3.3 各微卫星位点等位基因数、等位基因频率、杂合度、多态信息含量 |
| 3.2.3.4 各微卫星位点对体尺性状的影响 |
| 3.2.3.5 各微卫星位点不同基因型对体尺性状影响的比较 |
| 3.2.4 结论与讨论 |
| 3.2.4.1 微卫星分析固始白鹅群体遗传结构 |
| 3.2.4.2 微卫星标记与体尺性状间的相关性分析 |
| 3.2.4.3 各微卫星位点不同基因型对体尺性状影响的比较分析 |
| 4 论文总体结论 |
| 参考文献 |
| ABSTRACT |
（5）DNA指纹技术对近交系小鼠生产扩大群的遗传检测（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 文献综述 |
| 实验研究 |
| 引言 |
| 实验材料与方法 |
| 1 (GGAT)_4 探针 DNA 指纹技术对 C_(57)BL/6J、BALB/c 和 DBA/2 三个近交系 扩大群种鼠的遗传检测 |
| 2 (GGAT)_4 探针 DNA 指纹技术对 C_(57)BL/6J、BALB/c 和 DBA/2 三个近交系 小鼠扩大群 F4 和 F5 代的遗传检测 |
| 3 生化位点标记对 C_(57)BL/6J、BALB/c 和 DBA/2 三个近交系小鼠扩大群 F4 和 F5 代的遗传检测 |
| 4 C_(57)BL/6J、BALB/c 和 DBA/2 三个近交系小鼠扩大群 F1-F5 代小鼠血液 常规和血液生化检测 |
| 结果与分析 |
| 1 (GGAT)_4 探针 DNA 指纹技术对 C_(57)BL/6J、BALB/c 和 DBA/2 三个近交系 扩大群种鼠的遗传检测 |
| 2 (GGAT)_4 探针 DNA 指纹技术对 C_(57)BL/6J、BALB/c 和 DBA/2 三个近交系 小鼠扩大群 F4 和 F5 代的遗传检测 |
| 3 生化位点标记对 C_(57)BL/6J、BALB/c 和 DBA/2 三个近交系小鼠扩大群 F4 和 F5 代的遗传检测 |
| 4.C_(57)BL/6J、BALB/c 和 DBA/2 三个近交系小鼠扩大群 F1-F5 代小鼠血液 常规和血液生化检测 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 导师简介 |
| 致谢 |
| 缩写词表 |
| 附录 |
（6）固始—安卡鸡F2群体生长性状的微卫星标记连锁分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩写一览表 |
| 引言 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 鸡的分类学及分子生物学进展 |
| 1.2 鸡的研究意义 |
| 1.3 鸡基因组结构与特征 |
| 1.3.1 鸡基因组结构及大小 |
| 1.3.2 重复序列 |
| 1.4 遗传标记的类型及特性 |
| 1.4.1 传统遗传标记 |
| 1.4.2 DNA 分子标记 |
| 1.4.3 微卫星 DNA 标记在畜禽遗传育种中的应用 |
| 1.5 鸡基因组研究进展 |
| 1.5.1 鸡基因组 |
| 1.5.2 基因组图谱 |
| 1.5.3 鸡的基因组测序及功能基因组研究 |
| 1.6 鸡的数量性状及遗传基础 |
| 1.6.1 数量性状及其遗传基础 |
| 1.6.2 数量性状基因座（QTL）定位 |
| 1.6.3 鸡QTL 定位 |
| 1.7 数量性状与标记间的连锁分析方法 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 F2 代资源群体的制备 |
| 2.1.2 主要试剂及配制 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 引物的合成与选择 |
| 2.2.2 试验鸡性状观测指标 |
| 2.2.3 鸡的体型参数的测定 |
| 2.2.4 表型数据处理 |
| 2.2.5 连锁分析的软件 |
| 2.2.6 血样的采集 |
| 2.2.7 基因组DNA 抽提 |
| 2.2.8 PCR 扩增 |
| 2.2.9 PCR 产物的检测 |
| 2.3 统计分析 |
| 2.3.1 群体等位基因频率 |
| 2.3.2 多态信息含量 |
| 2.3.3 群体平均杂合度(Heterozygosity,H) |
| 2.3.4 统计分析方法 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 扩增产物的电泳结果 |
| 3.2 F2 代群体的性状描述性统计值 |
| 3.3 各标记座位等位基因、等位基因频率、杂合度及多态信息含量 |
| 3.4 方差分析结果 |
| 3.5 与性状关联显着的标记座位的多重比较 |
| 3.5.1 标记ADL176 座位的多重比较 |
| 3.5.2 标记MCW120 座位的多重比较分析 |
| 3.5.3 标记MCW062 座位的多重比较分析 |
| 3.5.4 标记ADL267 座位的多重比较分析 |
| 3.5.5 标记LE1147 座位的多重比较分析 |
| 3.5.6 标记LE1070 座位的多重比较分析 |
| 3.5.7 标记MCW166 座位的多重比较分析 |
| 3.5.8 标记ADL146 座位的多重比较分析 |
| 3.5.9 标记MCW157 座位的多重比较分析 |
| 3.5.10 标记MCW193 座位的多重比较分析 |
| 3.5.11 标记LE1077 座位的多重比较分析 |
| 3.5.12 标记ADL166 座位的多重比较分析 |
| 3.5.13 标记 ADL298 座位的多重比较分析 |
| 3.5.14 标记 ADL326 座位的多重比较分析 |
| 3.5.15 标记 MCW236 座位的多重比较分析 |
| 3.5.16 标记 ADL169 座位的多重比较分析 |
| 4 结果与讨论 |
| 4.1 标记-QTL 连锁分析的试验设计 |
| 4.2 微卫星标记的相关分析 |
| 4.3 标记与性状间的方差分析 |
| 4.4 关于性状关联显着的标记不同基因型间的多重比较 |
| 4.5 方差分析方法和标记辅助选择 |
| 5 结论 |
| 6 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 石河子大学硕士研究生学位论文导师评阅表 |
（7）基因组扫描定位鸡的2、5、7染色体上有关屠体性状QTLs（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 中文摘要 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 鸡的分类学及起源 |
| 1.2 我国养鸡业的现状 |
| 1.3 鸡的研究意义 |
| 1.4 鸡基因组研究 |
| 1.4.1 鸡基因组结构及大小 |
| 1.4.2 重复序列 |
| 1.4.3 基因组图谱 |
| 1.4.3.1 物理图谱 |
| 1.4.3.2 遗传连锁图谱 |
| 1.5 遗传标记的的分类及微卫星标记技术的应用 |
| 1.5.1 形态标记 |
| 1.5.2 细胞标记 |
| 1.5.3 蛋白标记 |
| 1.5.4 DNA 分子标记 |
| 1.5.4.1 第一代分子遗传标记-RFLPs |
| 1.5.4.2 第二代分子遗传标记-微卫星标记 |
| 1.5.4.3 第三代分子遗传标记是SNPs（单核苷酸多态性） |
| 1.5.5 微卫星标记技术的的应用 |
| 1.5.5.1 微卫DNA 多态性产生的机制 |
| 1.5.5.2 微卫星技术的原理 |
| 1.5.5.3 微卫星DNA 标记在畜禽遗传育种中的应用 |
| 1.5.5.3.1 构建基因组图谱 |
| 1.5.5.3.2 制作DNA 指纹图 |
| 1.5.5.3.3 定位功能基因和数量性状定位（QTL） |
| 1.5.5.3.4 鉴定亲缘关系 |
| 1.5.5.3.5 群体遗传结构和遗传关系的分析 |
| 1.5.5.3.6 用于标记辅助选择和标记辅助渗入 |
| 1.6 鸡基因组研究 |
| 1.6.1 QTL 定位的原理 |
| 1.6.2 QTL定位的常用方法 |
| 1.6.2.1 候选基因法 |
| 1.6.2.2 基因组扫描法 |
| 1.6.3 鸡 QTL 定位的研究进展 |
| 1.7 固始鸡－安卡鸡F_2代资源群简介 |
| 1.7.1 固始鸡 |
| 1.7.2 安卡鸡 |
| 1.7.3 固始鸡－安卡鸡 F_2代资源群组建 |
| 1.7.4 固始鸡-安卡鸡 F_2代资源群组建结果 |
| 1.8 本试验的目的和意义 |
| 2 引言 |
| 3 材料与方法 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.3 统计方法 |
| 3.4 QTL 定位分析 |
| 4 结果与分析 |
| 4.1 总 DNA 的提取 |
| 4.2 PCR 扩增产物用琼脂糖凝胶电泳检测的结果 |
| 4.3 PCR 扩增产物变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结果 |
| 4.4 F2 代群体的性状描述性统计值 |
| 4.5 各标记座位等位基因、等位基因频率、杂合度及多态信息含量 |
| 4.6 标记的多态性与屠体性状相关关系 |
| 4.7 2、5、7 染色体屠体性状的 QTL 定位结果 |
| 5 讨论与结论 |
| 5.1 本试验资源家系遗传基础 |
| 5.2 实验分析技术 |
| 5.3 标记与性状间的方差分析 |
| 5.4 屠体性状 QTL 定位 |
| 5.5 结论 |
| 参考文献 |
| 英文摘要 |
（8）基因组扫描定位鸡2、5和7号染色体上肉质性状的QTLs（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 中文摘要 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 分子标记 |
| 1.1.1 第一代分子遗传标记 |
| 1.1.2 第二代的 DNA 标记:微卫星 DNA |
| 1.1.3 第三代的 DNA 标记:SNPs(单核苷酸多态性) |
| 1.2 微卫星 DNA 标记原理极其优越 |
| 1.2.1 微卫星 DNA 标记原理 |
| 1.2.2 微卫星 DNA 标记优越性 |
| 1.2.3 微卫星 DNA 及其在畜禽遗传育种中的应用 |
| 1.3 鸡基因组研究进展 |
| 1.3.1 鸡基因组 |
| 1.3.2 基因组图谱 |
| 1.4 鸡数量性状及遗传基础 |
| 1.4.1 QTL 定位概况 |
| 1.5 鸡的肉质性状研究概况 |
| 1.5.1 肉质性状评定标准 |
| 1.5.2 鸡肉质性状 QTL 定位研究进展 |
| 2 引言 |
| 3 实验方法 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.1.1 试验动物及饲养管理 |
| 3.1.2 主要仪器 |
| 3.1.3 主要试剂与配制 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 表型数据度量 |
| 3.2.2 引物合成与选择 |
| 3.2.3 基因组 DNA 抽提 |
| 3.2.4 PCR 扩增与变性 |
| 3.2.5 PCR 产物检测 |
| 3.2.6 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 3.2.7 银染法检测 |
| 3.2.8 基因型判定 |
| 3.3 统计分析 |
| 3.3.1 表型数据分析 |
| 3.3.2 群体等位基因频率 |
| 3.3.3 多态信息含量 |
| 3.3.4 群体平均杂合度 |
| 3.3.5 QTL 定位分析 |
| 4 结果分析 |
| 4.1 表型数据分析 |
| 4.2 各标记座位等位基因、等位基因频率、杂合度及多态信息含量 |
| 4.3 QTL 定位结果 |
| 4.3.1 QTL 定位结果统计表 |
| 4.3.2 QTL 定位图像 |
| 5 讨论 |
| 5.1 参考价系的利用 |
| 5.2 微卫星标记的选择 |
| 5.3 降落 PCR |
| 5.4 微卫星扩增的正确性 |
| 5.5 鸡肉质性状 QTL 的定位 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 英文摘要 |
（10）中国家鸡和红色原鸡遗传多样性及亲缘关系分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.动物遗传多样性研究的意义、内容和方法 |
| 1.1 动物遗传多样性的涵义 |
| 1.2 国内外动物遗传多样性概况 |
| 1.2.1 国外动物遗传多样性概况 |
| 1.2.2 国内动物遗传多样性概况 |
| 1.2.3 动物遗传多样性受威胁概况 |
| 1.3 动物遗传多样性保护的意义 |
| 1.4 动物遗传多样性评价的内容 |
| 1.5 动物遗传多样性的研究方法 |
| 1.5.1 形态学方法 |
| 1.5.2 细胞遗传学方法 |
| 1.5.3 蛋白质检测方法 |
| 1.5.4 分子生物学方法 |
| 1.6 动物遗传多样性评价指标 |
| 1.6.1 平均数和变异系数 |
| 1.6.2 基因和基因型频率 |
| 1.6.3 遗传平衡检验 |
| 1.6.4 遗传变异的度量参数 |
| 1.6.5 遗传距离估计数学模型 |
| 1.6.6 系统发育分化推断方法 |
| 2 微卫星标记与遗传多样性研究 |
| 2.1 微卫星标记概述 |
| 2.2 微卫星的类型 |
| 2.3 微卫星在基因组中的作用 |
| 2.4 微卫星突变 |
| 2.5 微卫星标记的优点 |
| 2.6 微卫星标记的局限性 |
| 2.7 微卫星标记在群体遗传多样性研究中的应用 |
| 2.7.1 构建遗传连锁图谱 |
| 2.7.2 制作DNA 指纹图 |
| 2.7.3 QTL定位和标记辅助选择（marker assisted selection MAS） |
| 2.7.4 个体及亲缘关系的鉴定 |
| 2.7.5 监测遗传操作效应和保种效果 |
| 2.7.6 品种或品系遗传关系确定 |
| 3 线粒体 DNA（mtDNA）标记与遗传多样性研究 |
| 3.1 动物线粒体 DNA 的结构 |
| 3.2 动物线粒体基因组的遗传特征 |
| 3.2.1 母系遗传 |
| 3.2.2 父系渗入现象 |
| 3.2.3 具有明显的核质基因互作关系 |
| 3.2.4 mtDNA 进化速度快 |
| 3.3 动物mtDNA 的多态性 |
| 3.4 动物mtDNA 的异质性 |
| 3.5 mtDNA 多态性的研究方法 |
| 3.6 对mtDNA 各片段的研究 |
| 3.6.1 细胞色素b（Cyt26）基因片段 |
| 3.6.2 mtDNA 控制区（D-loop） |
| 3.6.3 16srRNA、12srRNA |
| 3.6.4 NADH 降解酶基因 |
| 3.7 动物mtDNA 标记在群体遗传多样性研究中的应用 |
| 3.7.1 分析种间多态性 |
| 3.7.2 分析种内品种间及品种内多态性 |
| 3.7.3 动物品种的起源与分化研究 |
| 3.7.4 动物品种及类型的分类研究 |
| 3.7.5 动物群体遗传结构及基因流动的研究 |
| 3.7.6 标记经济性状，开展标记辅助选择 |
| 4 中国地方鸡品种的起源及演化 |
| 4.1 考古学研究 |
| 4.2 历史记录 |
| 4.3 形态学特征 |
| 4.4 生化及分子生物学研究 |
| 5.本研究的目的与意义 |
| 第二章 中国家鸡和红色原鸡微卫星 DNA 遗传多样性及亲缘关系分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.1.1 样品采集 |
| 1.1.2 主要试剂及其配制 |
| 1.1.3 主要实验仪器 |
| 1.1.4 微卫星引物 |
| 1.2 试验方法 |
| 1.2.1 基因组 DNA 提取 |
| 1.2.2 多个引物的组合优化 |
| 1.2.3 多重 PCR 扩增和基因型判定 |
| 1.3 统计方法 |
| 1.3.1 群体内遗传多样性的分析 |
| 1.3.2 群体间遗传关系 |
| 1.4 统计分析（软件应用） |
| 1.4.1 遗传多样性 |
| 1.4.2 遗传分化 |
| 1.4.3 品种聚类 |
| 1.4.4 遗传距离与地理距离的相关性 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 DNA 提取结果和PCR 扩增产物检测 |
| 2.2 引物组合及多重PCR反应条件的优化 |
| 2.3 多重 PCR 电泳检测结果 |
| 2.4 群体内的遗传变异 |
| 2.5 群体间的遗传分化 |
| 2.6 遗传距离与地理距离的相关性 |
| 2.7 聚类分析 |
| 2.7.1 PHYLIP聚类分析 |
| 2.7.2 Structure 程序分析群体遗传结构 |
| 3 讨论 |
| 3.1 多重 PCR 及其产物的自动化检测 |
| 3.2 群体内的遗传多样性 |
| 3.3 群体间的遗传分化 |
| 3.4 15 个中国鸡种间的遗传关系 |
| 3.5 品种间遗传距离与地理距离的关联性 |
| 3.6 红色原鸡与中国家鸡的亲缘关系 |
| 第三章 样本量、性别和微卫星座位数对微卫星分析中群体遗传多样性指标的影响 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 群体遗传多样性指标的选择与统计分析 |
| 1.3 遗传距离的估测精度统计尺度 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 样本量对期望杂合度的影响 |
| 2.2 样本量对有效等位基因数的影响 |
| 2.3 性别对群体遗传多样性指标的影响 |
| 2.4 不等微卫星座位数目对遗传距离的影响 |
| 2.5 5 个水平 t 检验结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 样本量对群体遗传多样性指标的影响 |
| 3.2 微卫星分析群体遗传多样性时样本量的确定 |
| 3.3 性别对群体遗传多样性指标的影响 |
| 3.4 微卫星座位的数目对遗传距离的估测精度的影响 |
| 第四章 近缘物种间微卫星引物的适用性分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 基因型测定 |
| 1.3 统计方法 |
| 1.3.1 遗传多样性计算 |
| 1.3.2 遗传分化的计算 |
| 1.3.3 基因流动（Nm）的计算 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 鸡微卫星引物在孔雀中的 PCR 扩增结果 |
| 2.2 群体内的遗传变异 |
| 2.3 群体间的遗传分化 |
| 3 讨论 |
| 3.1 近缘物种间微卫星引物的适用性 |
| 3.2 绿孔雀和蓝孔雀群体内的遗传分析 |
| 3.3 绿孔雀和蓝孔雀群体间的遗传分析 |
| 第五章 中国家鸡和红色原鸡mtDNA 遗传多样性及亲缘关系分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.1.1 样品采集 |
| 1.1.2 主要试剂及其配制 |
| 1.1.3 主要实验仪器 |
| 1.1.4 引物 |
| 1.2 试验方法 |
| 1.2.1 基因组DNA 提取 |
| 1.2.2 PCR 扩增 |
| 1.2.3 测序 |
| 1.3 统计方法及软件应用 |
| 1.3.1 核苷酸序列多态性分析 |
| 1.3.2 单倍型间的系统进化分析 |
| 1.3.3 单倍型间的网络分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 DNA 提取结果和PCR 扩增产物检测 |
| 2.2 16 个鸡群mtDNA D-loop 区部分序列的遗传多态性 |
| 2.2.1 群体mtDNA D-loop 区部分序列的序列长度与碱基组成 |
| 2.2.2 序列的核苷酸多态位点变异 |
| 2.2.3 序列的核苷酸多态位点的变异类型 |
| 2.2.4 16 个鸡群体mtDNA D-loop 单倍型 |
| 2.3 16 个鸡群体mtDNA D-loop 区部分序列的遗传结构 |
| 2.3.1 16个鸡群体内单倍型多样度 |
| 2.3.2 16个鸡群体内核苷酸多样度 |
| 2.3.3 16 个鸡群体间核苷酸多态性 |
| 2.3.4 16 个鸡群体历史动态分析 |
| 2.3.5 16 个鸡群体间遗传距离 |
| 2.3.6 分子方差分析(Analysis of Molecular Variance，AMOVA) |
| 2.4 mtDNA D-loop 单倍型的分子系统树 |
| 2.5 16 个鸡群体D-loop 序列单倍型网络图 |
| 2.6 16 个群体的分子系统树 |
| 3 讨论 |
| 3.1 16 个鸡群mtDNA D-loop 区部分序列的遗传多态性 |
| 3.2 16 个鸡群体内mtDNA D-loop 遗传多样性 |
| 3.3 16 个鸡群体间mtDNA D-loop 遗传多样性 |
| 3.4 地理距离与群体间mtDNA 遗传距离的关系 |
| 3.5 中国家鸡的起源探讨 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 |
| 攻读学位期间已正式录用的学术论文目录 |
四、用微卫星探针的DNA指纹技术分析9个家猪群体的遗传结构（论文参考文献）
- [1]猪基因组核苷酸多态性研究与应用[J]. 黄宣凯,唐玲玲,宋岩,王佳辉,张宝荣,高圣玥. 现代畜牧科技, 2016(07)
- [2]加系SPF大白和长白猪群体遗传学分析与SLA单倍型的初步筛选[D]. 贺希文. 甘肃农业大学, 2016(08)
- [3]中国地方鹅种遗传资源多样性与分类地位的研究[D]. 杜文兴. 南京农业大学, 2011(06)
- [4]固始白鹅品种资源调查及体尺性状与微卫星DNA标记相关分析[D]. 范佳英. 河南农业大学, 2009(06)
- [5]DNA指纹技术对近交系小鼠生产扩大群的遗传检测[D]. 段天林. 甘肃农业大学, 2008(08)
- [6]固始—安卡鸡F2群体生长性状的微卫星标记连锁分析[D]. 杨菊凤. 石河子大学, 2008(01)
- [7]基因组扫描定位鸡的2、5、7染色体上有关屠体性状QTLs[D]. 赵云航. 河南农业大学, 2008(03)
- [8]基因组扫描定位鸡2、5和7号染色体上肉质性状的QTLs[D]. 梁敏. 河南农业大学, 2008(04)
- [9]DNA指纹技术应用研究进展[J]. 张侃,李文宾,吴敏丽. 中学生物教学, 2008(05)
- [10]中国家鸡和红色原鸡遗传多样性及亲缘关系分析[D]. 包文斌. 扬州大学, 2007(06)